制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒技术

本发明专利技术涉及一种制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒。该制备单链长探针的方法包括通过反转录获得cDNA样本，所述cDNA样本包含核糖体RNA的反转录产物；利用引物对cDNA样本进行特异性扩增，获得扩增产物，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA的反转录产物，所述扩增产物包括互补的两条链；去除扩增产物中的一条链，获得所述单链长探针；所述引物包括第一引物和第二引物，第一引物5’端携带有磷酸化修饰，第二引物上含有至少一个硫代修饰。所获得的单链长探针可以用于去除核糖体RNA，可以应用于多种物种中RNA样本中核糖体RNA的去除，方便简单，且核糖体RNA的残留率低。

【技术实现步骤摘要】
制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒
本专利技术涉及生物
，具体涉及一种制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒。
技术介绍
RNA在遗传信息表达和调控过程中RNA发挥重要的作用，转录组测序是研究生物调控的重要手段，其研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。非编码RNA中核糖体RNA(rRNA)在总RNA中占据80％-90％，然而，这些rRNA所含的转录组信息很少，浪费了宝贵的测序资源，也让特定类型RNA的检测变得困难。在二代测序的应用中，研究者都希望从测序数据中最大化地接收有益的生物信息，一方面是因为rRNA这个在RNA中最丰富的成员却能够提供非常少的关于转录本的信息，而被视为浪费测序资源，另一方面去除rRNA可以提高低丰度转录本的相对丰度，使丰度的转录本更容易被检测到。因此，通常在测序之前从RNA样品中除去rRNA，rRNA去除的效率也被视为最大化读取到转录物的关键因素。目前市面上去除rRNA的方法有使用合成的短探针结合使用RNaseH去除rRNA、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种制备单链长探针的方法，其特征在于，包括：/n通过反转录获得cDNA样本，所述cDNA样本包含核糖体RNA的反转录产物；/n基于所述cDNA样本，利用引物对所述cDNA样本进行特异性扩增，以便获得扩增产物，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA的反转录产物，所述扩增产物包括互补的两条链；/n去除所述扩增产物中的一条链，以便获得所述单链长探针；/n其中，所述引物包括第一引物和第二引物，所述第一引物5’端携带有磷酸化修饰，所述第二引物上含有至少一个硫代修饰。/n

【技术特征摘要】
1.一种制备单链长探针的方法，其特征在于，包括：
通过反转录获得cDNA样本，所述cDNA样本包含核糖体RNA的反转录产物；
基于所述cDNA样本，利用引物对所述cDNA样本进行特异性扩增，以便获得扩增产物，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA的反转录产物，所述扩增产物包括互补的两条链；
去除所述扩增产物中的一条链，以便获得所述单链长探针；
其中，所述引物包括第一引物和第二引物，所述第一引物5’端携带有磷酸化修饰，所述第二引物上含有至少一个硫代修饰。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA保守区域的反转录产物，所述核糖体RNA来自于至少一个物种；
任选地，所述核糖体RNA保守区域包括18SrRNA、28SrRNA。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第二引物5’端携带有封闭基团；
任选地，所述封闭基团包括选自生物素、NH2基团、荧光基团中的至少一种；
任选地，所述引物包括SEQIDNO:1～SEQIDNO:24；
任选地，所述cDNA样本通过总RNA反转录获得。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述硫代修饰包括选自甲基硫酸型修饰、硫代磷酸型修饰中的至少一种，优选为硫代磷酸型修饰；
优选的，所述第二引物在靠近5’端含有3-5个连续的硫代修饰。


5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，利用核酸外切酶对所述扩增产物进行消化处理，以便...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐冲，陈智超，韩默，阮凤英，郭梅，杨林峰，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44