一种同源重组修复缺陷参考品及其制备方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种同源重组修复缺陷参考品及其制备方法和试剂盒，所述参考品以10对配对细胞系提取的基因组DNA按照一定比例混合而成，并通过全基因组测序对梯度参考品进行测序，经过特定的生物信息算法计算出相应梯度参考品的同源重组修复缺陷值；而检测限参考品则通过使用配对样品中的正常细胞样品稀释肿瘤细胞样品，并使用微滴式数字PCR的方法验证稀释比例，确保混合符合预期，以此最大程度模拟临床样品的复杂性及检验检测系统的特异及灵敏性；本参考品可以用于同源重组修复缺陷检测产品的性能评价，也可以用于同源重组修复缺陷的算法优化或检测流程优化，适用于高通量中的核苷酸多态性基因芯片、靶向基因组或全基因组的测序策略。

【技术实现步骤摘要】
一种同源重组修复缺陷参考品及其制备方法和试剂盒
本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种同源重组修复缺陷参考品及其制备方法和试剂盒。
技术介绍
近年来，受国家政策的大力推动和技术的不断更替，分子诊断尤其是基因检测领域发展极为迅速，基因检测涉及无创产前检测、肿瘤易感预测、肿瘤早期诊断、个体化用药、术后监测以及消费型基因检测等。由于市场容量巨大，近年来，市场上出现了越来越多的此类基因检测的试剂盒。同源重组修复缺陷（Homologousrecombinationdeficiency，HRD）作为一个潜在的生物标志物出现，业内公司争相推出相关检测。同源重组修复缺陷定义为一份肿瘤样本中，基因组中杂合性缺失（LOH）、端粒等位基因不平衡（TAI）以及大片段迁移（LST）事件的次数之和或加权之和。HRD检测的临床意义主要体现在风险评估、预后判断、指导治疗三个方面。在PRIMA研究中凸显出HRD检测对指导卵巢癌治疗的重要作用，尼拉帕利单药一线维持治疗超半数HRD+患者显著获益。基于PRIMA的研究结果，2020版《NCCN卵巢癌指南》将尼拉帕利纳入一线本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种同源重组修复缺陷参考品，其特征在于，所述参考品由十对配对细胞系的基因组DNA组成：/n细胞系编号GW-P7-T：细胞系名称NCI-H1770；/n细胞系编号GW-P7-N：细胞系名称NCI-BL1770；/n细胞系编号GW-P8-T：细胞系名称NCI-H1184；/n细胞系编号GW-P8-N：细胞系名称NCI-BL1184；/n细胞系编号GW-P9-T：细胞系名称NCI-H128；/n细胞系编号GW-P9-N：细胞系名称NCI-BL128；/n细胞系编号GW-P10-T：细胞系名称NCI-H2171；/n细胞系编号GW-P10-N：细胞系名称NCI-BL2171；/n细胞系编号GW-P...

【技术特征摘要】
1.一种同源重组修复缺陷参考品，其特征在于，所述参考品由十对配对细胞系的基因组DNA组成：
细胞系编号GW-P7-T：细胞系名称NCI-H1770；
细胞系编号GW-P7-N：细胞系名称NCI-BL1770；
细胞系编号GW-P8-T：细胞系名称NCI-H1184；
细胞系编号GW-P8-N：细胞系名称NCI-BL1184；
细胞系编号GW-P9-T：细胞系名称NCI-H128；
细胞系编号GW-P9-N：细胞系名称NCI-BL128；
细胞系编号GW-P10-T：细胞系名称NCI-H2171；
细胞系编号GW-P10-N：细胞系名称NCI-BL2171；
细胞系编号GW-P11-T：细胞系名称HCC1937；
细胞系编号GW-P11-N：细胞系名称HCC1937BL；
细胞系编号GW-P12-T：细胞系名称COLO829；
细胞系编号GW-P12-N：细胞系名称COLO829BL；
细胞系编号GW-P13-T：细胞系名称NCI-H209；
细胞系编号GW-P13-N：细胞系名称NCI-BL209；
细胞系编号GW-P14-T：细胞系名称HCC1954；
细胞系编号GW-P14-N：细胞系名称HCC1954BL；
细胞系编号GW-P15-T：细胞系名称HCC1187；
细胞系编号GW-P15-N：细胞系名称HCC1187BL；
细胞系编号GW-P16-T：细胞系名称HCC1395；
细胞系编号GW-P16-N：细胞系名称HCC1395BL；
其中，细胞系编号GW-PX-T和GW-PX-N中“X”代表上述十对细胞系中的任意一对，“T”代表肿瘤细胞，“N”代表配对细胞；
所述的参考品包含同源重组修复缺陷梯度参考品、检测限参考品、重复性参考品。


2.根据权利要求1所述的同源重组修复缺陷参考品，其特征在于，所述同源重组修复缺陷梯度参考品的同源重组修复缺陷检测值为29~103，由所述10对配对细胞系的基因组DNA组成：GW-P7-T和GW-P7-N、GW-P8-T和GW-P8-N、GW-P9-T和GW-P9-N、GW-P10-T和GW-P10-N、GW-P11-T和GW-P11-N、GW-P12-T和GW-P12-N、GW-P13-T和GW-P13-N、GW-P14-T和GW-P14-N、GW-P15-T和GW-P15-N、GW-P16-T和GW-P16-N。


3.根据权利要求1所述的同源重组修复缺陷参考品，其特征在于，所述检测限参考品和/或重复性参考品的所述GW-PX-N基因组DNA所占的体积比例为10%~90%，所述GW-PX-N基因组DNA所占的体积比例为90%~10%，总体积为1，由所述10对配对细胞系的基因组DNA组成：GW-P7-T和GW-P7-N、GW-P8-T和GW-P8-N、GW-P9-T和GW-P9-N、GW-P10-T和GW-P10-N、GW-P11-T和GW-P11-N、GW-P12-T和GW-P12-N、GW-P13-T和GW-P13-N、GW-P14-T和GW-P14-N、GW-P15-T和GW-P15-N、GW-P16-T和GW-P16-N。


4.一种同源重组修复缺陷参考品的制备方法，其特征在于，包括如下步骤：
（1）筛选配对细胞系
选择如下GW-P7~GW-P16的十对配对细胞系：
细胞系编号GW-P7-T：细胞系名称NCI-H1770；
细胞系编号GW-P7-N：细胞系名称NCI-BL1770；
细胞系编号GW-P8-T：细胞系名称NCI-H1184；
细胞系编号GW-P8-N：细胞系名称NCI-BL1184；
细胞系编号GW-P9-T：细胞系名称NCI-H128；
细胞系编号GW-P9-N：细胞系名称NCI-BL128；
细胞系编号GW-P10-T：细胞系名称NCI-H2171；
细胞系编号GW-P10-N：细胞系名称NCI-BL2171；
细胞系编号GW-P11-T：细胞系名称HCC1937；
细胞系编号GW-P11-...

【专利技术属性】
技术研发人员：韦良慎，梁达超，邱凯，魏孝林，刘亚胜，明炳玉，张秀芝，李培培，
申请(专利权)人：菁良基因科技深圳有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44