用于治疗剂分析的方法和系统技术方案

本公开内容提供了用于分析具有三维基质的生物样品中的试剂(例如，治疗剂)的方法和系统。统。统。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗剂分析的方法和系统
交叉引用
[0001]本申请要求于2018年9月5日提交的美国临时专利申请No.62/727,295的优先权，其通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0002]治疗剂例如小干扰RNA(siRNA)和微小RNA(miRNA)正在将治疗领域从癌症转向神经系统病症。然而，很少有分子获得FDA批准。递送验证和脱靶敲低的挑战代表了临床实用性的重大障碍。批量RNA测序可以确定总体转录变化；然而，小的影响往往在噪声中消失。此外，由于使样品均质化，批量RNA测序无法将影响定位于特定组织、细胞类型或单个细胞。靶向核糖核酸分子(RNA
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FISH)的荧光原位杂交可以将转录变化定位于特定细胞，然而，其低多重性限制了观察到的靶标数量。最后，RNA
‑
FISH可需要长探针(250
‑
1,500个碱基)，因此它无法直接检测和定位这些20
‑
50个碱基的小分子。

技术实现思路

[0003]本公开内容提供了用于在具有三维基质的生物样品中检测治疗剂的方法和系统。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于鉴定反义核酸分子和靶分子的方法，包括：(a)提供具有或疑似具有所述靶分子和所述反义核酸分子的生物样品，其中所述生物样品包含三维(3D)基质；(b)使用与所述反义核酸分子和所述靶分子分离的检测探针从所述生物样品中检测第一组信号和第二组信号，其中所述第一组信号鉴定所述反义核酸分子在所述生物样品中的相对位置，并且其中所述第二组信号鉴定所述靶分子的水平相对于参考的升高或降低；以及(c)使用所述第一组信号和所述第二组信号提供指示所述反义核酸分子和所述靶分子各自在所述生物样品中的位置的输出。2.根据权利要求1所述的方法，还包括，在(a)之前，提供所述生物样品，使所述生物样品与具有所述反义核酸分子的溶液接触，以及在所述生物样品与所述溶液接触后生成所述3D基质。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述靶分子是靶核酸分子。4.根据权利要求3所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针鉴定所述靶核酸分子的靶序列，从而提供所述第二组信号。5.根据权利要求4所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针对所述靶核酸分子进行测序，从而鉴定所述靶序列。6.根据权利要求1所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针鉴定所述反义核酸分子的反义序列，从而提供所述第一组信号。7.根据权利要求6所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针对所述反义核酸分子进行测序，从而鉴定所述反义序列。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶分子是靶多肽或靶蛋白。9.根据权利要求1
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8中任一项所述的方法，其中所述生物样品是细胞、细胞衍生物或组织。10.根据权利要求1
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9中任一项所述的方法，其中所述反义核酸分子是治疗剂。11.根据权利要求1
‑
10中的任一项所述的方法，其中所述输出是图像或视频。12.根据权利要求1
‑
11中任一项所述的方法，其中所述反义核酸分子是核糖核酸、硫代磷酸酯脱氧核糖核酸、锁定核酸、2
’‑
O
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甲氧基
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乙基核糖核酸、2
’‑
O
‑
甲基核糖核酸或者2
’‑
氟脱氧核糖核酸。13.根据权利要求1
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12中任一项所述的方法，其中所述反义核酸分子的长度为15至60个核苷酸。14.一种用于鉴定反义核糖核酸(RNA)分子与靶核酸RNA分子共定位的方法，包括：(a)提供具有或疑似具有所述靶RNA分子和所述靶RNA分子的所述反义RNA分子的生物样品，其中所述生物样品包含三维(3D)基质；(b)从所述生物样品中检测第一组信号和第二组信号，其中所述第一组信号鉴定所述反义RNA分子在所述生物样品中的相对位置，并且其中所述第二组信号鉴定所述靶RNA分子的水平相对于参考的升高或降低；以及(c)使用所述第一组信号和所述第二组信号提供指示所述反义RNA分子与所述靶RNA分子在所述生物样品中共定位的输出。
15.根据权利要求14所述的方法，还包括，在(a)之前，提供所述生物样品，使所述生物样品与具有所述反义RNA分子的溶液接触，以及在所述生物样品与所述溶液接触后，生成所述3D基质。16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述生物样品是细胞、细胞衍生物或组织。17.根据权利要求14
‑
16中任一项所述的方法，其中(b)包括使用检测探针鉴定所述反义RNA分子的反义序列，从而提供所述第一组信号。18.根据权利要求17所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针对所述反义RNA分子进行测序，从而鉴定所述反义序列。19.根据权利要求14
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16中任一项所述的方法，其中(b)包括使用检测探针鉴定所述靶RNA分子的靶序列，从而提供所述第二组信号。20.根据权利要求19所述的方法，其中(b)包括使用所述检测探针对所述靶RNA分子进行测序，从而鉴定所述靶序列。21.根据权利要求14
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20中任一项所述的方法，其中所述反义RNA分子是治疗剂。22.根据权利要求14
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21中任一项所述的方法，其中所述输出是图像或视频。23.根据权利要求14
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22中任一项所述的方法，其中所述反义RNA分子是修...

【专利技术属性】
技术研发人员：伊凡，
申请(专利权)人：瑞德库尔有限责任公司，
类型：发明
国别省市：