【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用糖类结合试剂和膜透过性试剂进行样品多重化
[0001]相关申请
[0002]本申请根据35U.S.C.
§
119(e)要求2018年8月28日提交的美国临时专利申请序号62/723,958的权益，为了所有目的将该相关申请的内容通过引用以其整体并入本文。
[0003]对序列表的引用
[0004]本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表被提供为题为SequenceListing.txt的文件，创建于2019年8月21日，大小是4千字节。将电子格式的序列表的信息通过引用以其整体并入本文。
[0005]背景
[0006]领域
[0007]本公开内容总体上涉及分子生物学领域，例如使用分子条形码化来鉴定不同样品的细胞并确定细胞中的蛋白表达谱。
[0008]相关技术的描述
[0009]当前的技术允许通过随着每个细胞与皮升微孔中的条形码化试剂珠共定位，将细胞特异性寡核苷酸条形码与来自个体细胞的聚(A)mRNA分子附接，以大规模并行方式(例如，>10000个细胞)确定单细胞的基...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于样品鉴定的方法，所述方法包括：使多于一个样品中的每一个分别与多于一种样品索引组合物中的样品索引组合物接触，其中所述多于一个样品中的每一个包含一个或更多个细胞，每一个细胞包含一种或更多种细胞表面糖类靶，其中所述样品索引组合物包含与样品索引寡核苷酸缔合的糖类结合试剂，其中所述糖类结合试剂能够与所述一种或更多种细胞表面糖类靶中的至少一种特异性结合，其中所述样品索引寡核苷酸包含样品索引序列，并且其中所述多于一种样品索引组合物中的至少两种样品索引组合物的样品索引序列包含不同的序列；并且基于所述多于一种样品索引组合物中的至少一个样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述一个或更多个细胞中的至少一个细胞的样品来源。2.根据权利要求1所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源还包括：使用多于一个条形码将所述多于一种样品索引组合物中的样品索引寡核苷酸条形码化以产生多于一个条形码化样品索引寡核苷酸；获得所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸的测序数据；并且基于所述测序数据中所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸中的至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源包括鉴定所述多于一种样品索引组合物中的至少一个样品索引寡核苷酸的样品索引序列的存在或不存在。4.根据权利要求3所述的方法，其中鉴定所述样品索引序列的存在或不存在包括：复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生多于一个复制的样品索引寡核苷酸；获得所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸的测序数据；并且基于所述测序数据中对应于所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的所述多于一个样品索引寡核苷酸的复制的样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。5.根据权利要求4所述的方法，其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸包括：在复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸之前，将复制衔接子连接至所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸，并且其中复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸包括使用连接至所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的复制衔接子复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸。6.根据权利要求4所述的方法，其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸包括：在复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸之前，使捕获探针与所述至少一个样品索引寡核苷酸接触以产生与所述样品索引寡核苷酸杂交的捕获探针；并且将与所述样品索引寡核苷酸杂交的捕获探针延伸以产生与所述捕获探针缔合的样品
索引寡核苷酸，并且其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸包括复制与所述捕获探针缔合的样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸。7.根据权利要求1
‑
6中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂附接。8.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂共价地附接。9.根据权利要求1
‑
8中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂缀合。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂通过选自由以下组成的组的化学基团缀合：可UV光裂解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺及其组合。11.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂非共价地附接。12.根据权利要求1
‑
11中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述糖类结合试剂通过接头缔合。13.根据权利要求1
‑
12中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种细胞表面糖类靶中的至少一种在细胞表面上。14.根据权利要求1
‑
13中任一项所述的方法，所述方法包括去除所述多于一种样品索引组合物中的未结合的样品索引组合物，并且任选地去除所述未结合的样品索引组合物包括(a)用洗涤缓冲液洗涤来自所述多于一个样品的每一个中的一个或更多个细胞，(b)使用流式细胞术选择与至少一种糖类结合试剂结合的细胞，或两者。15.根据权利要求1
‑
14中任一项所述的方法，所述方法包括裂解来自所述多于一个样品的每一个中的一个或更多个细胞。16.根据权利要求1
‑
15中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸被配置为不可从所述糖类结合试剂解离。17.根据权利要求1
‑
15中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸被配置为可从所述糖类结合试剂解离。18.根据权利要求1
‑
17中任一项所述的方法，所述方法包括使所述样品索引寡核苷酸从所述糖类结合试剂解离，并且任选地，使所述样品索引寡核苷酸解离包括通过可UV光裂解、化学处理、加热、酶处理或其任何组合使所述样品索引寡核苷酸从所述糖类结合试剂解离。19.根据权利要求1
‑
18中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂包括糖类结合蛋白，任选地，所述糖类结合蛋白包括凝集素。20.根据权利要求19所述的方法，所述凝集素包括：(a)甘露糖结合凝集素、半乳糖结合凝集素、N
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乙酰半乳糖胺结合凝集素、N
‑
乙酰葡萄糖胺结合凝集素、N
‑
乙酰神经氨酸结合凝集素、岩藻糖结合凝集素或其组合；或(b)伴刀豆球蛋白A(ConA)、扁豆凝集素(LCH)、雪花莲凝集素(GNA)、蓖麻凝集蛋白(RCA)、花生凝集蛋白(PNA)、波罗蜜凝集素(AIL)、毛叶苕子凝集素(VVL)、麦胚凝集蛋白
(WGA)、接骨木凝集素(SNA)、朝鲜槐白细胞凝集素(MAL)、朝鲜槐血凝素(MAH)、荆豆凝集蛋白(UEA)、橙黄网孢盘菌凝集素(AAL)或其组合。21.根据权利要求19所述的方法，其中所述凝集素是凝集蛋白，并且任选地所述凝集蛋白是麦胚凝集蛋白(WGA)。22.根据权利要求19
‑
21中任一项所述的方法，其中所述糖类结合蛋白来自或来源于动物、细菌、病毒、植物或真菌；并且任选地，所述植物是直生刀豆(Canavalia ensiformis)、兵豆(Lens culinaris)、雪花莲(Galanthus nivalis)、蓖麻(Ricinus communis)、落花生(Arachis hypogaea)、波罗蜜(Artocarpus integrifolia)、毛叶苕子(Vicia villosa)、普通小麦(Triticum vulgaris)、西洋接骨木(Sambucus nigra)、朝鲜槐(Maackia amurensis)、荆豆(Ulex europaeus)、橙黄网孢盘菌(Aleuria aurantia)或其组合。23.根据权利要求1
‑
22中任一项所述的方法，其中所述细胞表面糖类靶包括：(a)糖、寡糖、多糖、其衍生物或其组合；(b)单糖、二糖、多元醇、麦芽寡糖、非麦芽寡糖、淀粉、非淀粉多糖、其衍生物或其组合；(c)葡萄糖、半乳糖、果糖、木糖、蔗糖、乳糖、麦芽糖、海藻糖、山梨醇、甘露醇、麦芽糖糊精、棉子糖、水苏糖、果寡糖、直链淀粉、支链淀粉、改性淀粉、糖原、纤维素、半纤维素、果胶、水胶体、其衍生物或其组合；(d)α
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D
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甘露糖基残基、α
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D
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葡糖基残基、高α
‑
甘露糖型支链α
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甘露糖苷结构、混合型和二分支复合型N
‑
聚糖的支链α
‑
甘露糖苷结构、二分支和三分支复合型N
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聚糖的岩藻糖基化核心区、α1
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3和α1
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6连接的高甘露糖结构、Galβ1
‑
4GalNAcβ1
‑
R、Galβ1
‑
3GalNAcα1
‑
Ser/Thr、(Sia)Galβ1
‑
3GalNAcα1
‑
Ser/Thr、GalNAcα
‑
Ser/Thr、GlcNAcβ1
‑
4GlcNAcβ1
‑
4GlcNAc、Neu5Ac(唾液酸)、Neu5Acα2
‑
6Gal(NAc)
‑
R、Neu5Ac/Gcα2,3Galβ1,4Glc(NAc)、Neu5Ac/Gcα2,3Galβ1,3(Neu5Acα2,6)GalNac、Fucα1
‑
2Gal
‑
R、Fucα1
‑
2Galβ1
‑
4(Fucα1
‑
3/4)Galβ1
‑
4GlcNAc、R2
‑
GlcNAcβ1
‑
4(Fucα1
‑
6)GlcNAc
‑
R1、其衍生物或其组合；(e)糖蛋白、糖脂或其组合；或(f)糖类、脂质、蛋白、胞外蛋白、细胞表面蛋白、细胞标志物、B细胞受体、T细胞受体、主要组织相容性复合体、肿瘤抗原、受体、胞内蛋白或其任何组合。24.根据权利要求1
‑
23中任一项所述的方法，其中所述细胞表面糖类靶选自包括10
‑
100种不同细胞表面糖类靶的组。25.根据权利要求1
‑
24中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂与具有相同序列的两个或更多个样品索引寡核苷酸缔合。26.根据权利要求1
‑
24中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂与具有不同样品索引序列的两个或更多个样品索引寡核苷酸缔合。27.根据权利要求1
‑
26中任一项所述的方法，其中所述多于一种样品索引组合物中的样品索引组合物包含未与所述样品索引寡核苷酸缔合的第二糖类结合试剂。28.根据权利要求27所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂是相同的。29.根据权利要求1
‑
28中任一项所述的方法，其中所述多于一种样品索引组合物中的每一种包含所述糖类结合试剂。30.根据权利要求1
‑
29中任一项所述的方法，
其中所述多于一种样品索引组合物中的样品索引组合物包含能够与所述一种或更多种细胞表面糖类靶中的至少一种特异性结合的第二糖类结合剂。31.根据权利要求30所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂能够与所述一种或更多种细胞表面糖类靶中的同一种细胞表面糖类靶结合，并且其中所述第二糖类结合试剂未与所述样品索引寡核苷酸缔合。32.根据权利要求30所述的方法，其中所述第二糖类结合试剂与包含第二样品索引序列的第二样品索引寡核苷酸缔合，并且其中所述样品索引序列和所述第二样品索引序列是不相同的。33.根据权利要求30
‑
32中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂具有至少60％、70％、80％、90％或95％的序列同一性。34.根据权利要求30
‑
33中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂是相同的。35.根据权利要求30
‑
33中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂是不同的。36.根据权利要求30
‑
34中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂能够与同一种细胞表面糖类靶的不同区域结合。37.根据权利要求30
‑
34中任一项所述的方法，其中所述糖类结合试剂和所述第二糖类结合试剂能够与所述一种或更多种细胞表面糖类靶中的不同细胞表面糖类靶结合。38.根据权利要求32
‑
37中任一项所述的方法，其中所述样品索引序列和所述第二样品索引序列是相同的。39.根据权利要求32
‑
37中任一项所述的方法，其中所述样品索引序列和所述第二样品索引序列是不同的。40.根据权利要求1
‑
39中任一项所述的方法，所述方法包括在将所述样品索引寡核苷酸条形码化之前，将与所述多于一种样品索引组合物接触的所述多于一个样品汇集。41.根据权利要求1
‑
40中任一项所述的方法，其中所述多于一个条形码中的条形码包含靶结合区和分子标记序列，并且任选地所述靶结合区包含聚(dT)区，并且其中所述多于一个条形码中的至少两个条形码的分子标记序列包含不同的分子标记序列。42.根据权利要求41所述的方法，其中所述条形码包含细胞标记序列、通用引物的结合位点或其任何组合。43.根据权利要求41或42所述的方法，其中所述多于一个条形码与颗粒缔合。44.根据权利要求43所述的方法，其中所述多于一个条形码中的至少一个条形码被固定在颗粒上、被部分固定在颗粒上、被封闭在颗粒中、被部分封闭在颗粒中或其组合。45.根据权利要求43或44所述的方法，其中所述颗粒是可破坏的。46.根据权利要求43
‑
45中任一项所述的方法，其中所述颗粒包括珠，并且任选地所述珠是sepharose珠、链霉抗生物素蛋白珠、琼脂糖珠、磁珠、缀合珠、蛋白A缀合珠、蛋白G缀合珠、蛋白A/G缀合珠、蛋白L缀合珠、寡(dT)缀合珠、二氧化硅珠、二氧化硅样珠、水凝胶珠、可破坏的水凝胶珠、抗生物素微珠、抗荧光染料微珠或其任何组合。
47.根据权利要求43
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45中任一项所述的方法，其中所述颗粒包括选自由以下组成的组的材料：聚二甲基硅氧烷(PDMS)、聚苯乙烯、玻璃、聚丙烯、琼脂糖、明胶、水凝胶、顺磁物质、陶瓷、塑料、玻璃、甲基苯乙烯、丙烯酸聚合物、钛、乳胶、sepharose、纤维素、尼龙、硅酮及其任何组合。48.根据权利要求43
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47中任一项所述的方法，其中所述颗粒的条形码包括选自至少1000种、10000种不同的分子标记序列或其组合的分子标记序列，并且任选地，所述条形码的分子标记序列包含随机序列。49.根据权利要求43
‑
48中任一项所述的方法，其中所述颗粒包括至少10000种条形码。50.根据权利要求43
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49中任一项所述的方法，其中使用所述多于一个条形码将所述样品索引寡核苷酸条形码化包括：使所述多于一个条形码与所述样品索引寡核苷酸接触以产生与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码；并且将与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码延伸以产生所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸。51.根据权利要求50所述的方法，所述方法包括，在将与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码延伸之前，将与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码汇集，并且其中将与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码延伸包括将所汇集的与所述样品索引寡核苷酸杂交的条形码延伸以产生多于一个汇集的条形码化样品索引寡核苷酸。52.根据权利要求50所述的方法，其中将所述条形码延伸包括使用DNA聚合酶将所述条形码延伸以产生所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸，并且任选地，将所述条形码延伸包括使用逆转录酶将所述条形码延伸以产生所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸。53.根据权利要求50
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52中任一项所述的方法，所述方法包括扩增所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸以产生多于一个扩增子，并且任选地，扩增所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸包括使用聚合酶链式反应(PCR)扩增所述分子标记序列的至少一部分和所述样品索引寡核苷酸的至少一部分。54.根据权利要求1
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53中任一项所述的方法，其中获得所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸的测序数据包括获得所述多于一个扩增子的测序数据，或者对所述分子标记序列的至少一部分和所述样品索引寡核苷酸的至少一部分进行测序。55.根据权利要求1
‑
54中任一项所述的方法，其中使用所述多于一个条形码将所述样品索引寡核苷酸条形码化以产生所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸包括使用多于一个随机条形码将所述样品索引寡核苷酸随机条形码化以产生多于一个随机条形码化样品索引寡核苷酸。56.根据权利要求1
‑
55中任一项所述的方法，所述方法包括：使用所述多于一个条形码将所述细胞的多于一个靶条形码化以产生多于一个条形码化靶，其中所述多于一个条形码中的每一个包含细胞标记序列，并且其中所述多于一个条形码中的至少两个条形码包含相同的细胞标记序列；并且获得所述条形码化靶的测序数据。57.根据权利要求56所述的方法，其中使用所述多于一个条形码将所述多于一个靶条形码化以产生所述多于一个条形码化靶包括：
使所述靶的拷贝与所述条形码的靶结合区接触；以及使用所述多于一个条形码逆转录所述多于一个靶以产生多于一个逆转录的靶。58.根据权利要求56或57所述的方法，所述方法包括：在获得所述多于一个条形码化靶的测序数据之前，扩增所述条形码化靶以产生多于一个扩增的条形码化靶，并且任选地，扩增所述条形码化靶以产生所述多于一个扩增的条形码化靶包括通过聚合酶链式反应(PCR)扩增所述条形码化靶。59.根据权利要求56
‑
58中任一项所述的方法，其中使用所述多于一个条形码将所述细胞的多于一个靶条形码化以产生所述多于一个条形码化靶包括使用多于一个随机条形码将所述细胞的多于一个靶随机条形码化以产生多于一个随机条形码化靶。60.一种用于样品鉴定的方法，所述方法包括：使多于一个样品中的每一个分别与多于一种样品索引组合物中的样品索引组合物接触，其中所述多于一个样品中的每一个包含一个或更多个细胞，其中所述样品索引组合物包含与样品索引寡核苷酸缔合的细胞膜透过性试剂，其中所述样品索引寡核苷酸包含样品索引序列，并且其中所述多于一种样品索引组合物中的至少两种样品索引组合物的样品索引序列包含不同的序列；并且基于所述多于一种样品索引组合物中的至少一个样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述一个或更多个细胞中的至少一个细胞的样品来源。61.根据权利要求60所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源还包括：使用多于一个条形码将所述多于一种样品索引组合物中的样品索引寡核苷酸条形码化以产生多于一个条形码化样品索引寡核苷酸；获得所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸的测序数据；并且基于所述测序数据中所述多于一个条形码化样品索引寡核苷酸中的至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。62.根据权利要求60或61所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源包括鉴定所述多于一种样品索引组合物中的至少一个样品索引寡核苷酸的样品索引序列的存在或不存在。63.根据权利要求62所述的方法，其中鉴定所述样品索引序列的存在或不存在包括：复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生多于一个复制的样品索引寡核苷酸；获得所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸的测序数据；并且基于所述测序数据中对应于所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的所述多于一个样品索引寡核苷酸的复制的样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。64.根据权利要求63所述的方法，其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸包括：在复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸之前，将复制衔接子连接至所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸，并且其中复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸包括使用连接至所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸的复制衔接子复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸以
产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸。65.根据权利要求63所述的方法，其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸包括：在复制所述至少一个条形码化样品索引寡核苷酸之前，使捕获探针与所述至少一个样品索引寡核苷酸接触以产生与所述样品索引寡核苷酸杂交的捕获探针；并且将与所述样品索引寡核苷酸杂交的捕获探针延伸以产生与所述捕获探针缔合的样品索引寡核苷酸，并且其中复制所述至少一个样品索引寡核苷酸包括复制与所述捕获探针缔合的样品索引寡核苷酸以产生所述多于一个复制的样品索引寡核苷酸。66.根据权利要求1
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65中任一项所述的方法，其中所述样品索引序列的长度是6
‑
60个核苷酸，和/或所述样品索引寡核苷酸的长度是50
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500个核苷酸。67.根据权利要求1
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66中任一项所述的方法，其中所述多于一种样品索引组合物中的至少10种、100种或1000种样品索引组合物中的样品索引序列包含不同的序列。68.根据权利要求60
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67中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂附接。69.根据权利要求60
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69中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂共价地附接。70.根据权利要求60
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69中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂缀合。71.根据权利要求70所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂通过选自由以下组成的组的化学基团缀合：可UV光裂解基团、链霉抗生物素蛋白、生物素、胺及其组合。72.根据权利要求60
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68中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂非共价地附接。73.根据权利要求60
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72中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述细胞膜透过性试剂通过接头缔合。74.根据权利要求60
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73中任一项所述的方法，所述方法包括去除所述多于一种样品索引组合物中未结合的样品索引组合物。75.根据权利要求74所述的方法，其中去除所述未结合的样品索引组合物包括用洗涤缓冲液洗涤来自所述多于一个样品的每一个中的一个或更多个细胞。76.根据权利要求74所述的方法，其中去除所述未结合的样品索引组合物包括使用流式细胞术选择未与至少一种细胞膜透过性试剂接触的细胞。77.根据权利要求60
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76中任一项所述的方法，所述方法包括裂解来自所述多于一个样品的每一个中的一个或更多个细胞。78.根据权利要求60
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77中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸被配置为不可从所述细胞膜透过性试剂解离。79.根据权利要求60
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77中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸被配置为可从所述细胞膜透过性试剂解离。
80.根据权利要求60
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79中任一项所述的方法，所述方法包括使所述样品索引寡核苷酸从所述细胞膜透过性试剂解离。81.根据权利要求80所述的方法，其中使所述样品索引寡核苷酸解离包括通过可UV光裂解、化学处理、加热、酶处理或其任何组合使所述样品索引寡核苷酸从所述细胞膜透过性试剂解离。82.根据权利要求1
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81中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸与所述一个或更多个细胞中任一个的基因组序列不同源，与物种的基因组序列同源，或其组合。83.根据权利要求82所述的方法，其中所述物种是非哺乳动物物种。84.根据权利要求1
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83中任一项所述的方法，其中所述多于一个样品中的样品包括多于一个细胞、多于一个单细胞、组织、肿瘤样品或其任何组合。85.根据权利要求1
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84中任一项所述的方法，其中所述多于一个样品包括哺乳动物细胞、细菌细胞、病毒细胞、酵母细胞、真菌细胞或其任何组合。86.根据权利要求1
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85中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸包含与捕获序列互补的序列，所述捕获序列被配置为捕获所述样品索引寡核苷酸的序列。87.根据权利要求86所述的方法，其中所述条形码包括包含所述捕获序列的靶结合区，并且任选地，所述靶结合区包含聚(dT)区。88.根据权利要求86或87所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸中与所述捕获序列互补的序列包含聚(dA)区。89.根据权利要求88所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸包含与所述聚(dA)区相邻的对齐序列，并且任选地，所述对齐序列的长度是一个或更多个核苷酸或长度是两个或更多个核苷酸。90.根据权利要求89所述的方法，其中所述对齐序列包含：(a)鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶或其组合；(b)聚(dT)区、聚(dG)区、聚(dC)区、聚(dU)区或其组合；或两者。91.根据权利要求1
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90中任一项所述的方法，其中所...
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