【技术实现步骤摘要】
一种用于胃癌患者的预后风险评估系统
[0001]本专利技术涉及医学领域，具体而言，涉及一种用于胃癌患者的预后风险评估系统。
技术介绍
[0002]根据世界卫生组织于发布的2018年最新全球癌症统计数据显示，胃癌的发病率与死亡率分别位居第五位和第三位，是东亚地区的特色癌症，发病率可达32.1/10万人，死亡率为13.2/10万人，其中，日本、韩国、中国的发病率与死亡率高居世界前列[1]，因此，胃癌的预防与治疗应引起高度重视。胃癌的诊断常常较晚，尽管手术、放化疗、分子靶向及免疫治疗的进展改善了其总体预后，但仍不令人满意[2
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4]，探索有效的生物标记物，以对胃癌患者进行早期诊断及预后预测是迫在眉睫的。
[0003]DNA序列在很多疾病中不一定发生变化，大部分疾病中发生的变化是在表观遗传学水平，其次，与特定基因的广泛突变变异相比，启动子高甲基化发生在所有形式的癌症中的相同基因定义区域中[5]。所以采用表观遗传学水平中最常见的DNA甲基化差异表达对胃癌患者进行预后预测是比较可靠的。DNA甲基化是一个主要的表...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种用于胃癌患者的预后风险评估系统，其特征在于，包括：胃癌甲基化数据获取模块，用于从UCSC Xena数据库中获取TCGA胃癌甲基化谱以及从GEO数据库中获取胃癌甲基化谱数据集GSE30601，其中，TCGA胃癌甲基化谱包括第一甲基化数据集和第二甲基化数据集，第一甲基化数据集为Illumina HumanMethylation450 BeadChip并且包含2个正常样本和395个胃癌样本，第二甲基化数据集为Illumina HumanMethylation27 BeadChip并且包含25个正常样本和48个胃癌样本，胃癌甲基化谱数据集GSE30601包含94个正常样本和203个胃癌样本；差异甲基化位点获取模块，其用于执行以下操作：将TCGA胃癌甲基化谱作为训练集，将胃癌甲基化谱数据集GSE30601作为验证集，对训练集中的27个正常样本和443个胃癌样本中的甲基化数据进行背景校正和归一化处理，以|logFC|>m，FDR<n为阈值，利用wilcox.test筛选胃癌样本中显著差异甲基化位点，在胃癌样本中筛选出多个高甲基化位点和多个低甲基化位点，其中，FC为差异倍数，FDR为错误发现率，再利用R软件包pheatmap绘制胃癌中差异甲基化位点的甲基化热图；预后模型构建模块，将多个高甲基化位点和多个低甲基化位点分别对应的甲基化值与对应患者的生存数据进行合并，以P<0.01为阈值，P为对患者进行分类的阈值，进行单变量Cox比例风险回归分析，得到能够显著影响胃癌患者生存的甲基化位点，通过LASSO回归分析去除冗余甲基化位点后进行T次模拟，通过交叉...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘东辉，王旭瑶，孔鹏羽，王超，姜庆鑫，刘威，
申请(专利权)人：黑龙江省医院，
类型：发明
国别省市：
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