改进多核苷酸簇克隆性优先性的方法技术

本发明专利技术涉及通过调节靶核酸衔接子与附着于阵列的引物之间的同源性程度以将动态延迟编码到接种的靶核酸中来改进阵列中单克隆簇的产生的组合物和方法。的产生的组合物和方法。的产生的组合物和方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】改进多核苷酸簇克隆性优先性的方法
[0001]优先权
[0002]本申请要求于2018年12月19日提交的美国临时申请第62/782,279号的优先权，其内容通过引用整体并入本文。


[0003]本公开特别涉及利用靶核酸的排除扩增来产生扩增子测序簇；更具体涉及增加单克隆簇的数目。

技术介绍

[0004]下一代测序(NGS)技术的改进极大地提高了测序速度和数据输出，导致当前测序平台的样品通量巨大。大约10年前，Illumina基因组分析仪每次运行能够生成多达1千兆字节的序列数据。如今，Illumina NovaSeq
TM
系列系统能够在两天内生成多达2兆兆字节的数据，这代表容量(capacity)增加了2000倍以上。
[0005]实现这种增加容量的一方面是簇生成。簇生成可包括文库的产生，其中文库的成员包括在每个末端存在的通用序列。将文库加载到流动池中，并在与通用序列互补的表面结合寡聚物丛上捕获文库的个别成员。然后，通过桥式扩增将各个成员扩增成不同的克隆簇。簇生成完成后，个别簇可包含大约1000个拷贝的文库本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于扩增核酸的方法，其包括：(a)提供扩增试剂，其包含：(i)扩增位点的阵列，其中所述扩增位点包含两个捕获核酸群体，各个群体包含捕获序列，其中第一群体包含第一捕获序列，并且第二群体包含第二捕获序列，和(ii)溶液，其包含多个不同的经修饰的双链靶核酸，其中所述不同的经修饰的靶核酸在3
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端包含第一通用捕获结合序列，其比与所述第一捕获序列具有100％互补性的第一通用捕获结合序列具有更小的对所述第一捕获序列的亲和力；和(b)使所述扩增试剂反应以产生多个扩增位点，所述扩增位点各自包含来自所述溶液的个别靶核酸的扩增子的克隆群体。2.用于扩增核酸的方法，其包括：(a)提供扩增试剂，其包含：(i)扩增位点的阵列，其中所述扩增位点包含两个捕获核酸群体，各个群体包含捕获序列，其中第一群体包含第一捕获序列，并且第二群体包含第二捕获序列，和(ii)溶液，其包含多个不同的经修饰的靶核酸，其中所述不同的经修饰的靶核酸在3
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端包含第一通用捕获结合序列，其比与所述第一捕获序列具有100％互补性的第一通用捕获结合序列具有更小的对所述第一捕获序列的亲和力；和(b)使所述扩增试剂反应以产生多个扩增位点，所述扩增位点各自包含来自所述溶液的个别靶核酸的扩增子的克隆群体，其中所述反应包括：(i)从转运至各个所述扩增位点的个别靶核酸产生第一扩增子，和(ii)从转运至各个所述扩增位点的所述个别靶核酸或从所述第一扩增子产生后续扩增子，其中在所述扩增位点处产生所述后续扩增子的平均速率小于在所述扩增位点处产生所述第一扩增子的平均速率。3.用于测定核酸序列的方法，其包括进行测序程序，该测序程序检测在阵列上多个扩增子位点的各处的扩增子的表观克隆群体，其中所述阵列通过包括以下的方法制备：(a)提供扩增试剂，其包含：(i)多个扩增位点，其中所述扩增位点包含两个捕获核酸群体，各个群体包含捕获序列，其中第一群体包含第一捕获序列，并且第二群体包含第二捕获序列，和(ii)溶液，其包含多个不同的经修饰的靶核酸，其中所述不同的经修饰的靶核酸在3
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端包含第一通用捕获结合序列，其比与所述第一捕获序列具有100％互补性的第一通用捕获结合序列具有更小的对所述第一捕获序列的亲和力；(b)使所述扩增试剂反应。4.权利要求1、2或3的方法，其中所述溶液中所述不同的经修饰的靶核酸的数目超过所
述阵列中扩增位点的数目，其中所述不同的经修饰的靶核酸具有对所述多个扩增位点的流体通路，和其中各个所述扩增位点包含所述多个不同核酸中几个核酸的容量。5.权利要求1的方法，其中所述反应包括同时：(i)以平均转运速率将所述不同的经修饰的靶核酸转运至所述扩增位点，和(ii)以平均扩增速率扩增位于所述扩增位点处的所述靶核酸，其中所述平均扩增速率小于所述平均转运速率。6.权利要求3的方法，其中所述溶液中多个不同的经修饰的靶核酸为如下的浓度，所述浓度同时导致：(i)将所述不同的经修饰的靶核酸从所述溶液转运至所述扩增位点，和(ii)以扩增速率扩增位于所述扩增位点处的所述靶核酸，以产生扩增子位点的阵列，所述扩增子位点各自包含所述扩增子的表观克隆群体。7.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述第一通用捕获结合序列与所述第一捕获序列具有小于100％的互补性。8.权利要求7的方法，其中所述第一通用捕获结合序列包含与所述第一捕获序列不互补的1个、2个或3个核苷酸。9.权利要求7的方法，其中所述不同的经修饰的靶核酸包含第一通用捕获结合序列的异质群体，其中所述异质群体包含个别的第一通用捕获结合序列，所述第一通用捕获结合序列具有(i)与所述第一捕获序列不互补的1个、2个或3个核苷酸，或(ii)与所述第一捕获序列的100％互补性。10.权利要求9的方法，其中与所述第一捕获序列具有100％互补性的所述异质群体的成员以比所述异质群体的其他成员更多的数目存在。11.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述第一通用捕获结合序列具有比所述第一捕获序列的长度更小的长度。12.权利要求11的方法，其中所述第一通用捕获结合序列具有比所述第一捕获序列的长度小1至12个核苷酸的长度。13.权利要求11的方法，其中所述不同的经修饰的靶核酸包含第一通用捕获结合序列的异质群体，其中所述异质群体包含个别的第一通用捕获结合序列，所述第一通用捕获结合序列具有比所述第一捕获序列的长度小1至12个核苷酸。14.权利要求9的方法，其中所述异质群体还包含个别的第一通用捕获结合序列，所述第一通用捕获结合序列具有(iii)比所述第一捕获序列的长度更小的长度。15.权利要求14的方法，其中所述个别的第一通用捕获结合序列具有比所述第一捕获序列的长度小1至12个核苷酸的长度。16.权利要求14的方法，其中具有比所述第一捕获序列的长度更小的长度的所述异质群体的个别成员包含与所述第一捕获序列的序列不互补的1个、2个或3个核苷酸，或与所述第一捕获序列的序列的100％互补性。17.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述不同的经修饰的靶核酸在5
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端包含具有互补物的第二通用捕获结合序列，其比具有与所述第二捕获序列具有100％互补性的互补物的第二通用捕获结合序列具有更小的对所述第二捕获序列的亲和力。
18.权利要求17的方法，其中所述第二通用捕获结合序列的互补物与所述第二捕获序列具有小于100％的互补性。19.权利要求18的方法，其中所述第二通用捕获结合序列的互补物包含与所述第二捕获序列不互补的1个、2个或3个核苷酸。20.权利要求18的方法，其中所述不同的经修饰的靶核酸包含第二通用捕获结合序列的异质群体，其中所述异质群体包含个别的第二通用捕获结合序列，所述第二通用捕获序列包含互补物，所述互补物具有(i)与所述第二捕获序列不互补的1个、2个或3个核苷酸，或(ii)与所述第二捕获序列的100％互补性。21.权利要求20的方法，其中包含与所述第二捕获序列具有100％互补性的互补物的所述异质群体的成员以比所述异质群体的其他成员更多的数目存在。22.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述第二通用捕获结合序列具有比所述第二捕获序列的长度更小的长度。23.权利要求22的方法，其中所述第二通用捕获结合序列具有比所述第二捕获序列的长度小1至12个核苷酸的长度。24.权利要求22的方法，其中所述不同的经修饰的靶核酸包含第二通用捕获结合序列的异质群体，其中所述异质群体包含个别的第二通用捕获结合序列，所述第二通用捕获结合序列具有比所述第二捕获序列的长度小1至12个核苷酸。25.权利要求20的方法，其中所述异质群体还包含个别的第二通用捕获结合序列，所述第二通用捕获结合序列具有(iii)比所述第二捕获序列的长度更小的长度。26.权利要求25的方法，其中所述个别的第二通用捕获结合序列具有比所述第二捕获序列的长度小1至12个核苷酸的长度。27.权利要求26的方法，其中具有比所述第二捕获序列的长度更小的长度的所述异质群体的个别成员包含互补物，所述互补物包含与所述第二捕获序列的序列不互补的1个、2个或3个核苷酸，或与所述第二捕获序列的序列的100％互补性。28.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述靶核酸是DNA。29.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述扩增位点的阵列包括表面上特征的阵列。30.权利要求29的方法，其中各个所述特征的面积比被转运至所述扩增位点的所述靶核酸的排除体积的直径更大。31.权利要求30的方法，其中所述特征是不连续的，并且被缺乏捕获剂的所述表面的间隙区域分开。32.权利要求29的方法，其中各个所述特征包括珠、孔、通道、脊、突起...

【专利技术属性】
技术研发人员：JS菲舍尔，M郭，
申请(专利权)人：亿明达股份有限公司，
类型：发明
国别省市：