基于python的二代测序样本混样方法、应用、设备、计算机可读存储介质技术

本发明专利技术公开了一种基于python的二代测序样本混样方法，包括以下步骤：文件读取并解析，样品排序到流通槽，样品添加接头序列，计算样本混样体积，输出混样表格。本发明专利技术方法可以自动检测每个流通槽是否含有接头重复，计算流通槽中最优组合的样本，并自动计算最优混样体积，输出结果清晰明了，提高生产中样本混样的效率和精确性。本发明专利技术还公开了一种上述方法在二代测序混样中的应用。

【技术实现步骤摘要】
基于python的二代测序样本混样方法、应用、设备、计算机可读存储介质
本专利技术属于高通量测序
，具体涉及一种基于python的二代测序样本混样方法。
技术介绍
Python是一种解释性和面对对象的计算机程序设计语言，由于其语法简约和清晰且拥有丰富和强大的库被广泛应用于数据分析领域。目前，由于在实际生产中往往会遇到不同物种样本或数据量不相同的样本在一次上机中混合在同一条流通槽，且要满足在同一个流通槽中样本接头不能重复和总数据量足够的情况，会出现由于样本量较大，人工组合排序并计算混样体积速度较慢，易出错，且会剩余大量样本无法进行混样等问题。
技术实现思路
为了解决现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一种基于python的二代测序样本混样方法。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案：本专利技术提供了一种基于python的二代测序样本混样方法，包括如下步骤：文件读取并解析、样品排序到流通槽、样品添加接头序列、计算样本混样体积、输出混样表格；所述文件为含有二代测序样本基本信息的标准本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于python的二代测序样本混样方法，其特征在于，所述混样方法包括如下步骤：/n步骤1，文件读取并解析：所述文件为含有二代测序样本基本信息的标准格式excel表格，并自动解析多个表单，将表单数据分类成常规样品数据和补测样品数据；/n步骤2，样品排序到流通槽：所述样品为待测序的核酸样本，将其依次填充到流通槽；所述流通槽需保持完整；所述完整的条件为确保同一条流通槽的接头名称不重复；和/或，数据总量不低于最低下限和不高于最高上限；和/或，补测样品数不超过上限；和/或，选择剩余样本数最少的排序组合方式；/n步骤3，样品添加接头序列：所述接头序列为根据样本接头名称判断类型，并通过区分单双端接头...

【技术特征摘要】
1.一种基于python的二代测序样本混样方法，其特征在于，所述混样方法包括如下步骤：
步骤1，文件读取并解析：所述文件为含有二代测序样本基本信息的标准格式excel表格，并自动解析多个表单，将表单数据分类成常规样品数据和补测样品数据；
步骤2，样品排序到流通槽：所述样品为待测序的核酸样本，将其依次填充到流通槽；所述流通槽需保持完整；所述完整的条件为确保同一条流通槽的接头名称不重复；和/或，数据总量不低于最低下限和不高于最高上限；和/或，补测样品数不超过上限；和/或，选择剩余样本数最少的排序组合方式；
步骤3，样品添加接头序列：所述接头序列为根据样本接头名称判断类型，并通过区分单双端接头进行查询获得的唯一对应序列；
步骤4，计算样本混样体积：所述混样体积为每条合格的流通槽，根据其中每个样品的数据量计算保持总体积趋近上限的最优混样体积；
步骤5，输出混样表格：所述混样表格为拆分合格和非合格的流通槽数据，并进行自动输出后导出的同一excel表格。


2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述二代测序样本基本信息包含：编号、序号、样本分析名、样品名称、接头、数据量/G、合同号、任务单号、物...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡志强，闵运丰，李晖，徐天生，吴学标，肖云平，史贤俊，
申请(专利权)人：上海欧易生物医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31