基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统技术方案

本发明专利技术提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，该全基因组分析系统针对新冠病毒的测序数据建立完整的分析流程，针对二代测序和三代测序的测序数据进行质控、基因组覆盖度、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的的整体分析，且针对变异检测进行树状的分析。变异检测结果和样本相互关联，更便于对新冠病毒的流行史进行管控，另外，测序分析的分析全过程可视化展示，操作人员在操作界面即可简单地依据操作指令进行分析操作，且分析结果以图表的形式全面展示。

【技术实现步骤摘要】
基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统
本专利技术涉及基因分析系统，特别涉及一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统。
技术介绍
新冠病毒(SARs-CoV)作为传染性非典型肺炎病毒可通过实时-PCR、病毒基因测序或病毒特异性抗体检测进行确诊，通过全基因组测序的方法进行新冠病毒的检测和管控可达到良好的成效。目前，基于电信号检测的纳米孔测序技术是目前实验操作最简单、测序速度最快的高通量测序平台，但是目前采用的测序方法产生的大量原始数据需要长期培训的专业实验人员进行分析，专业实验人员需要通过linuxshell命令行形式去调用多种程序，实现对原始的序列进行过滤、序列比对、微生物物种分类、微生物读序数统计、病原微生物检测、目标物种数据提取、基因组完整度计算等分析工作。这样的缺陷在于需要专业实验人员具有很强的生物信息分析和linux系统操作能力，而且同时每种分析程序都具有不同的选择方案和参数，需要专业实验人员花费大量时间反复摸索调整程序和参数，效率非常低，数据的可视化效果展示存在问题，自动化程度非常低。总结而言，目前并无针对新冠病毒全基因本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，其特征在于，包括：/n相互关联的数据分析系统和样本管理系统，数据分析系统用于获取待检测病原体的测序数据以鉴定待检测病原体的种类，样本管理系统用于获取对应待检测病原体的样本信息，测序数据和样本信息关联；/n数据分析系统包括：/n任务建立单元，建立对应待检测病原体的测序数据的分析任务，其中分析任务存储待检测病原体的测序数据以及分析参数；/n参考基因组，存储新冠病毒的参考基因序列；/n序列比对单元，获取比对指令，比对测序数据和参考基因组获取待检测病原体的检测序列；/n序列分析单元，获取序列分析指令，基于检测序列进行基因组覆盖率、变异检测、基因组组装以...

【技术特征摘要】
1.一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，其特征在于，包括：
相互关联的数据分析系统和样本管理系统，数据分析系统用于获取待检测病原体的测序数据以鉴定待检测病原体的种类，样本管理系统用于获取对应待检测病原体的样本信息，测序数据和样本信息关联；
数据分析系统包括：
任务建立单元，建立对应待检测病原体的测序数据的分析任务，其中分析任务存储待检测病原体的测序数据以及分析参数；
参考基因组，存储新冠病毒的参考基因序列；
序列比对单元，获取比对指令，比对测序数据和参考基因组获取待检测病原体的检测序列；
序列分析单元，获取序列分析指令，基于检测序列进行基因组覆盖率、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的至少一序列分析任务；
分析报告生成单元，获取报告指令，摘录序列分析单元的分析结果数据，分析结果数据和样本管理系统关联，生成分析报告。


2.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，其特征在于，任务建立单元包括二代测序任务模块以及三代测序任务模块，二代测序任务模块存储二代测序任务及对应的分析参数，三代测序任务模块存储三代测序任务及对应的分析参数，且任务建立单元设置参数设置模块。


3.根据权利要求2所述的基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，其特征在于，针对三代测序任务的分析参数包括任务名、模式、序列路径、混样试剂、线程数、长度限制值、准确度限制值、一致性深度以及SNP准确度Q值，针对二代测序任务的分析参数包括任务名、序列选择、线程数，一致性深度以及SN...

【专利技术属性】
技术研发人员：毛凌峰，徐兴宇，沈航杰，倪莉丽，
申请(专利权)人：杭州柏熠科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33