一种检测MET基因扩增的方法及装置制造方法及图纸

一种检测MET基因扩增的方法及装置，该方法包括：拷贝数变异分析步骤，包括分析比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中，7号染色体上MET基因的拷贝数，以及7号染色体的拷贝数，判断MET基因拷贝数扩增类型。通过对7号染色体上MET基因的拷贝数、7号染色体的拷贝数进行分析，可准确判断基因拷贝数扩增类型，区别整体染色体重复与和局部区域基因的重复导致的MET基因拷贝数扩增，对临床用药、新药筛选等具有重要的指导意义。

【技术实现步骤摘要】
一种检测MET基因扩增的方法及装置
本专利技术涉及肿瘤基因检测
，具体涉及一种检测MET基因扩增的方法及装置。
技术介绍
MET基因位于人类7号染色体长臂，含有21个外显子，其编码的c-MET蛋白是肝细胞生长因子(HGF)的酪氨酸激酶受体，HGF与c-MET结合激活下游信号通路，促进细胞增殖、生长、迁移、血管生成。当MET基因出现异常时，主要表现为c-MET蛋白过表达、MET基因突变和MET基因扩增，会持续激活相关通路，导致癌细胞不断增殖和转移。MET基因扩增被认为是EGFRTKIs抑制剂获得性耐药的机制之一。因此MET基因的扩增在指导肿瘤临床治疗至关重要。目前可以检测MET基因扩增的方法有荧光原位杂交(FISH)和荧光定量PCR技术。利用FISH技术从基因水平上进行检测MET基因扩增是目前行业公认的金标准，通过计算MET基因探针与7号染色体着丝粒(CEP7)探针杂交信号之比来判断MET基因是否有扩增，将检测结果小于1.8定义为阴性；1.8-2.2范围内无法准确界定，为疑似阳性；大于2.2定义为阳性。然而FISH检测MET基因扩增的错误率较高。而荧光定量PCR方法虽然重复性、特异性较好，但由于其技术本身原因导致定量的准确度不足，灵敏度较差。
技术实现思路
根据第一方面，在一些实施例中，为解决上述技术问题，提供一种检测MET基因扩增的方法，包括：拷贝数变异分析步骤，包括分析比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中，7号染色体上MET基因的拷贝数，及7号染色体的拷贝数，判断基因拷贝数扩增类型。根据第二方面，在一些实施例中，提供一种检测MET基因扩增的系统，包括：拷贝数变异分析装置，用于分析比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中，7号染色体上MET基因的拷贝数，及7号染色体的拷贝数，判断基因拷贝数扩增类型。根据第三方面，在一些实施例中，提供一种装置，包括：存储器，用于存储程序；处理器，用于通过执行所述存储器存储的程序以实现如第一方面所述的方法。根据第四方面，在一些实施例中，提供一种计算机可读存储介质，其上存储有程序，所述程序能够被处理器执行以实现如第一方面所述的方法。依据上述实施例的一种检测MET基因扩增的方法及装置，通过对7号染色体上MET基因的拷贝数、整个7号染色体的拷贝数进行分析，可准确判断基因拷贝数扩增类型，区别整体染色体重复与和局部区域基因的重复导致的MET基因拷贝数扩增，对临床用药、新药筛选等具有重要的指导意义。附图说明图1为显示为一实施例的流程图。具体实施方式下面通过具体实施方式结合附图对本专利技术作进一步详细说明。其中不同实施方式中类似元件采用了相关联的类似的元件标号。在以下的实施方式中，很多细节描述是为了使得本申请能被更好的理解。然而，本领域技术人员可以毫不费力的认识到，其中部分特征在不同情况下是可以省略的，或者可以由其他元件、材料、方法所替代。在某些情况下，本申请相关的一些操作并没有在说明书中显示或者描述，这是为了避免本申请的核心部分被过多的描述所淹没，而对于本领域技术人员而言，详细描述这些相关操作并不是必要的，他们根据说明书中的描述以及本领域的一般技术知识即可完整了解相关操作。另外，说明书中所描述的特点、操作或者特征可以以任意适当的方式结合形成各种实施方式。同时，方法描述中的各步骤或者动作也可以按照本领域技术人员所能显而易见的方式进行顺序调换或调整。因此，说明书和附图中的各种顺序只是为了清楚描述某一个实施例，并不意味着是必须的顺序，除非另有说明其中某个顺序是必须遵循的。本文中为部件所编序号本身，例如“第一”、“第二”等，仅用于区分所描述的对象，不具有任何顺序或技术含义。而本申请所说“连接”、“联接”，如无特别说明，均包括直接和间接连接(联接)。MET基因位于人类7号染色体长臂(7q21-31)，长度约125kb，同时含有21个外显子。c-MET是MET基因编码产生的具有自主磷酸化活性的跨膜受体，属于酪氨酸激酶受体(receptortyrosinekinases,RTKs)超家族，由膜外Sema域、PSI域、IPT域和膜内JM域、催化TK域、C末端组成，主要表达于上皮细胞。HGF与c-MET的Sema域结合使c-MET发生二聚、酪氨酸磷酸化，激活众多下游信号通路，如PI3K-Akt、Ras-MAPK、STAT和Wnt/β-catenin等，从而发挥其促细胞增殖、细胞生长、细胞迁移、侵袭血管及血管生成等效应，在组织正常发育和肿瘤进展中发挥关键作用。c-MET通路正常表达时促进组织的分化与修复，当调节异常时则促进肿瘤细胞的增殖与转移。c-MET通路异常激活主要包括MET14外显子跳跃突变、MET扩增和MET过表达3种类型。MET扩增即MET拷贝数扩增，包括整体染色体重复和局部区域基因的重复。整体染色体重复即多倍体，肿瘤细胞中出现多条7号染色体。尽管MET扩增的发生率不高，但常伴有较强的MET蛋白表达，同时也是预后不良的因素之一。MET抑制剂对于MET高扩增的患者有明显获益。约15％-20％的EGFR获得性耐药患者可检测到MET扩增，MET扩增可同时伴有T790M突变或小细胞肺癌(smallcelllungcancer,SCLC)转化。MET扩增也是三代EGFR-TKIs的重要耐药机制之一。高通量测序：又称为第二代测序,相比于第一代以Sanger为代表的测序技术,具有通量高、产量高、准确度高、分析自动化等特点。Fastq文件：二代测序仪下机的bcl格式数据经转换得到的序列文件，包含序列名称、碱基序列信息、碱基质量值等。BAM文件：使用BWA比对软件将下机序列比对到人类参考基因上生成的文件，该文件含有序列在参考基因上的位置、比对质量等详细信息。SNV：单核苷酸位点变异。和参考基因组该位置的碱基不同，样本基因组上该位置的碱基可能被替换为其他类型的碱基。CNV：基因拷贝数变异。基因组上大片段序列拷贝数的增加或者减少，可分为缺失(deletion)和重复(duplication)两种类型，是一种重要的分子机制。胚系突变：亦称胚系变异，是指在人的胚胎发育期已经携带的变异(几乎全部遗传自父母)，存在于生殖细胞内具有遗传性，构成人与人的遗传多样性。通常，人体的所有细胞均带有一致的胚系突变；但并非所有胚系突变具有致病性。杂合突变：是指一对等位基因中只有其中一个基因出现突变。随着高通量测序技术的高速发展，基于高通量测序(NextGenerationSequencing，NGS)的基因检测已经可以越来越多的指导临床肿瘤治疗，以分子检测的结果进行用药指导，给越来越多的患者带去获益。对于MET基因而言，目前基于高通量测序的分析方法仅仅只能分析MET基因拷贝数情况，而MET基因拷贝数增加并不代表一定是染色体上局部区域MET基因扩增造成的。因为MET基因拷贝数增加可能是染色体上局部区域ME本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测MET基因扩增的方法，其特征在于，包括：/n拷贝数变异分析步骤，包括分析比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中，7号染色体上MET基因的拷贝数，以及7号染色体的拷贝数，判断MET基因拷贝数扩增类型。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测MET基因扩增的方法，其特征在于，包括：
拷贝数变异分析步骤，包括分析比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中，7号染色体上MET基因的拷贝数，以及7号染色体的拷贝数，判断MET基因拷贝数扩增类型。


2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，如果待测样本的7号染色体上MET基因的拷贝数≥2.4，且待测样本的7号染色体的拷贝数＜2.4，则判断为7号染色体上局部区域MET基因扩增造成的MET基因拷贝数增加；
和/或，如果待测样本的7号染色体上MET基因的拷贝数≥2.4，且待测样本的7号染色体的拷贝数≥2.4，则判断为7号染色体重复造成的MET基因拷贝数增加；
和/或，如果待测样本的MET基因拷贝数＜2.4，则判断为MET基因拷贝数正常；
和/或，如果待测样本的7号染色体拷贝数＜2.4，则判断为7号染色体拷贝数正常。


3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括单核苷酸杂合突变的突变频率的差值计算步骤，包括从比对到参考基因组上的待测样本、相应的正常对照样本的测序数据中提取待测样本、对应的正常对照样本中7号染色体上的全部胚系单核苷酸杂合突变，根据待测样本中的全部胚系单核苷酸杂合突变相对于相应的正常对照样本的变化以及待测样本的7号染色体上MET基因的拷贝数、7号染色体的拷贝数，判断MET基因拷贝数扩增类型。


4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，提取待测样本、对应的正常对照样本中7号染色体上的全部胚系单核苷酸杂合突变后，计算待测样本与对应的正常对照样本中7号染色体上的全部胚系单核苷酸杂合突变的突变频率的差值的绝对值，根据所述绝对值以及待测样本中的7号染色体上MET基因的拷贝数、7号染色体的拷贝数，判断MET基因拷贝数扩增类型；
和/或，如果待测样本的7号染色体上MET基因的拷贝数≥2.4，且待测样本的7号染色体的拷贝数＜2.4，待测样本、对应的正常对照样本测序数据中7号染色体上的全部胚系单核苷酸杂合突变的突变频率的差值的绝对值＜8％，则判断为7号染色体上局部区域MET基因扩增造成的MET基因拷贝数增加；
和/或，如果待测样本的7号染色体上MET基因的拷贝数≥2.4，且待测样本的7号染色体的拷贝数≥2.4，待测样本、对应的正常对照样本中7号染色体上的全部胚系单核苷酸杂合突变的突变频率的差值的绝对值≥8％，则判断为7号染色体重复造成的MET基因拷贝数增加。


5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，拷贝数变异分析步骤和/或单核苷酸杂合突变的突变频率的差值计算步骤之前，还包括一次质控步骤，具体包括分别去除待测样本、对应的正常对照样本测序数据中的测序接头序列信息、低质量序列信息、N碱基占比高的序列信息，进行一次质控，如果测序数据满足所有一次质控参数条件，进行下一步分析，如果不满足所有一次质控参数条件，则报告质控不通过，不进入下一步分析；
和/或，所述一次质控的信息为碱基质量值大于20的百分比Q20、碱基质量值大于30的百分比Q30、GC含量信息中的至少一种；
和/或，一次质控参数为如下参数中的至少一种：Q20＞90％，Q30＞85％，GC含量在40％-60％之间；
和/或，一次质控参数包括：Q20＞90％，Q30＞8...

【专利技术属性】
技术研发人员：许明炎，周衍庆，陈亚如，陈实富，
申请(专利权)人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44