一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物及其筛选方法和应用。该标志物为SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2和PQBP1基因中的至少一种。一种检测预测宫颈鳞癌化疗疗效标志物的试剂在制备用于预测宫颈鳞癌基于顺铂联合放化疗效果的产品中的应用，该试剂为检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因频率或表达水平的试剂。本发明专利技术筛选得到的基因可以准确的将放化疗有反应者和无反应患者区分开来，利用所述基因可辅导患者选择不同的治疗方式。利用所述基因可辅导患者选择不同的治疗方式。

【技术实现步骤摘要】
一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物及其筛选方法和应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物，以及检测预测宫颈鳞癌化疗疗效标志物的试剂在制备用于预测宫颈鳞癌联合化疗效果的产品中的应用。

技术介绍

[0002]宫颈癌是全世界妇女癌症死亡的主要原因之一。对于研究人员和医生来说，宫颈癌的治疗仍然是一个重大挑战。此外，与工业化国家相比，欠发达地区的死亡率显著增加，因为大多数患者在诊断时已经处于晚期。宫颈癌有鳞状细胞癌和腺癌两种，其中以鳞状细胞癌所占比例最大。目前，宫颈鳞癌的治疗主要包括手术、化疗、放疗或联合治疗。联合放化疗是局部晚期宫颈鳞癌的主要治疗方法。
[0003]在过去的工作中，临床发现联合放化疗对部分局部晚期宫颈鳞癌患者无效并表现出治疗耐药性。大约一半的患者在治疗后的头两年内会复发或转移，高达40％的患者对常规治疗无反应，目前联合放化疗治疗局部晚期宫颈鳞癌无效的原因尚不清楚。对于治疗无效的患者，我们需要采用其他有效的治疗方案。基因组失衡可导致癌细胞中癌基因和抑癌基因的不可控表达。因此，我们需要寻找与局部晚期宫颈鳞癌患者治疗相关的基因，以区分预后好的患者和预后差的患者。
[0004]临床上对于局部晚期宫颈鳞癌放化疗的治疗并没有考虑到患者个性化的差异，因此对于检测基因表达谱数据，建立预测模型，筛选出局部晚期宫颈鳞癌放化疗不敏感的病人是很重要的，可在一定程度上对病人的预后产生积极的作用。在治疗上，转录因子是一种结合特定DNA序列来控制从DNA到mRNA转录信息速率的蛋白质，可以通过改变转录因子来调节其影响的与放化疗疗效相关的基因，从而影响其作用的信号通路，提高放化疗敏感性，让更多的患者对放化疗治疗产生反应。
[0005]综上所述，筛选新的局部晚期宫颈鳞癌放化疗敏感性基因，将有助于提高放化疗疗效，实现更精准的风险评估，有助于开发有效的靶向治疗药物，推动局部晚期宫颈鳞癌的个性化治疗的开展。

技术实现思路

[0006]针对现有技术中的上述不足，本专利技术提供一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物，通过检测相关基因的表达量高低，可以区分预后好的患者和预后差的患者。
[0007]为实现上述目的，本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：
[0008]一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物，该标志物为SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2和PQBP1基因中的至少一种。
[0009]一种检测预测宫颈鳞癌化疗疗效标志物的试剂在制备用于预测宫颈鳞癌基于顺铂联合放化疗效果的产品中的应用，该试剂为检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因频率或表达水平的试剂。
[0010]进一步地，基因频率的试剂包括使用免疫组库测序方法检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因基因频率的试剂。
[0011]进一步地，基因表达水平的试剂包括针对SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因的探针、引物、抗体或配体。
[0012]进一步地，产品还包括RNA提取试剂、GAPDH内参引物、PCR反应液、反转录试剂、阴性对照和阳性对照。
[0013]一种用于宫颈鳞癌辅助诊断或疗效预测的试剂盒，包括用于检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因表达量的引物；
[0014]引物序列为：
[0015]SRSF7-F：5
’-
CTATGAGTGTGGCGAAAAGGGAC-3
’
；(SEQ ID NO.1)
[0016]SRSF7-R：5
’-
GAGTATCGCCTTCCTCTGGATC-3
’
；(SEQ ID NO.2)
[0017]SNRPB-F：5
’-
TTGGCACCTTCAAGGCTTTTGAC-3
’
；(SEQ ID NO.3)
[0018]SNRPB-R：5
’-
AGACCGAGGACTCGCTTCTCTT-3
’
；(SEQ ID NO.4)
[0019]SNRPA-F：5
’-
CTGGTATCACGGAGCCTGAAGA-3
’
；(SEQ ID NO.5)
[0020]SNRPA-R：5
’-
TGAGTCGGTCTTGGCATACTGG-3
’
；(SEQ ID NO.6)
[0021]SF3A2-F：5
’-
GAAGAACCACCTGGGCTCCTAT-3
’
；(SEQ ID NO.7)
[0022]SF3A2-R：5
’-
CAGGTTGGTCTGGTGCTTCTTC-3
’
；(SEQ ID NO.8)
[0023]PQBP1-F：5
’-
ACTCCGTGGTTACCAAATCGGC-3
’
；(SEQ ID NO.9)
[0024]PQBP1-R：5
’-
CCCTGTCTAGTTTCTCATGGCTG-3
’
。(SEQ ID NO.10)
[0025]一种权利要求1所述预测宫颈鳞癌化疗疗效标志物的筛选方法，包括以下步骤：
[0026](1)在GEO数据库(GEO,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中检索局部晚期宫颈鳞癌晚期放化疗治疗的表达谱数据集，共有3个数据集，分别是GSE56303-GPL10191,GSE56303-GPL16025和GSE56363；
[0027](2)基于检索的数据集，采用R软件(https://www.r-project.org/)包含的RMA软件包对数据进行归一化处理，依据放化疗有效和放化疗无效进行分组，采用limma软件包筛选出差异基因，筛选标准为：P<0.05并且log|FC|>0.5；
[0028](3)将步骤(2)中每个数据集获得的差异基因分别两两取交集基因，获得共同表达趋势的差异基因；
[0029](4)利用DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)工具对步骤(3)获得的共同上调基因进行GO(基因本体论)和KEGG信号通路富集分析，采用ANOVA检验基因本体论和KEGG信号通路的数据间差异。
[0030](5)我们在STRING(https://string-db.org/)数据库中构建蛋白相互作用关系，利用Cytoscape的插件MCODE去找出功能模块和重要基因；
[0031](6)在TCGA数据库(https://cancergenome.nih.gov/)中下载宫颈鳞癌患者的病理样本，对关键基因的表达量和临床数据进行分析，判断重要基因的预后及获得与预后相关的目标靶本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种预测宫颈鳞癌化疗疗效的标志物，其特征在于，所述标志物为SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2和PQBP1基因中的至少一种。2.一种检测预测宫颈鳞癌化疗疗效标志物的试剂在制备用于预测宫颈鳞癌基于顺铂联合放化疗效果的产品中的应用，其特征在于，所述试剂为检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因频率或表达水平的试剂。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，检测所述基因频率的试剂包括使用免疫组库测序方法检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因基因频率的试剂。4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，检测所述基因表达水平的试剂包括针对SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因的探针、引物、抗体或配体。5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述产品还包括RNA提取试剂、GAPDH内参引物、PCR反应液、反转录试剂、阴性对照和阳性对照。6.一种用于宫颈鳞癌辅助诊断或疗效预测的试剂盒，其特征在于，包括用于检测SRSF7、SNRPB、SNRPA、SF3A2或PQBP1基因表达量的引物，所述引物序列为：SRSF7-F：5
’-
CTATGAGTGTGGCGAAAAGGGAC-3
’
；SRSF7-R：5
’-
GAGTATCGCCTTCCTCTGGATC-3
’
；SNRPB-F：5
’-
TTGGCACCTTCAAGGCTTTTGAC-3
’
；SNRPB-R：5
’-
AGACCGAGGACTCGCTTCTCTT-3
’
；SNRPA-F：5
’-
CTGGTATCACGGAGCCTGAAGA-3
’
；SNRPA-R：5
’-
TGAGTCGGTCTTGGCATACTGG-3
’
；SF3A2-F：5
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【专利技术属性】
技术研发人员：肖占刚，杜富宽，赵曰水，沈晶，马永顺，张瑶，吴旭，李明星，
申请(专利权)人：西南医科大学，
类型：发明
国别省市：