【技术实现步骤摘要】
结内外周T细胞淋巴瘤相关基因的检测试剂盒及建库方法
[0001]本专利技术涉及基因突变检测领域,具体讲,涉及结内外周T细胞淋巴瘤相关基因检测试剂盒及建库方法。
技术介绍
[0002]淋巴瘤是起源于淋巴结和淋巴组织的血液系统恶性肿瘤,病理类型复杂,发病率高。传统的淋巴瘤主要分为霍奇金淋巴瘤(Hodgkin
’
s lymphoma)和非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin
’
s lymphoma,NHL)两大类,后者又可分为B细胞NHL和T细胞NHL等不同类别。外周T细胞淋巴瘤(PTCLs)起源于胸腺后成熟T细胞或NK/T细胞,具有高度异质性和侵袭性,其中最常见的原发结内T细胞淋巴瘤包括外周T细胞瘤非特指型(PTCL-NOS)、血管免疫母细胞型淋巴瘤(AITL)和间变性大细胞瘤(ALCL),约占所有PTCLs病例的75%。亚洲地区PTCLs发病率占非霍奇金淋巴瘤的15%~22%,其发生比例高于欧美国家。结内PTCLs的诊断和分类具有挑战性,2010年Iqbal J等对PTCLs进行基因表达谱分 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种结内外周T细胞淋巴瘤相关基因的检测试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒中含有用于捕获目的基因的探针的,所述目的基因包括:ALK、APC、APC2、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL3、ATM、BCOR、BIRC3、BIRC6、CARD11、CCND3、CD58、CDKN2A、CHD8、CHEK2、CIC、CIITA、CREBBP、DNMT3A、EP300、FYN、HLA-A、HLA-B、IDH2、IKBKB、ITPKB、ITPR3、JAK1、JAK2、JAK3、JMY、KDM6B、KMT2A、KMT2C、KMT2D、LRP1B、MEF2A、MSH2、MSH3、MSH6、MTOR、NCOR2、NF1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、PDCD1、PHLPP1、PIK3R1、PIK3R2、PLCG1、PLCG2、PMS1、PTEN、PTPRS、REV3L、RHOA、SALL3、SETBP1、SETD1B、SETD2、SMARCA2、SMARCA4、SOCS1、SPEN、STAT3、STAT5B、TAL1、TET1、TET2、VAV1、YEATS2、YTHDF2和ZEB1。2.根据权利要求1所述的检测试剂盒,其特征在于,所述探针采用以下方法设计得到:S1、根据数据库提取所述目的基因的外显子坐标,获得外显子区域的集合;S2、截取一个所述外显子区域的1~2M bp作为第一个探针单元,截取所述外显子区域的(n-1)M~(n+1)M bp作为第n个探针单元,依次截取,M=60bp,获得该外显子区域的探针;S3、对所述探针的核苷酸序列进行评估,评估的参数包括:Tm值、GC含量、Hairpin自由能、序列复杂度和基因组内同源性;S4、对于评分低于阈值的探针进行调整,所述调整为调整所述评分低于阈值的探针的序列截取时的M值为60
±
10bp,重复S2、S3步骤优化探针的序列;S5、对所述外显子区域的集合按照S2~S4所述方法获取探针,获得所述探针的集合。3.根据权利要求1所述的检测试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒包括建库试剂盒和杂交捕获试剂盒。4.根据权利要求3所述的检测试剂盒,其特征在于,所述建库试剂盒包括建库试剂盒-1和建库试剂盒-2;所述建库试剂盒-1中含有末端修复加尾缓冲液、末端修复加尾酶、连接缓冲液、连接酶、PCR混合液、QU试剂;...
【专利技术属性】
技术研发人员:赵维莅,纪濛濛,黄耀慧,付迪,熊慧,刘以哲,俞浩,崔帆,
申请(专利权)人:苏州云泰生物医药科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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