用于检测乳腺癌的甲基化生物标记物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了可用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物cg23035715片段。本发明专利技术还公开乳腺癌患者的血液cfDNA中cg23035715片段的15个甲基化位点中至少存在3个CpG位点以上的组合的低甲基化表达。上述生物标记物可用于乳腺癌的检测。本发明专利技术还公开了检测上述甲基化生物标记物的用于检测乳腺癌的试剂盒。物的用于检测乳腺癌的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
用于检测乳腺癌的甲基化生物标记物及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及用于检测乳腺癌的甲基化生物标记物 及其应用。

技术介绍

[0002]cfDNA(cell-freeDNA)是外周血中游离的核酸小片段DNA，源自正常细胞 或肿瘤细胞代谢与凋亡，包含体细胞突变和DNA甲基化等遗传信息。通过检测 特异性cfDNA片段，可掌握疾病的发生、发展的技术，称为液体活检(LiquidBiopsy)。液体活检与传统的组织活检相比，有着迅速、便捷、损伤性小等众多 优点。2014年，来自Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler团队的一份640例各类 肿瘤的研究发现，超过75％的晚期胰腺癌、卵巢癌、结直肠癌、膀胱癌、胃食 管癌、黑色素癌、肝细胞癌以及头颈癌症的患者，都能检测到ctDNA的存在。
[0003]甲基化是DNA的一种重要修饰，是指在DNA甲基转移酶的催化下，以s
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腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine，SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定 碱基上的过程。哺乳动物中DNA甲基化主要发生在CpG双核苷酸的C上，生 成5-甲基胞嘧啶(5mC)。人基因组中60％～90％的(CpG)都被甲基化，未甲基 化的CpG成簇地组成CpG岛，主要位于基因的启动子和外显子区域，长度为 300～3 000bp。靠近或位于启动子区域的异常甲基化一般会抑制转录，沉默相关 基因的表达。在肿瘤中，抑癌基因和DNA修复基因启动子区域的异常高甲基化 使得抑癌基因沉默和修复基因失活，从而丧失对肿瘤发生的抑制作用，也是目 前肿瘤甲基化研究的主要方向。与其他基因缺陷模式相比，DNA甲基化作为最 早发现的表观修饰途径之一，其异常甲基化模式在不同肿瘤组织中具有高度特 异性。特征性的甲基化"指纹"图谱可用于癌症早期诊断与分期、疗效评估、复发 监测和预后判断等。
[0004]根据国家癌症中心2019年中国最新癌症报告显示，女性发病首位为乳腺癌， 每年发病约为30.4万。女性乳腺癌发病率在0～24岁年龄段处较低水平，25岁 后逐渐上升，50～54岁年龄段达到高峰，55岁以后逐渐下降。针对乳腺癌的易 感基因，欧、美国家做了大量研究，现已知的有BRCA-1、BRCA-2，还有p53、 PTEN等，与这些基因突变相关的乳腺癌称为遗传性乳腺癌，占全部乳腺癌的 5％～10％。乳腺癌21基因检测不仅提供1-5年及5年后复发风险预测，还能作 为唯一多基因检测来预测雌激素受体阳性浸润性乳腺癌患者的化疗及内分泌治 疗的获益程度。乳腺癌70基因检测也在早期乳腺癌诊断中发挥了重要作用。目 前乳腺癌基因检测手段属于一种非侵入性检测，但需要基于原来的手术(乳房 肿瘤切除手术、乳房切除手术或核心穿刺活组织检查)过程中取出的组织检测 基础上。乳腺癌患者在肿瘤发生的早期即发生DNA甲基化变化，其中一些研究 表明，甲基化的频率或密度从正常乳腺到良性病变，再到原位癌或浸润性癌呈 现逐渐增加。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的之一在于提供一种乳腺癌的甲基化生物标记物。
[0006]实现上述目的的技术方案如下。
[0007]一种用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，该生物标记物为低甲基化的 cg23035715片段，序列如SEQ ID NO.1所示。
[0008]在其中一些实施例中，所述cg23035715片段包括以下15个甲基化位点中 的任意至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合，所述15个甲基 化位点为：chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651，chr1:223302662，chr1:223302700，chr1:223302710，chr1:223302753，chr1:223302762， chr1:223302764，chr1:223302793，chr1:223302797，chr1:223302802， chr1:223302807，chr1:223302809和chr1:223302825。
[0009]在其中一些实施例中，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上共甲基化模 式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和 chr1:223302662位置处的甲基化修饰CpG位点中至少一个。
[0010]在其中一些实施例中，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化 模式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和 chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少两个。
[0011]在其中一些实施例中，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化 模式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和 chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少三个。
[0012]在其中一些实施例中，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化 模式组合包括来自chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和 chr1:223302662甲基化修饰的CpG位点至少一个；以及包括以下甲基化修饰CpG 位点的至少两个：chr1:223302700，chr1:223302710，chr1:223302753， chr1:223302762和chr1:223302764。
[0013]在其中一些实施例中，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化 模式组合包括来自chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和 chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少两个；以及包括以下位置处 甲基化修饰的CpG位点的至少一个：chr1:223302700，chr1:223302710， chr1:223302753，chr1:223302762和chr1:223302764。
[0014]在其中一些优选的实施例中，15个甲基化位点中的4个甲基化修饰CpG位 点以上的共甲基化模式组合：chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651 和223302700。
[0015]在其中一些优选的实施例中，15个甲基化位点中的5个甲基化修饰CpG位 点以上的共甲基化模式组合：223302630，chr1:223302635，chr1:223302651、 chr1:223302662和chr1:223302700。
[0016]本专利技术还提供了上述甲基化生物标记物在制备乳腺癌检测试剂盒中的应 用。
[0017]本专利技术的另一目的是提供上述甲基化生物标记物在制备乳腺癌早期诊断试 剂盒中的应用。
[0018]本专利技术的另一目的是提供早期诊断乳腺癌的试剂盒。
[0019]实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，该生物标记物为低甲基化的cg23035715片段，序列如SEQ ID NO.1所示。2.根据权利要求1所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述cg23035715片段包括以下15个甲基化位点中的任意至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合，所述15个甲基化位点为：chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651，chr1:223302662，chr1:223302700，chr1:223302710，chr1:223302753，chr1:223302762，chr1:223302764，chr1:223302793，chr1:223302797，chr1:223302802，chr1:223302807，chr1:223302809和chr1:223302825。3.根据权利要求2所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上共甲基化模式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和chr1:223302662位置处的甲基化修饰CpG位点中至少一个。4.根据权利要求2所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少两个。5.根据权利要求2所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合包括来自于chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少三个。6.根据权利要求3所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合包括来自chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和chr1:223302662甲基化修饰的CpG位点至少一个；以及包括以下甲基化修饰CpG位点的至少两个：chr1:223302700，chr1:223302710，chr1:223302753，chr1:223302762和chr1:223302764。7.根据权利要求4所述的用于乳腺癌检测的甲基化生物标记物，其特征是，所述至少3个甲基化修饰CpG位点以上的共甲基化模式组合包括来自chr1:223302630，chr1:223302635，chr1:223302651和chr1:223302662位置处甲基化修饰的CpG位点至少两个；以及包括以下位置处甲基化修饰的CpG位点的至少一个：chr1...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵德志，杨婷，张显玉，庞达，陈志伟，范建兵，
申请(专利权)人：广州市基准医疗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：