用于实体瘤免疫检查点抑制剂疗法预测的KMT2家族基因变异标志物和试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及临床分子诊断学领域，具体而言，涉及用于实体瘤免疫检查点抑制剂疗法预测的KMT2家族基因变异标志物和试剂盒。本发明专利技术提供了一种标志物，用于预测实体瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，和/或用于预测实体瘤患者肿瘤突变负荷程度，所述标志物包括变异的KMT2家族基因；所述KMT2家族基因选自KMT2A、KMT2C、KMT2D中的至少一种。本发明专利技术中采用的KMT2家族基因变异在实际应用中可以作为独立预测风险因素，提高检测效率。提高检测效率。提高检测效率。

【技术实现步骤摘要】
用于实体瘤免疫检查点抑制剂疗法预测的KMT2家族基因变异标志物和试剂盒


[0001]本专利技术涉及临床分子诊断学领域，具体而言，涉及一种用于实体瘤免疫检查点抑制剂疗法预测的KMT2家族基因变异标志物和试剂盒。

技术介绍

[0002]肿瘤免疫治疗现已发展得如火如荼，其中免疫检查点抑制剂(抗PD-1/PD-L1抑制剂)更是近年肿瘤治疗领域的“明星”药物，已进入非小细胞肺癌、黑色素瘤以及肾癌等实体瘤的一线治疗。但是我们也要看到虽然免疫检查点抑制剂效果不错，但整体ORR依然只有20％左右，所以如何精准筛选获益人群成为临床医生迫切需要解决的问题。
[0003]PD-L1,TMB(肿瘤突变负荷，tumor mutational burden)以及MSI(微卫星不稳定，microsatellite instability)是三个获得FDA认可或NCCN指南推荐的免疫治疗生物标志物(biomarker)，但是这三个生物标志物各有优缺点。PD-L1作为免疫治疗biomarker应用最为广泛，PD-L1 IHC检测也被FDA获准作为Pembrolizumab一线用药的伴随诊断。但是，多个临床试验结果显示PD-L1表达对免疫治疗疗效的预测能力并不一致，部分PD-L1阴性患者依然能从免疫治疗获益，且持续缓解时间并不逊于PD-L1阳性患者；TMB同样是非小细胞肺癌NCCN指南推荐的免疫治疗biomarker，但是鉴于不同公司或实验室对于TMB算法的不同，TMB阈值难以建立共识；MSI已经作为肿瘤关键biomarker让FDA同意基于MSI状态，而不是组织病理类型，进行用药治疗，但是肿瘤中MSI-H比例太低，临床推广有一定局限性。最重要的一点就是现有研究(纳入11348例实体瘤)发现，PD-L1阳性、TMB高表达以及MSI-H三者重叠率仅为0.6％，提示任一biomarker单用都会遗漏很多潜在免疫治疗获益人群。所以需要进一步探索免疫治疗biomarker。
[0004]随着二代测序在肿瘤精准治疗中的开展日益广泛，特定基因的体细胞突变被发现可能影响肿瘤免疫功能或对免疫治疗的响应，即提示特定体细胞突变可能是潜在的免疫治疗预测因子。EGFR突变和ALK重排是ICI免疫治疗不良预后的潜在预测因子。一项回顾性分析发现，这些患者中只有3.6％对ICI免疫治疗有反应，而EGFR野生型和ALK阴性或未知患者的反应率为23.3％。对包括使用PD-(L)1抑制剂治疗的3025名晚期NSCLC患者的5项试验进行的荟萃分析发现，在EGFR突变的患者中，与多西他赛相比，总体生存率没有改善。EGFR突变或ALK重排的肺癌显示较低的PD-L1和CD8+T细胞浸润，这可能是ICI免疫治疗反应不佳的原因。除了EGFR和ALK的改变TP53和KRAS的协同突变以及同源重组修复和错配修复(HRR-MMR)或HRR和碱基切除修复(HRR-BER)的DNA损伤反应(DDR)通路中的协同突变被认为是ICI免疫治疗疗效较好的正向预测因子，而KRAS和STK11的协同突变与ICI免疫治疗不良预后有关。但是以上这些基因突变作为biomarker依然不能覆盖所有潜在免疫治疗获益人群。PD-L1检测由于不同抗PD-(L)1药物都有各自对应的PD-(L)1检测抗体和平台，导致缺乏统一的标准；另外PD-L1的表达具有动态变化的特点，导致PD-L1表达与免疫治疗效果之间的关系仍有一些争议；另一方面，虽然大量随机对照研究和大样本真实世界研究都已证实TMB与免
疫疗效之间的相关性，但是TMB依然只能反映肿瘤突变数量，而不能提示肿瘤微环境的状态，且TMB检测对技术平台要求较高，工作周期较长，成本较高都制约其临床应用。因此，本领域仍然需要更高效、更准确地鉴定适用于免疫检查点抑制剂治疗的实体瘤患者的方法和工具。

技术实现思路

[0005]本专利技术涉及使用KMT2家族基因变异作为生物标志物来预测癌症患者对免疫检查点抑制剂疗法的敏感性。
[0006]具体的，本专利技术涉及一种标志物，其用于预测实体瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，和/或用于预测实体瘤患者肿瘤突变负荷程度，所述标志物包括变异的KMT2家族基因；
[0007]所述KMT2家族基因选自KMT2A、KMT2C、KMT2D中的至少一种。
[0008]根据本专利技术的再一方面，本专利技术还涉及一种试剂盒，其用于预测实体瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，和/或用于预测实体瘤患者肿瘤突变负荷程度，所述试剂盒包括KMT2家族基因变异的检测剂；
[0009]所述KMT2家族基因选自KMT2A、KMT2C、KMT2D中的至少一种。
[0010]本专利技术的有益效果为：
[0011]本专利技术中筛选KMT2家族基因变异作为预测实体瘤患者中对免疫检查点抑制剂疗法敏感的群体的生物标志物，相对于其他基因组合的共突变而言，预测结果更精准；且本专利技术中采用的KMT2家族基因变异在实际应用中可以作为独立预测风险因素，提高检测效率。该方法有利于简化检测内容，降低患者检测成本，加快检测报告出具时间，且相比PD-L1免疫组化方法需要人工判读免疫组化片子以及TMB需要人为确定阈值这两点来说，且基因突变状态的检测更为可靠。
附图说明
[0012]为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0013]图1为本专利技术一个实施例中10010例中国实体瘤患者癌症类型分布百分比；
[0014]图2为本专利技术一个实施例中KMT2(A/C/D)家族基因在实体瘤中突变频率分布；
[0015]图3为本专利技术一个实施例中KMT2(A/C/D)家族基因在突变频率分布；
[0016]图4为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因(KMT2A/C/D)在实体瘤中不同变异形式的突变频率分布；
[0017]图5为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因(KMT2A/C/D)变异与野生型患者肿瘤突变负荷(TMB)的比较；
[0018]图6为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因(KMT2A/C/D)不同变异个数间肿瘤突变负荷(TMB)的比较；
[0019]图7为本专利技术一个实施例中KMT2 A/C/D变异与野生型患者肿瘤突变负荷(TMB)的
比较；
[0020]图8为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因(KMT2A/C/D)突变位点分析图；
[0021]图9为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因(KMT2A/C/D)变异与野生型患者接受使用免疫检查点抑制剂的免疫疗法的疗效比较；
[0022]图10为本专利技术一个实施例中Cox多因素回归分析与使用免疫检查点抑制剂的免疫疗法疗效相关的独立风险因素；
[0023]图11为本专利技术一个实施例中KMT2家族基因变异个数与野生型患者肿瘤突变负荷(TMB)的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种标志物，其特征在于，用于预测实体瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，和/或用于预测实体瘤患者肿瘤突变负荷程度，所述标志物包括变异的KMT2家族基因；所述KMT2家族基因选自KMT2A、KMT2C、KMT2D中的至少一种。2.一种试剂盒，其特征在于，用于预测实体瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，和/或用于预测实体瘤患者肿瘤突变负荷程度，所述试剂盒包括KMT2家族基因变异的检测剂；所述KMT2家族基因选自KMT2A、KMT2C、KMT2D中的至少一种。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述检测剂于核酸水平进行检测。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述检测剂用于执行以下任一种方法：聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及HRM法。5.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述检测剂于蛋白水平进行检测。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述检测剂用于执行以下任一种方法：生物质谱法、氨...

【专利技术属性】
技术研发人员：王飞，张琳，王凯，
申请(专利权)人：至本医疗科技上海有限公司，
类型：发明
国别省市：