检测EGFR基因突变的核酸组合物及试剂盒和EGFR基因突变的检测方法技术

本发明专利技术涉及一种检测EGFR基因突变的核酸组合物及试剂盒和EGFR基因突变的检测方法。该检测EGFR基因突变的核酸组合物包括：序列如SEQ ID No.1及SEQ ID No.2所示的第一引物对和序列如SEQ ID No.3所示的第一探针；序列如SEQ ID No.4及SEQ ID No.5所示的第二引物对和序列如SEQ ID No.6所示的第二探针。上述核酸组合物对EGFR基因突变的特异性较高，能够检测EGFR基因突变，检测灵敏度较高。检测灵敏度较高。

【技术实现步骤摘要】
检测EGFR基因突变的核酸组合物及试剂盒和EGFR基因突变的检测方法


[0001]本专利技术涉及基因工程领域，特别是涉及一种检测EGFR基因突变的核酸组合物及试剂盒和EGFR基因突变的检测方法。

技术介绍

[0002]EGFR(Epidermal Growth Factor Receptor)即表皮生长因子受体，是原癌基因C-erbB-1(HER1)的表达产物，定位于细胞膜上，是一种对肿瘤细胞的繁殖、生长、修复和存活等起着重要作用的膜蛋白。
[0003]目前EGFR基因突变检测的主要方法有以下几种：1)Sanger测序法；直接测序法一直以来是基因突变检测的金标准，但是测序法存在很多缺点，比如耗时长，后续要对PCR产物进行处理，程序复杂，容易出现污染导致结果不准确。另外，测序法的灵敏度低，特别是在混合模板时检出率低，一般需要突变丰度达到20％以上才能准确检测。2)高分辨率熔解曲线(high-resolution melting，HRM)是通过饱和染料结合于PCR扩增产物监控其形成不同形态熔解曲线的基因分析新技术，其敏感性在5％左右。3)扩增阻滞突变系统(amplification refractory mutation system，ARMS)是根据引物3
’
端末位碱基必须与其模板DNA链互补才能进行有效的扩增。基于此，设计针对基因突变位点的引物序列，可以检测突变基因，该检测方法的灵敏度在1％左右。这些方法的检测灵敏度较低，不能满足实际需求。

技术实现思路

[0004]基于此，有必提供一种灵敏度较高的检测EGFR基因突变的核酸组合物。
[0005]此外，还有必要提供一种检测EGFR基因突变的试剂盒和EGFR基因突变的检测方法。
[0006]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：
[0007]序列如SEQ ID No.1及SEQ ID No.2所示的第一引物对和序列如SEQ ID No.3所示的第一探针，所述第一引物对和所述第一探针用于检测EGFR基因的18号外显子的G719A突变、G719S突变及G719C突变中的至少一种；及
[0008]序列如SEQ ID No.4及SEQ ID No.5所示的第二引物对和序列如SEQ ID No.6所示的第二探针，所述第二引物对和所述第二探针用于检测EGFR基因的20号外显子的D770_N771insG突变；
[0009]其中，所述第一探针的两端分别连接有第一荧光报告基团和第一荧光淬灭基团，所述第二探针的两端分别连接有第二荧光报告基团和第二荧光淬灭基团，所述第一荧光报告基团与所述第二荧光报告基团不同。
[0010]上述核酸组合物中，第一引物对及第一探针对EGFR基因的18号外显子的G719A突变、G719S突变及G719C突变具有较高的特异性，能够检测EGFR基因的18号外显子的G719A突
变、G719S突变及G719C突变，第二引物对和第二探针对EGFR基因的20号外显子的D770_N771insG突变具有较高的特异性，能够检测EGFR基因的20号外显子的D770_N771insG突变，检测灵敏度较高。经试验验证，上述核酸组合物能够检测0.1％的EGFR基因的18号外显子的G719A突变、G719S突变及G719C突变中的一种，且能够检测0.1％的20号外显子的D770_N771insG突变，灵敏度较高。
[0011]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：
[0012]序列如SEQ ID No.7及SEQ ID No.8所示的第三引物对和序列如SEQ ID No.9所示的第三探针，所述第三引物对和所述第三探针用于检测EGFR基因的19号外显子的缺失突变，所述EGFR基因的19号外显子的缺失突变包括：E746_A750del(1)突变、E746_T751>I突变、E746_T751del突变、E746_T751>A突变、E746_S752>A突变、E746_S752>V突变、E746_A750del(2)突变、E746_S752>D突变、L747_A750>P突变、L747_T751>Q突变、L747_E749del突变、L747_T751del突变、L747_S752del突变、L747_A750>P突变、L747_P753>Q突变、L747_T751>S突变、L747_P753>S突变、L747_T751>del突变及L747_T751>P突变中的至少一种。
[0013]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：
[0014]序列如SEQ ID No.10及SEQ ID No.11所示的第四引物对和序列如SEQ ID No.12所示的第四探针，所述第四引物对和所述第四探针用于检测EGFR基因的20号外显子的T790M突变。
[0015]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：
[0016]序列如SEQ ID No.13及SEQ ID No.14所示的第五引物对和序列如SEQ ID No.15所示的第五探针，所述第五引物对和所述第五探针用于检测EGFR基因的20号外显子的S768I突变。
[0017]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：序列如SEQ ID No.16及SEQ ID No.17所示的第六引物对和序列如SEQ ID No.18所示的第六探针，所述第六引物对和所述第六探针用于检测EGFR基因的20号外显子的H773_V774insH突变。
[0018]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：序列如SEQ ID No.19及SEQ ID No.20所示的第七引物对和序列如SEQ ID No.21所示的第七探针，所述第七引物对和所述第七探针用于检测EGFR基因的21号外显子的L861Q突变。
[0019]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：序列如SEQ ID No.22及SEQ ID No.23所示的第八引物对和序列如SEQ ID No.24所示的第八探针，所述第八引物对和所述第八探针用于检测EGFR基因的20号外显子的V769_D770insASV突变。
[0020]一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，包括：序列如SEQ ID No.25及SEQ ID No.26所示的第九引物对和序列如SEQ ID No.27所示的第九探针，所述第九引物对和所述第九探针用于检测EGFR基因的21号外显子的L858R突变。
[0021]其中一个实施例中，还包括：用于检测内控基因的第十引物对和第十探针。
[0022]其中一个实施例中，所述内控基因为CFTR基因，所述第十引物对的序列如SEQ ID No.28及SEQ ID No.29所示，所述第十探针的序列如SEQ ID No.30。
[0023]一种检测EG本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，其特征在于，包括：序列如SEQ ID No.1及SEQ ID No.2所示的第一引物对和序列如SEQ ID No.3所示的第一探针，所述第一引物对和所述第一探针用于检测EGFR基因的18号外显子的G719A突变、G719S突变及G719C突变中的至少一种；及序列如SEQ ID No.4及SEQ ID No.5所示的第二引物对和序列如SEQ ID No.6所示的第二探针，所述第二引物对和所述第二探针用于检测EGFR基因的20号外显子的D770_N771insG突变；其中，所述第一探针的两端分别连接有第一荧光报告基团和第一荧光淬灭基团，所述第二探针的两端分别连接有第二荧光报告基团和第二荧光淬灭基团，所述第一荧光报告基团与所述第二荧光报告基团不同。2.一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，其特征在于，包括：序列如SEQ ID No.7及SEQ ID No.8所示的第三引物对和序列如SEQ ID No.9所示的第三探针，所述第三引物对和所述第三探针用于检测EGFR基因的19号外显子的缺失突变，所述EGFR基因的19号外显子的缺失突变包括：E746_A750del(1)突变、E746_T751>I突变、E746_T751del突变、E746_T751>A突变、E746_S752>A突变、E746_S752>V突变、E746_A750del(2)突变、E746_S752>D突变、L747_A750>P突变、L747_T751>Q突变、L747_E749del突变、L747_T751del突变、L747_S752del突变、L747_A750>P突变、L747_P753>Q突变、L747_T751>S突变、L747_P753>S突变、L747_T751>del突变及L747_T751>P突变中的至少一种。3.一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，其特征在于，包括：序列如SEQ ID No.13及SEQ ID No.14所示的第五引物对和序列如SEQ ID No.15所示的第五探针，所述第五引物对和所述第五探针用于检测EGFR基因的20号外显子的S768I突变。4.一种检测EGFR基因突变的核酸组合物，其特征在于，包括：序列如SEQ ID No.10及SEQ ID No.11所示的第四引物对和序列如SEQ ID No.12所示的第四探针，所述第四引物对和所述第四探针用于...

【专利技术属性】
技术研发人员：张炳为，辜嘉，周树民，
申请(专利权)人：苏州中科先进技术研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：