一种质检寡核苷酸交叉污染的方法技术

本发明专利技术提供了一种质检寡核苷酸交叉污染的方法，所述方法包括：采用第一引物对对外源DNA进行第一轮PCR扩增，得到第一扩增产物，采用第二引物对对第一扩增产物进行第二轮PCR扩增，得到第二扩增产物；对所述第二扩增产物进行文库构建和二代测序，根据测序结果质检寡核苷酸的交叉污染率。本发明专利技术采用特殊设计的引物对与寡核苷酸同一性低的基因组DNA进行两轮PCR扩增，待寡核苷酸作为引物添加到扩增子上，进行Illumina测序，通过分析测序读长上标签序列的种类和数量，实现了快速准确分析不同寡核苷酸之间的交叉污染率的目的。苷酸之间的交叉污染率的目的。苷酸之间的交叉污染率的目的。

【技术实现步骤摘要】
一种质检寡核苷酸交叉污染的方法


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种质检寡核苷酸交叉污染的方法。

技术介绍

[0002]目前，高通量测序技术主要指LifeTech、Illumina和华大基因推出的第二代测序技术以及Nanopore和PacificBiosciences推出的单分子测序技术。高通量测序技术可以对数百万个DNA分子同时进行测序，一次平行检测几百甚至上千个样本。高通量测序技术有定量功能，样本中某条序列被测序的次数即反映了该序列在样本中的丰度。高通量测序技术的测序深度大，对于一条序列，可以读取几万甚至几十万次。
[0003]高通量测序技术对测序引物的要求高，引物的交叉污染率要求低于0.1％，任何污染都有可能造成背景噪音强或结果拼接错误。然而，目前尚没有有效的方法质控合成的寡核苷酸的交叉污染率，供应商主要采取严格的生产工艺来避免寡核苷酸间的交叉污染。

技术实现思路

[0004]针对现有技术的不足和实际需求，本专利技术提供了一种质检寡核苷酸交叉污染的方法，根据寡核苷酸序列设计引物，采用特殊设计的引物对与寡本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种质检寡核苷酸交叉污染的方法，其特征在于，所述方法包括：采用第一引物对对外源DNA进行第一轮PCR扩增，得到第一扩增产物，采用第二引物对对第一扩增产物进行第二轮PCR扩增，得到第二扩增产物；对所述第二扩增产物进行文库构建和二代测序，根据测序结果质检寡核苷酸的交叉污染率；其中，所述第一引物对包括第一上游引物和第一下游引物，所述第一上游引物为外源DNA特异性上游引物，所述第一下游引物从5
’
到3
’
包括寡核苷酸3
’
序列和外源DNA特异性下游引物；所述第二引物对包括第二上游引物和第二下游引物，所述第二上游引物为外源DNA特异性上游引物，所述第二下游引物为寡核苷酸序列；所述外源DNA与所述寡核苷酸的同一性不高于80％。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述寡核苷酸从5
’
到3
’
包括5
’
固定序列、可变碱基序列和3
’
固定序列；优选地，所述外源DNA的长度为200～500bp。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述第一上游引物和所述第二上游引物包括SEQ ID NO:1所示的核酸序列；优选地，所述第一下游引物包括SEQ ID NO:2所示的核酸序列；优选地，所述第二下游引物包括SEQ ID NO:3所示的核酸序列；优选地，所述外源DNA包括SEQ ID NO:4所示的核酸序列。4.根据权利要求1-3任一项所述的方法，其特征在于，所述第一轮PCR扩增的条件为92～98℃预变性1～5min，92～98℃变性10～30s、55～65℃退火10～30s、70～75℃延伸10～30s，30～40个循环，70～75℃延伸3～5min，0～4℃保存。5.根据权利要求1-4任一项所述的方法，其特征在于，所述第二轮PCR扩增的条件为92～98℃预变性1～5min，92～98℃变性10～30s、55～65℃退火10～30s、70～75℃延伸10～30s，30～40个循环，70～75℃延伸5～10min，0～4℃保存。6.根据权利要求1-5任一项所述的方法，其特征在于，所述文库构建包括对第二扩增产物进行末端修复、接头连接和PCR扩增的步骤。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的条件为92～98℃...

【专利技术属性】
技术研发人员：张丹丹，张心如，陈业，吴昕，廖国娟，
申请(专利权)人：苏州金唯智生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：