目标物种特有序列的获取方法及目标物种检测方法技术

本发明专利技术涉及目标物种特有序列的获取方法及目标物种检测方法，目标物种特有序列的获取方法包括以下步骤：选择基因组数据库中目标物种的所有全基因组序列，并通过对目标物种的所有全基因组序列的比对，筛选出目标物种核心序列；过滤掉核酸数据库中的所述目标物种的所有核酸序列，得到非目标物种核酸序列数据库；将目标物种核心序列与非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，最终得到目标物种特有序列。通过上述方法可获得目标物种特有序列，方法简单，且可靠性高，通过鉴定样本中是否有目标物种特有序列的存在，即可确定生物的目标物种及分类地位。因此只需扩增本发明专利技术目标物种特有序列的获取方法得到的目标物种特有序列，即可鉴定目标物种的存在或目标物种分类地位。标物种的存在或目标物种分类地位。标物种的存在或目标物种分类地位。

【技术实现步骤摘要】
目标物种特有序列的获取方法及目标物种检测方法


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及目标物种特有序列的获取方法及目标物种检测方法。

技术介绍

[0002]传统中物种鉴定方法包括(1)基于16s(细菌)、18S(高等真核生物)或ITS(真菌)以及关键基因(病毒)鉴定物种：通过获取目标物种的DNA，进行PCR扩增，进行Sanger测序，将序列提交在线blastn进行序列比对。根据序列的相似性，确定物种的分类地位。该检测方法检测效率低下，需要获得纯化的单一物种的DNA，且需要进行测序和比对才能确定物种的分类地位；基于这种方法，分辨率较低，很多物种无法确定到种，只能鉴定到属或科。(2)基于全基因组鉴定物种：获取单一物种的基因组DNA，进行全基因组测序并组装，与数据库已有的基因组进行比对。根据全基因组的相似性，确定物种的分类地位。该方法需全基因组测序，成本高，需要获得单一物种的基因组DNA。(3)基于宏基因组鉴定物种：使用宏基因组测序的方式获取某一环境或生境的全部物种的DNA，进行测序并组装，通过与NCBI核酸数据库对比，确定宏基因组中可能包含的物种。该方法具有如下缺点：第一，为了保证尽可能获得物种的全面性，测序深度要求高，测序成本高，且后续组装和分析对计算平台的要求高，运算量大，时间久，一般小型服务器无法满足后续分析要求。第二，不同物种之间可能存在同源片段，一个宏基因组组装片段可能存在多个不同的物种分类地位，存在不确定性，影响物种鉴定的准确性。

技术实现思路

[0003]本专利技术所要解决的技术问题是提供目标物种特有序列的获取方法及目标物种鉴别方法。
[0004]本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：一种目标物种特有序列的获取方法，目标物种特有序列的获取方法包括以下步骤：
[0005]选择基因组数据库中目标物种的所有全基因组序列，并通过对所述目标物种的全基因组序列的比对，筛选出目标物种核心序列；
[0006]过滤掉核酸数据库中的所述目标物种的所有核酸序列，得到非目标物种核酸序列数据库；
[0007]将所述目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到目标物种特有序列。
[0008]本专利技术的有益效果是：通过上述方法可以获得目标物种特有序列，方法简单，且可靠性高，通过鉴定样本中是否有目标物种特有序列的存在，即可确定目标物种是否存在及其分类地位。因此只需扩增由本专利技术物种特有序列的获取方法得到的目标物种特有序列，即可鉴定目标物种的存在或目标物种的分类地位。无需进行全基因组测序，极大地降低了成本，且准确性高。
[0009]在上述技术方案的基础上，本专利技术还可以做如下改进：
[0010]进一步，目标物种核心序列中比对到的核酸序列为所述目标物种核心序列中与所述非目标物种核酸序列数据库中的核酸序列相似度大于等于30％的核酸序列。
[0011]采用上述进一步方案的有益效果是：上述相似度范围条件下获得的目标物种特有序列，可信度和准确性高。
[0012]进一步，在将所述目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对前，先将所述目标物种核心序列与外源物种基因组进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到初滤后目标物种核心序列，将所述初滤后目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉初滤后目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到目标物种特有序列。
[0013]采用上述进一步方案的有益效果是：引入外源物种的比对，提高了后续运行效率，且外源物种最多10个，以保证运行效率的提高。
[0014]进一步，目标物种核心序列中比对到的核酸序列为所述目标物种核心序列中与所述外源物种基因组相似度大于等于30％的核酸序列，初滤后目标物种核心序列中比对到的核酸序列为初滤后目标物种核心序列中与所述非目标物种核酸序列数据库中核酸序列相似度大于等于30％的核酸序列。
[0015]采用上述进一步方案的有益效果是：上述相似度范围条件下获得的目标物种特有序列，可信度和准确性高。
[0016]进一步，所述目标物种为寄生物种时，所述外源物种包括所述目标物种的宿主。
[0017]采用上述进一步方案的有益效果是：所述目标物种为寄生物种时，所述外源物种包括所述目标物种的宿主能够显著提高寄生物种的目标物种特有序列筛选的准确性。
[0018]进一步，所述外源物种包括与所述目标物种同属生物中的至少一种、与所述目标物种同科生物中的至少一种、与所述目标物种同目生物中的至少一种、与所述目标物种同纲生物中的至少一种或与所述目标物种同门生物中的至少一种。
[0019]采用上述进一步方案的有益效果是：选用同界、同门、同纲、同目、同科、同属的生物作为外源物种，能够显著提高目标物种特有序列筛选的效率，优选度由高到低依次为同属、同科、同目、同纲、同门、同界的生物。
[0020]进一步，对所述目标物种的所有全基因组序列的比对，筛选序列相似度为100％的核酸序列，得到所述目标物种核心序列，所述目标物种特有序列大于等于200bp。
[0021]采用上述进一步方案的有益效果是：上述相似度范围条件下获得的目标物种核心序列，可信度高，使得到的目标物种特有序列的准确性高；限定目标物种特有序列的长度大于等于200bp，便于后续检测待检目标物种特有序列。
[0022]进一步，所述基因组数据库包括NCBI基因组数据库，所述核酸数据库包括NT数据库。
[0023]采用上述进一步方案的有益效果是：NCBI基因组数据库是准确全面的基因组数据库，NT数据库是准确全面的核酸序列数据库。
[0024]本专利技术还涉及一种目标物种检测方法，包括以下步骤：
[0025]提供所述获取方法获得的目标物种的目标物种特有序列；
[0026]检测待检样本是否包括所述目标物种特有序列，以鉴定所述待检样本是否包括所
述目标物种。
[0027]采用上述进一步方案的有益效果是：通过上述方法进行目标物种鉴别，简单、快捷且可靠性高，通过鉴定样本中是否有目标物种特有序列的存在，即可确定目标物种的存在及分类地位。无需进行全基因组测序，极大的降低了成本，且准确性高。
[0028]进一步，检测待检样本是否包括所述目标物种特有序列的方法包括以下步骤：
[0029]以所述目标物种特有序列为靶序列，设计引物，后对所述待检样本包括的序列和所述引物进行多聚酶链式反应得到扩增序列，并对得到的所述扩增序列进行电泳或测序，检测是否包括所述目标物种特有序列，以检测所述待检样本是否包括所述目标物种。
[0030]采用上述进一步方案的有益效果是：以目标物种特有序列作为靶序列，根据目标物种特有序列设计引物进行PCR扩增，无需获得纯化的单一目标物种的DNA样品，根据电泳结果，确定有无目标物种特有序列这一目标条带的存在，即可确定目标物种是否存在，上述操作简单、检测的准确性高。
附图说明
[0031]图本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种目标物种特有序列的获取方法，其特征在于，所述目标物种特有序列的获取方法包括以下步骤：选择基因组数据库中目标物种的所有全基因组序列，并通过对所述目标物种的全基因组序列的比对，筛选出目标物种核心序列；过滤掉核酸数据库中的所述目标物种的所有核酸序列，得到非目标物种核酸序列数据库；将所述目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到目标物种特有序列。2.根据权利要求1所述目标物种特有序列的获取方法，其特征在于，目标物种核心序列中比对到的核酸序列为所述目标物种核心序列中与所述非目标物种核酸序列数据库中的核酸序列相似度大于等于30％的核酸序列。3.根据权利要求1所述目标物种特有序列的获取方法，其特征在于，在将所述目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对前，先将所述目标物种核心序列与外源物种基因组进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到初滤后目标物种核心序列，将所述初滤后目标物种核心序列与所述非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉初滤后目标物种核心序列中比对到的核酸序列，得到目标物种特有序列。4.根据权利要求3所述目标物种特有序列的获取方法，其特征在于，目标物种核心序列中比对到的核酸序列为所述目标物种核心序列中与所述外源物种基因组相似度大于等于30％的核酸序列，初滤后目标物种核心序列中比对到的核酸序列为初滤后目标物种核心序列中与所述非目标物种核酸序列数据库中核酸序列相似度大于等于30％的核酸序列。...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈艳朋，邓操，刘梦佳，郝兆楠，
申请(专利权)人：成都基因坊科技有限公司，
类型：发明
国别省市：