一种定量16S宏基因组测序方法技术

本发明专利技术公开了一种定量16S宏基因组测序方法，采用随机标签和内参法相结合的方法，有效的提高了菌群结构检测的精准性，降低了实验操作对结果的影响，也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性，对于菌群多样性研究和未知病原检测具有重要的研究价值。

【技术实现步骤摘要】
一种定量16S宏基因组测序方法
本专利技术涉及测序领域，具体涉及到一种定量16S宏基因组测序方法。
技术介绍
16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大，存在于所有的生物中。16SrDNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列则能体现物种间的差异。通过在16SrDNA的两个保守区域设计引物，可对样本中所有细菌的相应区域进行扩增，且由于扩增片段大小适中利用测序技术能相对容易地得到其序列，测序结果能体现不同菌属之间的差异，通过与16S数据库(如RDP,SILVA,GreenGene等)比对可获得序列变异和丰度，获得样本物种分类，物种丰度，种群结构，系统进化，群落比较等诸多信息。该技术被称为16S宏基因组测序技术，近年来被广泛用于肠道微生物菌群检测，同时也可用于临床样本的未知病原菌检测。目前16S宏基因组测序技术主要是基于二代测序技术，受限于二代测序的读长(50～300bp)，目前最多只能测16S九个可变区中的2个，较常采用的为V3-V4区，对菌群的分辨率只能到本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.测序内参在定量16S宏基因组测序中的应用，其特征在于，所述的内参包括模拟16SrDNA保守区或真菌ITS扩增区的内参序列，优选的，所述的16S rDNA保守区包括16S V1-V3区、V3-V4区、V4-V5区。/n

【技术特征摘要】
1.测序内参在定量16S宏基因组测序中的应用，其特征在于，所述的内参包括模拟16SrDNA保守区或真菌ITS扩增区的内参序列，优选的，所述的16SrDNA保守区包括16SV1-V3区、V3-V4区、V4-V5区。


2.一种定量16S宏基因组测序数据的分析方法，其特征在于，所述的分析方法的步骤包括：首先对具有相同标签的16S序列聚类，基于聚类结果进行测序数据的自我校正，并进行计数和内参统计功能，基于实验中实际添加的内参数，换算出样本中检测出的微生物种属的实际含量。


3.根据权利要求2所述的定量16S宏基因组测序数据的分析方法，其特征在于，加入定量的内参，优选的，所述的内参包括模拟16SV1-V3区、V3-V4区、V4-V5区或真菌ITS扩增区的内参序列。


4.根据权利要求2所述的定量16S宏基因组测序数据的分析方法，其特征在于，所述的测序数据的自我校正的步骤包括：
1)将具有相同标签的读序归到一组；
2)同组数据比对，找出不一致的位点；
3)基于打分的方法判断不一致的位点的碱基情况；
4)生成纠错后的序列。


5.一种定量16S宏基因组测序方法，其特征在于，所述的定量16S宏基因组测序方法的具体步骤包括：
(1)采集样本DNA；
(2)加入内参；
(3)对含随机序列的引物进行扩增；
(4)磁珠清洗，去除引物及二聚体；
(5)至少一轮PCR扩增和去除引物及二聚体的磁珠清洗；
(6)文库定量及均一化；
(7)数据分析。


6.根据权利要求5所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：张雯，韩娜，强裕俊，彭贤慧，张婷婷，李秀文，
申请(专利权)人：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所，
类型：发明
国别省市：北京;11