基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法技术

本发明专利技术提供一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，(1)获取胶质瘤患者的PTEN基因状态；(2)将胶质瘤患者分为PTEN‑WT亚组和PTEN‑mutant亚组；(3)分别对各个亚组的患者筛选亚组特异性的DEGs；(4)将亚组特异性的DEGs与各个亚组患者生存时间进行拟合，得到亚组特异性的OPR‑DEGs；(5)构建各个亚组患者的风险评分，观测风险评分与肿瘤的恶性程度的关系，并预测各个亚组患者的生存率；(6)筛选各个亚组的独立预后的OPR‑DEGs；(7)筛选潜在的靶向药物。本发明专利技术通过多因素COX分析恶性程度高的PTEN突变亚组的独立的最优预后基因，这对于PTEN突变的胶质瘤的诊断，预后预测和治疗提供了进一步的指导意义。

【技术实现步骤摘要】
基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法
本专利技术涉及分子生物学技术和计算机领域，涉及一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法。
技术介绍
胶质瘤是最常见的成人原发性脑瘤，胶质瘤根据其组织学表现分为星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和室管膜瘤，世界卫生组织(WHO)将胶质瘤分为I、II、III和IV级，等级越高，侵袭性越强。IV级胶质瘤，即多形性胶质母细胞瘤(GBM)，是最具侵袭性和最高程度的恶性肿瘤。高级别胶质瘤的1年和5年总生存率分别为40％和10％。胶质瘤的高死亡率是由于其侵袭性和高复发率。虽然采用手术、放疗和烷基化化疗治疗，但胶质瘤的异质性并没有提高患者的生存率。基因组学、转录组学和表观遗传学分析方面的重大进展为胶质瘤的分类和治疗带来了新的概念。因此，近年来特异性肿瘤进展相关分子标志物作为潜在的治疗靶点受到高度重视。PTEN突变导致恶性肿瘤进展和耐药。PTEN是一种抑癌基因，在细胞增殖、黏附和侵袭、凋亡、DNA损伤修复等方面发挥重要作用。研究表明胶质瘤中PTEN的表达随着恶性程度的增加而降低。此外，研究发现，PTEN缺本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n(1)获取胶质瘤患者的PTEN基因状态，所述PTEN基因状态为PTEN基因是否发生突变；/n(2)根据胶质瘤患者的PTEN基因状态对所述胶质瘤患者进行分层，将所述胶质瘤患者分为野生型PTEN亚组即PTEN-WT亚组，和突变型PTEN亚组即PTEN-mutant亚组；/n(3)分别对所述各个亚组的患者筛选亚组特异性的差异基因即DEGs；/n(4)将所述亚组特异性的DEGs与所述各个亚组患者生存时间进行拟合，得到亚组特异性的最优预后DEGs即OPR-DEGs；/n(5)利用所述的各个亚组的OPR-DEGs构建所述...

【技术特征摘要】
1.一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)获取胶质瘤患者的PTEN基因状态，所述PTEN基因状态为PTEN基因是否发生突变；
(2)根据胶质瘤患者的PTEN基因状态对所述胶质瘤患者进行分层，将所述胶质瘤患者分为野生型PTEN亚组即PTEN-WT亚组，和突变型PTEN亚组即PTEN-mutant亚组；
(3)分别对所述各个亚组的患者筛选亚组特异性的差异基因即DEGs；
(4)将所述亚组特异性的DEGs与所述各个亚组患者生存时间进行拟合，得到亚组特异性的最优预后DEGs即OPR-DEGs；
(5)利用所述的各个亚组的OPR-DEGs构建所述各个亚组患者的风险评分，观测风险评分与肿瘤的恶性程度的关系，并预测所述各个亚组患者的生存率；
(6)所述的各个亚组的OPR-DEGs筛选各个亚组的独立预后的OPR-DEGs；
(7)对所述的各个亚组的独立预后的OPR-DEGs，筛选潜在的靶向药物。


2.根据权利要求1所述的一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，步骤(1)中，所述获取胶质瘤患者的PTEN基因状态具体为，从TCGA网站提取突变数据集，所述突变数据集包括基因的SNP和Indel，根据PTEN是否发生突变进行分组，并对两个亚组的病人进行生存分析。


3.根据权利要求2所述的一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，所述的从TCGA网站提取转录组数据集，筛选三组差异基因：胶质瘤与对照DEGs-all；胶质瘤PTEN-WT亚组与对照DEGs-WT，胶质瘤PTEN-mutant亚组与对照DEGs-mutant，去掉与三组中或者两组中重合的差异基因，得到各个亚组中亚组特异性的差异基因。


4.根据权利要求1所述的一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，步骤(4)中所述的亚组特异性的DEGs与所述各个亚组患者生存时间进行拟合，通过单变量Cox回归模型和log-rank检验得到与生存时间显著相关的预后相关的DEGs，预后相关的DEGs再通过L1-penalized(LASSO)Cox-PH拟合和生存时间拟合得到所述的OPR-DEGs。


5.根据权利要求4所述的一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，其特征在于，所述的OPR-DEGs各个亚组作为诊断和预后预测的生物标记物的靶基因OPR-DEGs，PTEN-WT亚组包括44个：EIF3H、DVL2、HSPC159、CAMK1、C9orf3、H1F0、ARHGAP12、MPST、FAM35B、SLC6A6、TTC12、EPDR1、TM4SF20、TMEM84、CYP27C1、ONECUT2、AQP9、ALMS1P、LOC100128288、SYNPO2L、CLDN1、APOB、LOC100190938、...

【专利技术属性】
技术研发人员：董磊，张佩，夏琴，
申请(专利权)人：北京理工大学，
类型：发明
国别省市：北京;11