一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法和系统技术方案

本发明专利技术提供一种预测T1期结直肠癌淋巴结转移的方法和系统，以石蜡包埋组织切片为样本，利用液相色谱串联质谱，获取T1期结直肠癌淋巴结转移患者的蛋白质表型并建立基于蛋白质组学的诊断淋巴结转移模型，本发明专利技术相对于传统预测方式具有预测准确性高，有效减少非必要补救手术的优势。能针对每一病理给出一个淋巴结转移概率，更有利于精准治疗。

【技术实现步骤摘要】
一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法和系统
本专利技术涉及蛋白质质谱检测和机器学习应用于癌症预测
，具体涉及一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法和系统。
技术介绍
结直肠癌是最常见的恶性肿瘤之一。在西方发达国家，其发病率和死亡率位居肿瘤第3位。随着结直肠癌筛查的广泛开展，越来越多的结直肠癌在早期得以诊断。既往研究发现T1期结直肠癌的淋巴结转移概率在7-15％左右，而有无淋巴结转移明显影响患者预后。没有淋巴结转移时，T1期结直肠癌为I期，5年总体生存率大于95％；但若存在淋巴结转移，患者则为III期，5年总体生存率下降到68-90％。近年来内镜技术的快速发展，越来越多的T1期结直肠癌在内镜下被切除。对于这些患者而言，是否存在淋巴结转移是决定是否追加补救手术的关键因素。通过蛋白质组学和质谱技术，能鉴定并定量出细胞中数以千计的蛋白及肽段，迅速提升对蛋白质生物标志物的认识。通过蛋白质组学在良性疾病或恶性肿瘤的诊断及预后方面筛选到的数个分子标志物，建立预测模型能有效对淋巴转移进行辅助诊断。
技术实现思路
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【技术保护点】
1.一种T1期结直肠癌淋巴结转移的预测方法，其特征在于，包括：/nS1，样本选择，基于肿瘤组织切片的石蜡样本，建立训练集和验证集，进行蛋白质组学分析；/nS2，样本制备和质谱分析，将石蜡样本进行除蜡裂解、洗涤、洗脱后，进行梯度分离，通过检索比对完成蛋白质的鉴定；/nS3，选取蛋白质标记物，分析蛋白质标记物的表达量，选取有效鉴定蛋白；/nS4，建立预测模型，将训练集的蛋白质标记物分为淋巴结转移组和无淋巴结转移组，基于lasso算法训练预测模型，根据最优化的正则参数λ调整预测准确率。/n

【技术特征摘要】
1.一种T1期结直肠癌淋巴结转移的预测方法，其特征在于，包括：
S1，样本选择，基于肿瘤组织切片的石蜡样本，建立训练集和验证集，进行蛋白质组学分析；
S2，样本制备和质谱分析，将石蜡样本进行除蜡裂解、洗涤、洗脱后，进行梯度分离，通过检索比对完成蛋白质的鉴定；
S3，选取蛋白质标记物，分析蛋白质标记物的表达量，选取有效鉴定蛋白；
S4，建立预测模型，将训练集的蛋白质标记物分为淋巴结转移组和无淋巴结转移组，基于lasso算法训练预测模型，根据最优化的正则参数λ调整预测准确率。


2.如权利要求1所述的一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法，其特征在于，在所述步骤S1中，所述训练集选取接受手术的T1期结直肠癌患者，所述验证集选取需要进行补救手术的患者。


3.如权利要1所述的一种T1期结肠癌淋巴结转移预测方法，其特征在于，在所述步骤S2中，还包括：
S201，取10μm石蜡样本加裂解液200μl，冰上研磨4分钟后补充SDS试剂至浓度到4％；
S202，将样本在99℃下煮沸30分钟，随后以12000g离心5分钟，取上清后沉淀补充SDS试剂，重复S202步骤两次，每次煮沸时间为1小时和2小时；
S203，将上清混匀，加1ml丙酮在-20℃下沉淀过夜，随后用丙酮清洗沉淀两遍，风干；
S204，将样品复溶沉淀，以12000g离心半小时，用50mM碳酸氰胺将尿素排净；
S205，加37℃下进行酶解4小时后加酶2.5μg，继续酶解18个小时，最后加入200μl蒸馏水，洗脱两遍后风干；
S206，将样品溶解在缓冲液中上样，在75分钟的梯度内分离。


4.如权利要求3所述的一种T1期结直肠癌淋巴结...

【专利技术属性】
技术研发人员：许剑民，丁琛，庄奥博，朱德祥，韦烨，任黎，何国栋，林奇，易拓，许平平，周鹏扬，常文举，冯青阳，庄奥加，吉美玲，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：上海;31