构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法及其使用方法技术

本发明专利技术公开了构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法，包括下列步骤：1)获取肿瘤患者的转录组数据，分为高TMB组和低TMB组；2)筛选所述高TMB组和低TMB组两组间的免疫相关差异表达基因DEGs，并进行富集分析；3)通过ImmuneCellAI进行免疫细胞浸润分析，筛选出潜在的关键免疫细胞；4)筛选出与患者预后的肿瘤免疫相关基因；5)建立不同颜色的模块和可能影响预后的免疫性状的相关矩阵；6)选择WCGNA中与巨噬细胞、DC、MAIT和浸润积分具有较好相关性的基因，初步得到TMB‑IF基因面板。本发明专利技术还提供了肿瘤突变负荷TMB面板的使用方法。本发明专利技术构建出的肿瘤突变负荷TMB面板在使用时测序成本低，对DNA输入要求低，具有更短的周转时间，可进行更深层次的测序，提高突变检测灵敏度。

【技术实现步骤摘要】
构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法及其使用方法
本专利技术涉及构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法及其使用方法的技术。
技术介绍
目前，PD-1抑制剂主要被批准用于对索拉菲尼反应不良的晚期肝癌患者的二线治疗，但是由于治疗反应不同，能够很好地预测免疫治疗效果的生物标志物仍然在寻找中。目前PD-1/PD-L1表达水平、肿瘤突变负荷(TMB)、高微卫星不稳定性(MSI-H)、肿瘤浸润性T细胞含量和中性粒细胞-淋巴细胞比率(NLR)是相对广泛接受的反映免疫治疗疗效的预测指标。不过这些指标在不同的肿瘤中其预测效能不一，在肺癌、黑色素瘤中应用较广，而在其他肿瘤中其预测性一直受到质疑。随后的研究和大多数临床试验表明，肿瘤突变负荷在预测免疫治疗的疗效方面确实有一定价值。肿瘤突变负荷高的患者更有可能在免疫治疗中获益。全外显子组测序是评价肿瘤突变负荷的金标准，但是全外显子组测序应用到临床试验有以下难点：1、样本数量有限；2、送检时间限制；3、检测结果准确性较低；4、高费用。
技术实现思路
为了克服现有技术的缺陷，本专利技术的目的是提供一种构建肿瘤突变本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法，其特征在于，构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法包括下列步骤：/n1)获取肿瘤患者的转录组数据，所述转录组是指miRNA表达的定量转录组，依据影响患者生存的最佳TMB临界值，将转录组数据分为高TMB组和低TMB组；/n2)筛选步骤1)中的高TMB组和低TMB组两组间的免疫相关差异表达基因DEGs，并且对DEGs的基因本体进行富集分析，得到差异基因间的蛋白质相互作用PPI信息，绘制PPI网络图，并以此筛选出排名靠前的若干个节点；/n3)步骤1)中的高TMB组和低TMB组两组的转录组表达数据通过ImmuneCellAI进行免疫细胞浸润分析，并以此绘制所有免疫细...

【技术特征摘要】
1.一种构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法，其特征在于，构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法包括下列步骤：
1)获取肿瘤患者的转录组数据，所述转录组是指miRNA表达的定量转录组，依据影响患者生存的最佳TMB临界值，将转录组数据分为高TMB组和低TMB组；
2)筛选步骤1)中的高TMB组和低TMB组两组间的免疫相关差异表达基因DEGs，并且对DEGs的基因本体进行富集分析，得到差异基因间的蛋白质相互作用PPI信息，绘制PPI网络图，并以此筛选出排名靠前的若干个节点；
3)步骤1)中的高TMB组和低TMB组两组的转录组表达数据通过ImmuneCellAI进行免疫细胞浸润分析，并以此绘制所有免疫细胞的Kaplan-Meier生存曲线，最终筛选出潜在的关键免疫细胞；
4)将步骤3)中潜在的关键免疫作为独立的免疫性状纳入到加权基因共表达网络分析WCGNA，筛选出与患者预后的肿瘤免疫相关基因；
5)建立不同颜色的模块和可能影响预后的免疫性状的相关矩阵；
6)选择WCGNA中与巨噬细胞、DC、MAIT和浸润积分具有较好相关性的基因，用正向和反向似然比法进行多元Cox回归筛选，初步得到TMB-IF基因面板。


2.根据权利要求1所述构建肿瘤突变负荷TMB面板的方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢婵，彭亮，吴和维，郑杏容，高志良，
申请(专利权)人：中山大学附属第三医院，
类型：发明
国别省市：广东;44