CD19变体制造技术

描述了CD19变体、鉴定CD19变体的方法、和使用此类CD19变体例如用于治疗癌症的方法。

CD19 variants

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】CD19变体相关申请的交叉引用本申请要求2017年12月15日提交的美国临时专利申请号62/599,211的优先权，该专利申请的全部内容通过引用特此并入。
技术介绍
B淋巴细胞抗原CD19，也称为CD19(分化簇19)，是由CD19基因编码的人体中的蛋白。CD19是不同免疫疗法(包括CD19CART细胞)的靶。
技术实现思路
本披露提供了鉴定CD19变体的方法，这些CD19变体具有特定功能属性，例如结合抗CD19抗体的能力和/或改进的稳定性。因此，在一些方面，本披露提供了鉴定稳定的CD19变体的方法，所述方法包括：a)获得或提供多种CD19多肽，每种CD19多肽具有SEQIDNO:2的氨基酸序列的一个或多个氨基酸取代；b)确定所述多种CD19多肽是否结合抗CD19抗体或其片段；c)确定相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，所述多种CD19多肽是否对蛋白酶裂解更具有抗性；和/或d)确定相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，所述多种CD19多肽是否是更热稳定的；其中如果所述多肽(i)结合抗CD19抗体或其片段，(ii)相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，对蛋白酶裂解更具有抗性，和/或(iii)相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，是更热稳定的，则所述CD19多肽是稳定的CD19变体。在一些实施例中，抗CD19抗体是FMC63或4G7。在一些实施例中，多种CD19多肽包含在SEQIDNO:2的位置2、3、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、20、22、25、28、29、30、31、32、33、34、38、39、45、47、49、52、53、54、55、56、57、58、59、61、62、63、64、66、68、70、72、84、90、93、94、99、100、105、108、111、113、114、115、122、123、124、125、127、130、131、132、135、138、139、140、141、142、143、144、145、146、148、149、154、167、169、171、185、189、193、194、196、198、202、204、206、207、209、211、212、213、215、216、217、219、220、221、222、223、224、225、226、228、229、230、232、235、240、243、247、249、250、251、252、253、255、256、257、258、259、260、261、262、264、265、269、或271处的一个或多个氨基酸取代。在一些实施例中，多种CD19多肽包含在以下组的SEQIDNO:2的氨基酸位置中的一个或多个处的氨基酸取代：5/7/9；14/16/18；29/31；29/31/33；35/37/39；45/47/49；52/54/56；59/61/63；62/64/66；76/78/80；86/88/90；167/169/171；175/177/179；193/195/197；206/208/210；207/209/211；219/221/223；240/243；224/226/228；247/249/251；253/255/256；255/256；或261/262/264/265。在其他方面，本披露提供了CD19变体、包含CD19变体的融合蛋白、编码CD19变体(或融合蛋白)的核酸、和编码此类CD19变体或融合蛋白的细胞治疗剂。此类组合物可用于治疗癌症和/或可用于启动或调控免疫应答。在一些实施例中，CD19变体具有比包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽高至少20％、40％、60％、80％、100％、120％、140％、160％、180％、200％、250％、300％、400％、或500％的测量的稳定性水平。在一些实施例中，相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，CD19变体对蛋白酶裂解更具有抗性。在一些实施例中，相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，CD19变体是更热稳定的。在一些实施例中，CD19变体包含表1A、表1B、表2A、表2B、表3、表6、图8B、图11、图12B、图14A、图14B、图14C、图14D、或图15B中列出的SEQIDNO:2的一个或多个氨基酸取代。在一些实施例中，CD19变体包含在以下组的SEQIDNO:2的氨基酸位置中的一个或多个处的氨基酸取代：5/7/9；14/16/18；29/31；29/31/33；35/37/39；45/47/49；52/54/56；59/61/63；62/64/66；76/78/80；86/88/90；167/169/171；175/177/179；193/195/197；206/208/210；207/209/211；219/221/223；240/243；224/226/228；247/249/251；253/255/256；255/256；或261/262/264/265。在一些实施例中，氨基酸取代包含示于表1B、表2B、表3、表6、图8B、图11、图14A、图14B、图14C、图14D、或图15B中的取代。在一些实施例中，CD19变体结合抗CD19抗体。在一些实施例中，CD19变体结合肿瘤抗原。在一些实施例中，肿瘤抗原是MART-1/MelanA(MART-I)、gp100(Pmel17)、酪氨酸酶、TRP-1、TRP-2、MAGE-1、MAGE-3、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、p15、CEA、p53、Ras、HER-2/neu、BCR-ABL、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、爱泼斯坦巴尔病毒抗原EBVA、人类乳头瘤病毒(HPV)抗原E6或E7、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、RAGE、NY-ESO、erbB、p185erbB2、p180erbB-3、c-met、nm-23H1、PSA、TAG-72、CA19-9、CA72-4、CAM17.1、NuMa、K-ras、β-连环蛋白、CDK4、Mum-1、p15、p16、43-9F、5T4、791Tgp72、甲胎蛋白、β-HCG、BCA225、BTAA、CA125、CA15-3\CA27.29\BCAA、CA195、CA242、CA-50、CAM43、CD68\P1、CO-029、FGF-5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB/70K、NY-CO-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90\Mac-2结合蛋白\亲环蛋白C-相关蛋白、TAAL6、TAG72、TLP、MUC16、IL13Rα2、FRα、VEGFR2、LewisY、FAP、EphA2、CEACAM5、EGFR、CA6、CA9、GPNMB、EGP1、FOLR1、内皮受体、STEAP1、SLC44A4、结合素-4、AGS-16、胍基环化酶C、MUC-1、CFC1B、整联蛋白α3链(a3b1的链，即层粘连蛋白受体链)、TPS本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种CD19变体，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的至少一个氨基酸取代，其中所述CD19变体比包含SEQ ID NO:2的序列的多肽更稳定。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171215 US 62/599,2111.一种CD19变体，其包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的至少一个氨基酸取代，其中所述CD19变体比包含SEQIDNO:2的序列的多肽更稳定。


2.如权利要求1所述的CD19变体，其中所述CD19变体具有比包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽高至少20％、40％、60％、80％、100％、120％、140％、160％、180％、200％、250％、300％、400％、或500％的测量的稳定性水平。


3.如权利要求1或2所述的CD19变体，其中相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，所述CD19变体对蛋白酶裂解更具有抗性。


4.如权利要求1或2所述的CD19变体，其中相对于包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽，所述CD19变体是更热稳定的。


5.如权利要求1-4中任一项所述的CD19变体，其中所述CD19变体包含表1A、表1B、表2A、表2B、表3、表6、图8B、图11、图12B、图14A、图14B、图14C、图14D、或图15B中列出的SEQIDNO:2的一个或多个氨基酸取代。


6.如权利要求1-4中任一项所述的CD19变体，其中所述CD19变体包含在以下组的SEQIDNO:2的氨基酸位置中的一个或多个处的氨基酸取代：5/7/9；14/16/18；29/31；29/31/33；35/37/39；45/47/49；52/54/56；59/61/63；62/64/66；76/78/80；86/88/90；167/169/171；175/177/179；193/195/197；206/208/210；207/209/211；219/221/223；240/243；224/226/228；247/249/251；253/255/256；255/256；或261/262/264/265。


7.如权利要求6所述的CD19变体，其中所述氨基酸取代包含示于表1B、表2B、表3、表6、图8B、图11、图14A、图14B、图14C、图14D、或图15B中的取代。


8.如权利要求1-7中任一项所述的CD19变体，其中所述CD19变体结合抗CD19抗体。


9.如权利要求1-7中任一项所述的CD19变体，其中所述CD19变体结合肿瘤抗原。


10.如权利要求9所述的CD19变体，其中所述肿瘤抗原是MART-1/MelanA(MART-I)、gp100(Pmel17)、酪氨酸酶、TRP-1、TRP-2、MAGE-1、MAGE-3、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、p15、CEA、p53、Ras、HER-2/neu、BCR-ABL、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、爱泼斯坦巴尔病毒抗原EBVA、人类乳头瘤病毒(HPV)抗原E6或E7、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、RAGE、NY-ESO、erbB、p185erbB2、p180erbB-3、c-met、nm-23H1、PSA、TAG-72、CA19-9、CA72-4、CAM17.1、NuMa、K-ras、β-连环蛋白、CDK4、Mum-1、p15、p16、43-9F、5T4、791Tgp72、甲胎蛋白、β-HCG、BCA225、BTAA、CA125、CA15-3\CA27.29\BCAA、CA195、CA242、CA-50、CAM43、CD68\P1、CO-029、FGF-5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB/70K、NY-CO-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90\Mac-2结合蛋白\亲环蛋白C-相关蛋白、TAAL6、TAG72、TLP、MUC16、IL13Rα2、FRα、VEGFR2、LewisY、FAP、EphA2、CEACAM5、EGFR、CA6、CA9、GPNMB、EGP1、FOLR1、内皮受体、STEAP1、SLC44A4、结合素-4、AGS-16、胍基环化酶C、MUC-1、CFC1B、整联蛋白α3链(a3b1的链，即层粘连蛋白受体链)、TPS、CD19、CD20、CD22、CD30、CD72、CD180、CD171(L1CAM)、CD123、CD133、CD138、CD37、CD70、CD79a、CD79b、CD56、CD74、CD166、CD71、CLL-1/CLEC12A、ROR1、磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(GPC3)、间皮素、CD33/IL3Ra、c-Met、PSCA、PSMA、糖脂F77、EGFRvIII、BCMA、GD-2、MY-ESO-1或MAGEA3。


11.一种融合蛋白，其包含(a)结合抗原的抗体或支架多肽、或其抗原结合片段，和(b)如权利要求2-8中任一项所述的CD19变体。


12.如权利要求11所述的融合蛋白，其中所述抗原是与自身免疫病症相关联的抗原。


13.如权利要求11所述的融合蛋白，其中所述抗原是感染因子抗原。


14.如权利要求11-13中任一项所述的融合蛋白，其中所述抗体或支架多肽、或其抗原结合片段包含scFv或VHH或III型纤连蛋白结构域。


15.如权利要求11-13中任一项所述的融合蛋白，其中所述CD19变体融合至片段抗体的轻链的C-末端或N-末端。


16.如权利要求11-13中任一项所述的融合蛋白，其中所述CD19变体融合至片段抗体的重链的C-末端或N-末端。


17.如权利要求11-13中任一项所述的融合蛋白，其中所述CD19变体融合至片段抗体的轻链的C-末端。


18.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列、或其片段。


19.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列的一部分(例如CLL-1结合部分)，其中所述部分缺乏在SEQIDNO:203-225每一项中所示的C-末端氨基酸TSGPGGQGAEQKLISEEDLGAHHHHHHGAS中的一个或多个。


20.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列的一部分(例如CLL-1结合部分)，其中所述部分缺乏在SEQIDNO:203-225每一项中所示的全部C-末端氨基酸TSGPGGQGAEQKLISEEDLGAHHHHHHGAS。


21.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列的一部分(例如CLL-1结合部分)，所述部分缺乏在SEQIDNO:203-225每一项中所示的C-末端氨基酸TSGPGGQGAEQKLISEEDLGAHHHHHHGAS中的一个或多个，并且其中所述部分缺乏一个或多个(例如1、2、3、4、5、或更多)另外的氨基酸。


22.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列的一部分(例如CLL-1结合部分)，所述部分缺乏在SEQIDNO:203-225每一项中所示的全部C-末端氨基酸TSGPGGQGAEQKLISEEDLGAHHHHHHGAS，并且其中所述部分缺乏一个或多个(例如1、2、3、4、5、或更多)另外的氨基酸。


23.如权利要求14所述的融合蛋白，其中所述VHH包含与SEQIDNO:203-225中任一项的氨基酸序列的一部分具有至少85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％同一性的氨基酸序列，其中所述部分缺乏在SEQIDNO:203-225每一项中所示的C-末端氨基酸TSGPGGQGAEQKLISEEDLGAHHHHHH...

【专利技术属性】
技术研发人员：R·罗布，P·伦讷特，B·哈克尔，J·克莱史密斯，
申请(专利权)人：艾丽塔生物治疗剂公司，明尼苏达大学董事会，
类型：发明
国别省市：美国;US