利用化学确定的重组核小体定量核小体修饰制造技术

本发明专利技术涉及携带组蛋白和/或DNA修饰的重组/半合成核小体作为用于定量来自生物样品的共价修饰(在组蛋白上或包裹DNA上)、变体或突变核小体(统称“修饰核小体”或“核小体修饰”)的参考标准品的用途。本发明专利技术还涉及使用该测定来准确定量作为疾病生物标志物的单个或组合核小体修饰的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】利用化学确定的重组核小体定量核小体修饰优先权声明本申请要求提交于2018年3月1日的美国申请序列号62/637,066的优先权，其全部内容通过援引并入本文中。
本专利技术涉及携带组蛋白和/或DNA修饰的重组/半合成核小体作为用于定量来自生物样品的共价修饰(在组蛋白上或包裹DNA上)、变体或突变核小体(统称“修饰核小体”或“核小体修饰”)的参考标准品的用途。本专利技术还涉及使用该测定来准确定量作为疾病生物标志物的单个或组合核小体修饰的方法。
技术介绍
核小体是染色质的重复单位，由一体地包裹在组蛋白八聚体(每个核心组蛋白(H2A、H2B、H3和H4)包含两个拷贝)周围的147个碱基对的DNA组成(Margueronetal.,Nat.Rev.Genet.11(4):285(2010)).染色质结构和功能的变化调节不同的细胞活性，包括基因表达、DNA修复、染色体传递和细胞分化(Brownetal.,Hum.Mol.Genet.21(R1):R90(2012)；Lahtzetal.,J.Mol.Cell.Biol.3(1):51(201本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于定量生物样品中核小体修饰(组蛋白或DNA)丰度的方法，所述方法包括：/na.分离生物样品；/nb.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；/nc.制备包括核心组蛋白和/或DNA修饰靶表位的重组单核小体和/或多核小体样品；/nd.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；/ne.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入亲和试剂；/nf.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；以及/ng.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180301 US 62/637,0661.一种用于定量生物样品中核小体修饰(组蛋白或DNA)丰度的方法，所述方法包括：
a.分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括核心组蛋白和/或DNA修饰靶表位的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；以及
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度。


2.一种用于定量生物样品中单个核小体上两个或更多个修饰(组蛋白或DNA)的丰度的方法，所述方法包括：
a.分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位中包含两个或更多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括携带所述两个或更多个组蛋白和/或DNA修饰靶表位的核小体的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入两种或更多种亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；以及
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度。


3.一种用于定量来自患有疾病或疾患的受试者的生物样品中一个或多个核小体修饰(组蛋白或DNA)的丰度的方法，所述方法包括：
a.从所述受试者中分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位(一个或多个)中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括携带所述一个或多个组蛋白和/或DNA修饰靶表位的核小体的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入一种或多种亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；以及
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度。


4.一种基于对一个或多个核小体修饰的绝对定量来确定患有与表观遗传修饰相关的疾病或疾患的受试者的预后的方法，所述方法包括:
a.从所述受试者中分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位(一个或多个)中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括携带所述一个或多个组蛋白和/或DNA修饰靶表位的核小体的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入一种或多种亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度；以及
h.基于所述一个或多个靶表位的绝对丰度确定所述受试者的预后。


5.一种基于一个或多个核小体修饰的定量鉴定与表观遗传修饰相关的疾病或疾患的生物标志物的方法，所述方法包括:
a.从所述受试者中分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位(一个或多个)中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括携带所述一个或多个组蛋白和/或DNA修饰靶表位的核小体的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入一种或多种亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度；以及
h.将所述一个或多个靶表位的绝对丰度与所述表观遗传修饰相关的疾病或疾患相关联；从而鉴定与所述表观遗传修饰相关的疾病或疾患的生物标志物。


6.一种从受试者的生物样品中筛选修饰一个或多个核小体修饰的表观遗传状态的剂的方法，所述方法包括在存在和不存在所述剂的情况下确定一个或多个核小体修饰的定量，其中确定所述一个或多个核小体修饰的定量包括：
a.从所述受试者中分离生物样品；
b.从所述生物样品制备天然单核小体和/或多核小体文库，其中，所述文库包括在靶表位(一个或多个)中包含一个或多个核心组蛋白和/或DNA修饰的核小体；
c.制备包括携带所述一个或多个组蛋白和/或DNA修饰靶表位的核小体的重组单核小体和/或多核小体样品；
d.提供不同浓度的所述重组核小体样品以产生参考标准品；
e.向所述天然核小体文库和重组核小体参考物中加入一种或多种亲和试剂；
f.进行基于亲和试剂的测定以测量所述天然核小体文库和所述重组核小体参考标准品中核小体修饰的量；
g.通过比较所述天然核小体文库中的相对丰度与所述参考标准品中的相对丰度，定量所述靶表位中核小体修饰的丰度；
其中，在所述剂存在和不存在的情况下的表观遗传状态的改变识别出修饰表观遗传状态的剂。


7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中，所述生物样品用酶处理以将染色质消化成单核小...

【专利技术属性】
技术研发人员：马尔蒂斯·威廉·考尔斯，马修·F·韦利汉，安德烈亚·L·约翰斯通，迈克尔克里斯托弗·基奥，孙如文，内森·W·哈勒，马修·R·马龙德，
申请(专利权)人：埃皮塞弗公司，
类型：发明
国别省市：美国;US