【技术实现步骤摘要】
基于Linux单命令行的生物大数据分析系统及方法
本专利技术涉及生物信息学多组学和计算生物学领域的数据分析，特别是涉及一种基于Linux单命令行的生物大数据分析系统及方法。
技术介绍
随着二代基因测序技术和蛋白质谱技术等在内的新一代高通量数据技术越来越多的应用于解决生物问题，尤其是人类疾病的研究。使得从基因组水平、转录组水平、蛋白质组水平、代谢组水平等角度对疾病展开全方位、多层次的研究成为可能，借助生物信息学分析方法进行多组学整合研究，能更加系统地阐释疾病的发生及发展机理，为疾病(如肿瘤)的诊断治疗提供强有力的工具。现有的肿瘤大数据分析系统绝大多数是基于windows，系统框图如图9所示，其运行模式为：通过在线web端来访问，用户通过上传数据并提交到服务器，服务器接收数据进行处理，最后反馈结果给用户。在基于windows的肿瘤大数据分析系统下，用户使用方便，分析的结果可视化直观，但其缺点是很明显的：由于受windows架构缺陷的限制，决定了用户上传数据的文件大小受到限制，较大的文件不易上传到系统，同时用户还受到网络带...
【技术保护点】
1.一种基于Linux单命令行的生物大数据分析系统，其特征在于，包括：/n接入模块，用于用户通过基于SSH协议的远程登录客户端访问生物大数据分析系统时链接到Linux的Shell模式界面；/n在Linux的Shell模式界面，输入Linux单命令行，并在Linux单命令行输入成功后执行产生作业号，所述Linux单命令行至少包括程序单元名称和待分析数据文件名称，将所述作业号与所述程序单元名称对应的程序单元关联；/n用户级别获取单元，将用户划分为不同的级别，基于用户信息获取用户级别；/n用户资源管理模块，将系统资源划分为不同级别的系统子资源，不同级别的系统子资源大小不同，用户的...
【技术特征摘要】
1.一种基于Linux单命令行的生物大数据分析系统，其特征在于，包括：
接入模块，用于用户通过基于SSH协议的远程登录客户端访问生物大数据分析系统时链接到Linux的Shell模式界面；
在Linux的Shell模式界面，输入Linux单命令行，并在Linux单命令行输入成功后执行产生作业号，所述Linux单命令行至少包括程序单元名称和待分析数据文件名称，将所述作业号与所述程序单元名称对应的程序单元关联；
用户级别获取单元，将用户划分为不同的级别，基于用户信息获取用户级别；
用户资源管理模块，将系统资源划分为不同级别的系统子资源，不同级别的系统子资源大小不同，用户的级别与系统子资源的级别一一对应，根据所述用户级别获取单元输出的用户的级别为用户分配对应级别的系统子资源；
分析模块，包含多个程序单元，每个程序单元对应一个分析功能，对每个分析功能单独编译程序代码并将所述程序代码包装成一个块获得程序单元并命名；
作业调度管理模块，设置多个作业队列，不同级别的用户对应不同的作业队列，将Linux的Shell模式界面产生的作业号分配到与用户级别对应的作业队列中，在每个作业队列中按排队顺序调度作业号关联的程序单元，以待分析数据文件中的数据为基础，基于分配的系统子资源执行所述程序单元获得分析结果并输出至输出模块；
输出模块，将分析结果输出至用户指定的目录位置。
2.如权利要求1所述的基于Linux单命令行的生物大数据分析系统，其特征在于，所述系统资源包括磁盘空间、内存空间和线程数量三者中的全部或部分。
3.如权利要求1所述的基于Linux单命令行的生物大数据分析系统，其特征在于，还包括完整性检验模块，所述完整性检验模块用于判断输入的Linux单命令行是否完整；
和/或所述访问接入模块执行以下过程：为用户分配程序单元使用权限，每个用户至少获得一个程序单元的使用权限，判断Linux单命令行中的程序单元名称是否在用户的使用权限内，若程序单元名称不在用户的使用权限内，则进行超权限提示。
4.如权利要求1所述的基于Linux单命令行的生物大数据分析系统，其特征在于，还包括使用时间限制模块，所述时间限制模块为每个用户分配使用时段，当用户访问时间不在分配的使用时段内时，拒绝用户访问。
5.如权利要求1所述的基于Linu...
【专利技术属性】
技术研发人员：冉隆科，宋方洲，宋晶，罗瑞涵，
申请(专利权)人：重庆医科大学，
类型：发明
国别省市：重庆;50
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