一种凡纳滨对虾的耐低温关联的SNP分子标记、检测引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种凡纳滨对虾的耐低温关联的SNP分子标记、检测引物及其应用。所述的SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQ ID NO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。根据本发明专利技术提供的方法，有利于快速提升凡纳滨对虾子代的耐低温性状，缩短耐低温对虾品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。

A SNP molecular marker, detection primer and its application in Litopenaeus vannamei

【技术实现步骤摘要】
一种凡纳滨对虾的耐低温关联的SNP分子标记、检测引物及其应用
：本专利技术属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种凡纳滨对虾低温耐受性状关联的微小染色体维持基因2(MCM2)的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用。
技术介绍
：凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei，俗称南美白对虾)是中国最重要的对虾养殖品种，2018年中国凡纳滨对虾养殖年产量超过176万吨，种苗年需求量超过10000亿尾，良种繁育对凡纳滨对虾养殖业具有重要意义。耐低温是凡纳滨对虾的重要抗逆性状。一方面，由于凡纳滨对虾具有较高的市场需求、环境适应性广，该种对虾已被推广到中国北方水域进行养殖，其中包括山西、陕北、山东等北方省份的海、淡水水域，耐低温成为中国北方凡纳滨对虾养殖业追求的重要抗逆性状；另一方面，在中国的春节时期，鲜活凡纳滨对虾的市场价格是平常季节的3倍以上，广东等地的对虾养殖农户经常冒险的将上市时间拖到冬季，又往往因冬季寒潮造成水温骤降引起养殖对虾大规模死亡，耐低温品种的选育也是中国南方凡纳滨对虾养殖业的迫切需求。传统的选育方法依赖于表型选择，具有周期长、不稳定等不利因素。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的技术，分子育种方法根据有效的分子标记进行后备亲本选择，能更快速地提升子代的经济性状。SNP(SingleNucleotidePolymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性，是目前应用最广、最新的分子标记。高质量的DNA分子标记是开展分子育种的基础。目前，虽开发出了众多针对不同性状的对虾分子标记，但多未阐明分子标记的分子功能。微小染色体维持基因2，英文名：MinichromosomeMaintenanceComplexComponent2(MCM2)，是参与启动真核基因组复制的小染色体维持基因家族的成员。在凡纳滨对虾中从未有MCM2基因的报道，也从未有研究发现该基因与低温性状相关。
技术实现思路
：本专利技术旨在提供一种凡纳滨对虾低温耐受性状关联的微小染色体维持基因2(MCM2)的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用，本专利技术公开的凡纳滨对虾MCM2基因的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用方法，是目前已知的常规知识或方法无法预测的，本专利技术的SNP分子标记可用于检测凡纳滨对虾亲本的耐低温性状，根据本专利技术提供的方法，可筛选耐低温能力更强的后备亲本，有利于快速提升凡纳滨对虾子代的耐低温性状，缩短耐低温对虾品系的选育周期。本专利技术的凡纳滨对虾微小染色体维持基因2(MCM2)的耐低温性状关联的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的序列如SEQIDNO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQIDNO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。优选，第1,925碱基位置的G/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于G/G基因型个体；第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其A/A基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/C基因型个体；第3,776碱基位置的T/T基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于T/G基因型个体；第6,679碱基位置的A/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/A基因型个体。本专利技术的第二个目的是提供上述SNP分子标记的检测引物，如下任一检测引物对所示(1)第1,925位置检测引物对g.MCM2-1,925-F：5’-GTCTGAGTTATCGGTAGTATTGG-3’；g.MCM2-1,925-R：5’-CATAGGAACACTTGTTGCAGTC-3’；(2)第3,414位置检测引物对g.MCM2-3,414-F：5’-CTGAGGTGACTGGTGTGTACAC-3’；g.MCM2-3,414-R：5’-GAGTACCTGTGGTGAAGACAGC-3’；(3)第3,776位置检测引物对g.MCM2-3,776-F：5’-TGAGAGGATTGTGGCCTCAATT-3’；g.MCM2-3,776-R：5’-CACCTCATACGAGGTCATATTGTC-3’；(4)第6,679位置检测引物对g.MCM2-6,679-F：5’-CTCTATGAGTTGACATTGGATGGG-3’；g.MCM2-6,679-R：5’-CTCTTGCCGTCATGTGAGAAGTT-3’。本专利技术的第三个目的是提供一种检测试剂盒，其包括上述SNP分子标记的检测引物对。本专利技术的第四个目的是提供上述耐低温性状关联的SNP分子标记、SNP分子标记的检测引物和检测试剂盒在凡纳滨对虾耐低温抗逆育种中的应用。本专利技术的第五个目的是提供一种检测凡纳滨对虾耐低温性能的方法，包括：提取待测凡纳滨对虾的基因组DNA，利用上述SNP分子标记的检测引物对进行扩增，并测序获得测序结果，基于测序结果确定SNP分子标记的基因型，再判断该待测凡纳滨对虾的耐低温性能。具体是：第1,925碱基位置的G/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于G/G基因型个体；第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其A/A基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/C基因型个体；第3,776碱基位置的T/T基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于T/G基因型个体；第6,679碱基位置的A/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/A基因型个体。耐低温是凡纳滨对虾的重要抗逆性状，在凡纳滨对虾耐低温抗逆育种工作中，可利用本专利技术的SNP分子标记和方法对后备亲本群体进行筛选，及早排除对低温敏感的凡纳滨对虾亲本个体，将有助于快速增强凡纳滨对虾子代的耐低温能力。根据本专利技术提供的方法，有利于快速提升凡纳滨对虾子代的耐低温性状，缩短耐低温对虾品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。附图说明：图1是：A:对虾MCM2基因SNP多态性位点位置图，数字代表多态性位点的碱基位置；B:对虾MCM2基因SNP多态性位点连锁分析图,黑色代表完全连锁；C:个体基因型的统计结果,“***”表示显著性检验P<0.001；D:表示突变位点测序峰图；E:SNP位点氨基酸与低温性状的相关性分析,纵坐标大小表示与低温性状的相关性大小。图2是：A:对照温度条件下，MCM2基因被干扰表达后，大部分对虾个体仍能正常存活；B:在15℃条件下，MCM2基因被干扰表达后，对虾的存活率降到50％左右；C:在更低13℃条件下，MCM2基因被干扰表达后，对虾的存活率降到30％.红色线条代表注射MCM2基因的RNAi干扰序列的生存曲线，蓝色代表注射无义R本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.凡纳滨对虾的耐低温性状关联的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQ ID NO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。/n

【技术特征摘要】
1.凡纳滨对虾的耐低温性状关联的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的序列如SEQIDNO.1所示，所述的凡纳滨对虾的SNP分子标记是：SEQIDNO.1所示序列的第1,925碱基位置的G/C基因型或G/G基因型；或第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其为A/A基因型或A/C基因型；或第3,776碱基位置的T/T基因型或T/G基因型；或第6,679碱基位置的A/C基因型或A/A基因型。


2.根据权利要求1所示的SNP分子标记，其特征在于，第1,925碱基位置的G/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于G/G基因型个体；第3,414、3,475和3,537碱基完全连锁，其A/A基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/C基因型个体；第3,776碱基位置的T/T基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于T/G基因型个体；第6,679碱基位置的A/C基因型个体在低温压力条件下的平均存活时间显著的高于A/A基因型个体。


3.一种权利要求1所述的SNP分子标记的检测引物，其特征在于，如下任一检测引物对所示
(1)第1,925位置检测引物对
g.MCM2-1,925-F：5’-GTCTGAGTTATCGGTAGTATTGG-3’；
g.MCM2-1,925-R：5’-CATAGGAACACTTGTTGCAGTC-3’；
(2)第3,414位置检测引物对
g.MCM2-3,414-F：5’-CTGAGGTGACTGGTGTGTACAC-3’；
g.MCM2-3,414-R：5’-GAGTACCTGTGGTGAAGACAGC-3’；
(3)第3,776位置检测引物对
g.MC...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄文，王国霞，孙慧明，陈晓瑛，舒琥，郑春田，
申请(专利权)人：广东省农业科学院动物科学研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44