一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的预测方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体来说建立了一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的预测方法，包含了22种底物的加氧酶基因与蛋白序列信息、目前存在的引物及其覆盖度信息。并在此基础上建立了针对加氧酶引物及序列的分析平台ARHOA。可对引物进行覆盖度及特异性的评价，并计算核酸或蛋白序列与数据库中加氧酶序列的同源性，进而预测该序列所属物种对芳香族化合物的降解潜力。

【技术实现步骤摘要】
一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的预测方法
本专利技术涉及一种微生物筛选分离
，更具体地说，涉及一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的数据库及其预测方法。
技术介绍
芳香族化合物具有“三致”效应，对人体以及动植物的危害极大，因此其在环境中的迁移与转化受到了广泛关注(FuentesS，MendezV，AguilaP，eta1.Bioremediationofpetroleumhydrocarbons：catabolicgenes，microbialcommunities，andapplications[J].AppliedMicrobiologyandBiotechnology，2014，98(11)：4781-4794.)。微生物降解是环境中芳香化合物去除的最主要途径，已报道的能够以苯系物与多环芳烃(PAHs)作为唯一碳源和能源的微生物以好氧细菌为主；另外，目前已经研究透彻的降解功能基因也主要集中于细菌的好氧降解过程中。环羟基化是芳香族化合物好氧降解的第一步及限速步骤，决定了微生物降解芳香化合物的能力，也是揭示微生物群落中各物种协本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的方法，其特征在于，包括如下步骤：/nS1、建立ARHOs数据库；/nS11、所述ARHOs数据库建立方法如下：/na、收集种子序列并进行比对；/na1、分别从Uniport、GeoChip、Fungeen功能基因数据库中搜索22种芳香族化合物加氧酶的信息，下载所述22种芳香族化合物加氧酶的功能基因的蛋白序列作为基因种子序列；/n其中所述22种芳香族化合物加氧酶包含13种单加氧酶和9种双加氧酶；/n13种所述单加氧酶：苯系物单加氧酶、苯胺单加氧酶、咔唑单加氧酶、邻苯二酚单加氧酶、氯苯单加氧酶、苯酚单加氧酶、雌二醇单加氧酶、苯丙酸盐单加氧酶、硝基酚单加氧酶、...

【技术特征摘要】
1.一种预测微生物降解芳香族化合物潜力的方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1、建立ARHOs数据库；
S11、所述ARHOs数据库建立方法如下：
a、收集种子序列并进行比对；
a1、分别从Uniport、GeoChip、Fungeen功能基因数据库中搜索22种芳香族化合物加氧酶的信息，下载所述22种芳香族化合物加氧酶的功能基因的蛋白序列作为基因种子序列；
其中所述22种芳香族化合物加氧酶包含13种单加氧酶和9种双加氧酶；
13种所述单加氧酶：苯系物单加氧酶、苯胺单加氧酶、咔唑单加氧酶、邻苯二酚单加氧酶、氯苯单加氧酶、苯酚单加氧酶、雌二醇单加氧酶、苯丙酸盐单加氧酶、硝基酚单加氧酶、原儿茶酸单加氧酶、吡咯单加氧酶、对苯二酸盐单加氧酶、甲苯甲酸盐单加氧酶；
9种所述双加氧酶：萘及多环芳烃双加氧酶、邻苯二甲酸酯双加氧酶、二噁英双加氧酶、苯酸盐双加氧酶、苯酚双加氧酶、羟基苯乙酸盐双加氧酶、水杨酸双加氧酶、甲苯双加氧酶、二甲苯双加氧酶；
a2、a1步骤中所述22种芳香族化合物加氧酶的基因种子序列按照序列相似度、序列长度及物种信息进行筛选；相似度大于80％的序列随机保留一条，且每个物种只保留一条序列；
a3、将a2步骤中所得的22种芳香族化合物加氧酶基因种子序列，利用Muscle软件分别对每一种芳香族化合物的种子序列之间进行比对，得到比对后的种子序列；
b、确定蛋白保守位点；
b1、使用Hmmerbuild程序构建a3步骤中所述蛋白种子序列的HMM模型；
b2、使用Hmmersearch程序找到b1中所述蛋白种子序列的保守区域；
c、对蛋白种子序列分类并添加物种信息；
c1、根据b2中所述的保守区域对NCBI数据库上所有的蛋白序列进行等级划分，分为高、中、低及同源四个等级：
下载NCBI上所有...

【专利技术属性】
技术研发人员：曲媛媛，厉舒祯，廉昇阳，戴春晓，李严，杨婧，张照婧，
申请(专利权)人：大连理工大学，
类型：发明
国别省市：辽宁;21