一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法技术

本发明专利技术提供一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于二倍体生物中个性化HLA的检测，所述检测方法包括将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m，分别得到每个等位基因的所有Kmer，过滤掉每个等位基因中非特有的Kmer，得到一对HLA等位基因中每个等位基因特有的Kmer，和统计一对HLA等位基因中两个等位基因中每个等位基因特有的reads数量，得到该对HLA等位基因中两个等位基因表达量及其表达的比例。

【技术实现步骤摘要】
一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法
本专利技术涉及人HLA
，具体涉及一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法。
技术介绍
HLA全称humanleukocyteantigen，即人类白细胞抗原(HumanLeukocyfeAntigen)，存在于人体的各种有核细胞表面。它是人体生物学“身份证”，由父母遗传；能识别“自己”和“非己”，并通过免疫反应排除“非己”，从而保持个体完整性，HLA配型在器官、造血干细胞移植成败起着重要作用，很少有刻意关注其表达量高低，随着新抗原技术的发展，研究一对HLA等位基因中不同等位基因量表达变得越来越重要。HLA多样性非常高，同时有的HLA型之间序列相似性非常高，有的甚至只相差一两个碱基，因此现有方法很难区分reads是来自哪种HLA型表达，导致定量不准确。
技术实现思路
为了解决上述问题，本专利技术提供一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于人个性化HLA的检测，所述检测方法包括以下步骤：步骤1：获取待测样品转录本的建库测本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于人个性化HLA的检测，所述检测方法包括以下步骤：/n步骤1：获取待测样品转录本的建库测序的测序数据，将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m；/n步骤2：获取待测样品一对HLA等位基因中每个等位基因的具体等位基因型别，然后将每个等位基因的具体等位基因型别的已知序列作为参考序列，参考序列长度为r；/n步骤3：通过每次向后滑窗一个碱基，直到Kmer完全覆盖所述参考序列，分别得到每个等位基因的所有Kmer，其数量为Kmer1、Kmer2、Kmer3………..Kmern，n＝r-m+1；/n步骤4：从每个等位基...

【技术特征摘要】
1.一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法，所述方法应用于人个性化HLA的检测，所述检测方法包括以下步骤：
步骤1：获取待测样品转录本的建库测序的测序数据，将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m；
步骤2：获取待测样品一对HLA等位基因中每个等位基因的具体等位基因型别，然后将每个等位基因的具体等位基因型别的已知序列作为参考序列，参考序列长度为r；
步骤3：通过每次向后滑窗一个碱基，直到Kmer完全覆盖所述参考序列，分别得到每个等位基因的所有Kmer，其数量为Kmer1、Kmer2、Kmer3………..Kmern，n＝r-m+1；
步骤4：从每个等位基因中n个Kmer中过滤掉每个等位基因中非特有的Kmer，得到一对HLA等位基因中每个等位基因特有的Kmer；和
步骤5：根据每个等位基因特有的Kmer判断reads来源，从而统计一对HLA等位基因中两个等位基因中每个等位基因特有的reads数量，根据一对HLA等位基因每个等位基因特有的reads数量，得到该对HLA等位基因中两个等位基因表达量的比例。


2.根据权利要求1所述的定量检测方法，其特征在于，在步骤2和步骤3中，当每个等位基因的具体等位基因型别有多个时，分别以每个具体等位基因型别的序列作为参考序列，分别构建每个具体等位基因型别的Kmer，然后获得该等位基因的各个具体等位基因型别的Kmer的并集，所述Kmer...

【专利技术属性】
技术研发人员：李丛，周一鸣，
申请(专利权)人：北京新抗元生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11