一种检测血液BCR重链和轻链的引物及免疫组库方法、应用技术

本发明专利技术提供了一种检测血液BCR重链和轻链的免疫组库信息分析方法，具体包括参考序列构建、测序数据预处理、Paired Reads合并、Merge后的数据与参考序列进行比对、比对结果过滤及统计分析，同时，还提供了一种检测血液BCR的免疫组库方法，该方法中采用了上述信息分析方法，通过设计血液BCR重链和轻链的引物组合实现对CDR3区域序列的测序分析，是首次应用于兔子进行BCR的免疫组库重链和轻链的检测方法，通过对血液B细胞的免疫组库测序研究与抗体产生相关的CDR3序列信息，实现更深入的了解抗体产生的规律，同时结合基因克隆，细胞转染，蛋白测定与纯化等技术，探索出体外高效快速合成特异性抗体的新途径。

【技术实现步骤摘要】
一种检测血液BCR重链和轻链的引物及免疫组库方法、应用
本专利技术属于生物
的免疫组库测序技术方向，具体涉及一种基于多重PCR和高通量测序检测血液DNA的BCR重链和轻链专用引物组及免疫组库文库构建方法，进一步涉及一种检测血液BCR重链和轻链的引物及免疫组库方法、应用。
技术介绍
人体内的免疫细胞主要包括T细胞和B细胞。T细胞抗原受体是特异性识别和结合抗原肽-MHC分子的分子结构，大部分T细胞受体由α和β两种肽链组成，少数T细胞受体由γ和δ两种肽链组成，其中α和β两条肽链的可变区(V区)在免疫细胞成熟过程中发生基因重排，从而形成了多种重组序列片段，导致T细胞呈现出多样性。B细胞抗原受体是B细胞表面识别抗原的一种免疫球蛋白，具有抗原结合特异性，B细胞受体由两条重链和两条轻链组成，其中可变区(V区)由VH和VL两个结构域构成，它们排列顺序和氨基酸组成都呈现出高度多样性。在任何特定时间内，某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞或者T细胞的多态性总和，被称为免疫组库(immunerepertoire，IR)。它既是个体免疫状态的“快照”本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测血液BCR重链和轻链的免疫组库信息分析方法，其特征在于，包括步骤/n(1)参考序列构建/n从国际免疫遗传信息系统IMGT数据库中下载V、D、J基因的所有序列构成模板序列，再将特异性的引物与V、D、J所有序列进行比对，引物与模板序列小于等于3个错配的位置都保留下来，从引物的起始位置开始至能形成PCR产物的部分作为参考序列，若引物与模板序列存在错配，则生成2条参考序列；对于构建成的参考序列库，进行合并，去除重复的参考序列，保留一条；参考序列构建完成后，序列id上已经明确了CDR3起始、终止位置信息；/n(2)测序数据预处理/n获得测序数据后，对其进行预处理，数据预处理包括去除接头ada...

【技术特征摘要】
1.一种检测血液BCR重链和轻链的免疫组库信息分析方法，其特征在于，包括步骤
(1)参考序列构建
从国际免疫遗传信息系统IMGT数据库中下载V、D、J基因的所有序列构成模板序列，再将特异性的引物与V、D、J所有序列进行比对，引物与模板序列小于等于3个错配的位置都保留下来，从引物的起始位置开始至能形成PCR产物的部分作为参考序列，若引物与模板序列存在错配，则生成2条参考序列；对于构建成的参考序列库，进行合并，去除重复的参考序列，保留一条；参考序列构建完成后，序列id上已经明确了CDR3起始、终止位置信息；
(2)测序数据预处理
获得测序数据后，对其进行预处理，数据预处理包括去除接头adapter污染序列、低质量序列、N比率过高序列；
(3)双端序列PairedReads合并：
利用拼接原理，把测序得到的双端末尾序列Paired-endreads进行拼接合并，即重叠区Contigs；
(4)双端末尾序列Paired-endreads合并后的数据与参考序列进行比对：
拼接好的序列重叠区contigs与构建好的参考序列进行序列对位的比对，序列与V、D、J分开比对；重新比对，找出最佳比对及精确比对位置，方法为：根据序列对位blast的比对结果，V向3’端延伸，D向两端延伸，J向5’端延伸，进行重新比对、计算得分和identity；对V、D、J分别选出得分最高的比对结果作为最佳比对；为了精确V、D、J的比对位置，在特定区域设定有限的错配mismatch数目；对V、J，属于CDR3的部分设定一定的错配mismatch，对D，在整个比对区域设定一定的错配mismatch；具体设定的错配mismatch数目因不同的链而有区别；
(5)比对结果过滤：
过滤过程包括但不限于以下任意一种：低频率序列、缺少V基因或者J基因的序列、V基因与J基因比对正负链不一致的序列、比对到假基因上的序列、翻译成氨基酸序列，如果含有终止子、开发阅读框内的碱基长度不为3的倍数；
(6)统计分析：根据CDR3的位置，把DNA序列翻译成氨基酸序列，并统计多肽的频率信息；经过过滤，得到可靠的比对结果，统计V、D、J基因的使用频率、插入缺失、长度、碱基组成，免疫多样性情况信息，绘制V、J基因表达的2D、3D图，呈现免疫组库多样性。


2.一种血液BCR重链和轻链的免疫组库检测方法，其特征在于，包括BCR重链和轻链的多重PCR扩增、根据illumina测序仪适配接头序列进行的第二次PCR扩...

【专利技术属性】
技术研发人员：李捷，吴小雷，吴永鹏，
申请(专利权)人：谱天天津生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12