一种整合多组学数据提取微卫星不稳定免疫治疗新抗原的方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种整合多组学数据提取微卫星不稳定免疫治疗新抗原的方法和应用。该方法包括以下步骤：S1，通过整合患者DNA和RNA的测序数据，精确检测出患者的MSI；S2，对检测到的MSI所影响的开放阅读框进行翻译，得到MSI蛋白质组；S3，通过与人类正常蛋白组比较，获取样本特异蛋白质组；S4，获取样本新抗原。从MSI检测的准确度上讲，本发明专利技术整合了患者基因组和转录组的测序数据，通过对这两种来源的数据进行分析和整合，降低了MSI检测的假阳性率，进而提高了由MSI预测的新抗原疫苗的有效性，对临床免疫治疗效果的提升具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
一种整合多组学数据提取微卫星不稳定免疫治疗新抗原的方法和应用
本专利技术涉及肿瘤免疫治疗领域，具体涉及整合DNA的全外显子数据和RNA的转录组数据提取微卫星不稳定性(MSI)相关的免疫治疗新抗原的方法。
技术介绍
人体的免疫系统在肿瘤的疗愈过程中发挥着重要的作用。近年来围绕免疫系统所开发的肿瘤免疫治疗技术屡屡获得疗效上的突破。在机理方面，免疫治疗技术通过修饰T细胞以激活免疫系统或者抑制免疫系统的抑制通路，从而达到增强免疫系统识别和杀伤肿瘤细胞的效果。在众多类别的免疫治疗技术中，肿瘤治疗新抗原疫苗凭借其疗效显著，适用癌种丰富，开发周期短和副作用小等特点获得了广泛的探索和开发。新抗原疫苗的原理是将10到20条可能激起免疫原性反应的短肽回输人体，从而使得能识别该类短肽的T细胞增殖。由于该类短肽对应的是肿瘤细胞表面的新抗原，因此便可以增强T细胞杀伤肿瘤细胞的能力，从而达到治疗肿瘤的目。新抗原序列的预测需要借助针对组织DNA和RNA的高通量测序数据以及生物信息和人工智能技术。通用的流程是鉴定DNA的点突变和小插入缺失片段，并利用转录组数据确认突变本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种整合多组学数据提取微卫星不稳定免疫治疗新抗原的方法，包括以下步骤：/nS1，通过整合患者DNA和RNA的测序数据，检测出患者的MSI；/nS2，对检测到的MSI所影响的开放阅读框进行翻译，得到MSI蛋白质组；/nS3，通过与人类正常蛋白组比较，获取样本特异蛋白质组；/nS4，获取样本新抗原。/n

【技术特征摘要】
1.一种整合多组学数据提取微卫星不稳定免疫治疗新抗原的方法，包括以下步骤：
S1，通过整合患者DNA和RNA的测序数据，检测出患者的MSI；
S2，对检测到的MSI所影响的开放阅读框进行翻译，得到MSI蛋白质组；
S3，通过与人类正常蛋白组比较，获取样本特异蛋白质组；
S4，获取样本新抗原。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S1步骤，包括以下步骤：
S101，从tumor-normal配对的DNA测序数据中获取候选的MSI；
S102，利用该患者的RNA测序数据对S101得到的MSI进行验证，得到验证之后的MSI。


3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述S101包括以下步骤：
S1011，对Tumor和Normal的测序数据进行预处理，包括：滤除低质量低的reads，比对，去除PCR重复步骤；
S1012，利用Tumor和Normal的预处理之后的bam作为输入，使用MSI检测工具检测出患者的肿瘤MSI。


4.根据权利要求1-3任一所述的方法，其特征在于，所述S102包括以下步骤：
S1021，对RNA测序数据进行预处理，包括去除低质量的reads，去除adapter，比对步骤；
S1022，结合上一步的RNA比对结果，对S101中的检测结果进行一一验证，得到验证后的MSI突变。


5.根据权利要求1-4任一所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：万季，汪健，徐韵婉，潘有东，王弈，宋麒，
申请(专利权)人：深圳市新合生物医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44