一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记及其应用，涉及SNP标记技术领域。本发明专利技术公开了一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记、检测引物组、试剂盒以及应用，所述的SNP标记，包括第一SNP标记Gm16_33764982和第二SNP标记Gm16_33879496。本发明专利技术通过KASP SNP标记技术检测大豆基因型，根据基因型即可不受环境、生育时期和抗病接种相关复杂操作等限制，高效节本地鉴定出抗灰斑病7号生理小种的大豆品种，从而提高大豆抗病育种效率。

【技术实现步骤摘要】
一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记及其应用
本专利技术属于SNP标记
，具体涉及一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
大豆灰斑病是世界性病害，也是我国黑龙江、内蒙和吉林省大豆主产区的主要流行病害。一般病害发生年份，感病品种可减产12～15％，严重发生年份甚至可减产30～50％；而且种子的蛋白含量平均降低1.2％，脂肪含量平均降低2.9％，种子的出苗率也降低。针对该病害，我国一直采用的是人工接种鉴定抗性的传统抗灰斑病育种方法。但是人工接种的技术含量高，工作量大，周期长，病原菌发病受环境影响，导致传统的大豆抗灰斑病育种效率低。随着分子生物学技术的飞速发展，分子育种技术大大加快了抗病育种的进程，显著缩短了抗病新品种的选育周期。分子育种的前提是获得与目标性状密切相关的分子标记或功能基因。然而，目前还未找到与大豆灰斑病抗性直接相关的功能基因；即使遗传定位到几个大豆灰斑病抗性相关的分子标记，标记与目标基因距离较远，鉴定抗性不够准确，还难以实现分子水平上较为准确地鉴定大豆抗灰斑病性状。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记及其应用，对大豆性状鉴定不受环境条件和样本组织生育时期的影响，且检测周期短、灵敏度高。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：本专利技术提供了一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记，所述SNP标记包括第一SNP标记Gm16_33764982和第二SNP标记Gm16_33879496；所述的第一SNP标记Gm16_33764982在大豆基因组的第16号染色体33764982位置的碱基为A或T；所述第二SNP标记Gm16_33879496在大豆基因组的第16号染色体33879496位置的碱基为A或C。优选的，当所述第一SNP标记Gm16_33764982处碱基和第二SNP标记Gm16_33879496处碱基均为A时，大豆为抗灰斑病7号生理小种；当第一SNP标记Gm16_33764982处碱基为T，且第二SNP标记Gm16_33879496处碱基为C时，大豆为感灰斑病7号生理小种。优选的，所述大豆基因组的全基因组序列版本为大豆基因组v2.0。本专利技术还提供了一组用于检测所述SNP标记的KASP引物组，检测所述第一SNP标记Gm16_33764982的引物组包括：FAM1引物、VIC1引物和COM1引物，所述FAM1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，VIC1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，COM1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；检测所述第二SNP标记Gm16_33879496的引物组包括：FAM2引物、VIC2引物和COM2引物，所述FAM2引物的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，VIC2引物的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示，COM2引物的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。本专利技术还提供了一组用于检测大豆抗灰斑病7号生理小种性状的试剂盒，所述试剂盒中包括所述KASP引物组。本专利技术还提供了所述SNP标记或所述KASP引物组或所述试剂盒在大豆抗灰斑病性状分子标记辅助育种中的应用。本专利技术还提供了一种筛选具有抗灰斑病性状的大豆材料的方法，包括以下步骤：以待检测大豆基因组DNA为模板，利用所述KASP引物组进行PCR扩增反应，对PCR扩增产物进行所述SNP标记的基因分型；当所述第一SNP标记Gm16_33764982处碱基和第二SNP标记Gm16_33879496处碱基均为A时，大豆为抗灰斑病7号生理小种；当第一SNP标记Gm16_33764982处碱基为T，且第二SNP标记Gm16_33879496处碱基为C时，大豆为感灰斑病7号生理小种。优选的，所述PCR扩增的体系包括：模板DNA1.5μl，2×KASPMasterMIX缓冲液1.5μl，KASP引物组0.025μl，ddH2O2.0μl。优选的，所述PCR扩增的程序包括：94℃预变性15min；94℃变性20s，61℃退火延伸60s，每循环降0.6℃，10个循环；94℃变性20s，55℃退火延伸60s，36个循环；35℃2min。本专利技术提供了一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记、检测引物组、试剂盒以及应用，本专利技术2个SNP分子标记直接以DNA的形式表现，在大豆的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题。利用本专利技术所述的SNP标记进行大豆抗感病情况，可直接在实验室进行，鉴定快速简单高效，无需复杂的人工接种灰斑病，无需繁琐的病原菌培养，无需限制性的发病环境和较长周期的鉴定过程。本专利技术提供的2个SNP标记位于目标基因两侧，物理距离114.514kb，与抗性性状位置非常近，标记与抗性基因间重组几率小，鉴定准确性高。同时，在大豆育种过程中，SNP分子标记能够在种子期进行抗灰斑病的鉴定，在播种前就能淘汰感病材料，大大减少了田间育种面积，减少田间试验材料和劳务成本，显著降低育种费用。附图说明图1为全基因组关联分析的大豆20个染色体上个SNP的Δ(SNP-index)拟合曲线；图2为初步遗传定位连锁图谱；图3为精细定位的重组位置图；图4为与大豆抗灰斑病7号生理小种性状紧密连锁标记Gm16_33764982对抗原黒农55的育种组合后代品系的KASPSNPPCR产物的检测；图5为与大豆抗灰斑病7号生理小种性状紧密连锁标记Gm16_33879496对抗原黒农55的育种组合后代品系的KASPSNPPCR产物的检测。具体实施方式本专利技术提供了一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记，所述SNP标记包括第一SNP标记Gm16_33764982和第二SNP标记Gm16_33879496；所述的第一SNP标记Gm16_33764982在大豆基因组的第16号染色体33764982位置的碱基为A或T；所述第二SNP标记Gm16_33879496在大豆基因组的第16号染色体33879496位置的碱基为A或C。本专利技术在验证大豆抗灰斑病7号生理小种性状时，同时使用两个所述SNP标记，当所述第一SNP标记Gm16_33764982处碱基和第二SNP标记Gm16_33879496处碱基均为A时，大豆为抗灰斑病7号生理小种；当第一SNP标记Gm16_33764982处碱基为T，且第二SNP标记Gm16_33879496处碱基为C时，大豆为感灰斑病7号生理小种。本专利技术中，所述大豆基因组的全基因组序列版本优选为大豆基因组v2.0。本专利技术还提供了一组用于检测所述SNP标记的KASP引物组，检测所述第一SNP标记Gm16_33764982的引物组包括：FAM1引物、VIC1引物和COM1引物，所述FAM1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，VIC1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，COM1引物的核苷酸序列如本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记包括第一SNP标记Gm16_33764982和第二SNP标记Gm16_33879496；所述的第一SNP标记Gm16_33764982在大豆基因组的第16号染色体33764982位置的碱基为A或T；所述第二SNP标记Gm16_33879496在大豆基因组的第16号染色体33879496位置的碱基为A或C。/n

【技术特征摘要】
1.一组与大豆抗灰斑病7号生理小种性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记包括第一SNP标记Gm16_33764982和第二SNP标记Gm16_33879496；所述的第一SNP标记Gm16_33764982在大豆基因组的第16号染色体33764982位置的碱基为A或T；所述第二SNP标记Gm16_33879496在大豆基因组的第16号染色体33879496位置的碱基为A或C。


2.根据权利要求1所述SNP标记，其特征在于，当所述第一SNP标记Gm16_33764982处碱基和第二SNP标记Gm16_33879496处碱基均为A时，大豆为抗灰斑病7号生理小种；当第一SNP标记Gm16_33764982处碱基为T，且第二SNP标记Gm16_33879496处碱基为C时，大豆为感灰斑病7号生理小种。


3.根据权利要求1所述SNP标记，其特征在于，所述大豆基因组的全基因组序列版本为大豆基因组v2.0。


4.一组用于检测权利要求1～3任一项所述SNP标记的KASP引物组，其特征在于，检测所述第一SNP标记Gm16_33764982的引物组包括：FAM1引物、VIC1引物和COM1引物，所述FAM1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，VIC1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，COM1引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；
检测所述第二SNP标记Gm16_33879496的引物组包括：FAM2引物、VIC2引物和COM2引物，所述FAM2引物的核苷酸序列如SEQIDN...

【专利技术属性】
技术研发人员：董志敏，刘念析，厉志，刘佳，衣志刚，陈亮，刘浩，王博，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院，
类型：发明
国别省市：吉林;22