一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物及其应用制造技术

本发明专利技术提供一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物，所述SNP标志物为rs13015714，rs9271588和rs9277378位点。本发明专利技术检测者取材方便，只需要外周血而不需要其他组织样本，操作简单通过精简和特异的扩增引物检测SNP，再通过SNP分型评价个体发病风险。采用本发明专利技术的分子诊断方法可更加精准确立NK/T细胞淋巴瘤高危人群并指导其采取预防干预措施，在提高适用性的同时增加了灵敏度，从而进一步应用到科研和临床工作中去。

A group of SNP markers related to the risk of NK / T cell lymphoma and their application

【技术实现步骤摘要】
一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物及其应用
本专利技术属于生物检测
，具体涉及一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物及其应用。
技术介绍
NK/T细胞淋巴瘤(Extranodalnaturalkiller/Tcelllymphoma，NKTCL)是一种来源于NK细胞或T细胞的较为少见的非霍奇金淋巴瘤。该病在西方白种人群的发病率很低，在亚洲、南美地区相对高发，其中东亚地区的发病率为0.13-0.25/10万人，提示NK/T细胞淋巴瘤发病可能受易感基因影响。大多数NK/T细胞淋巴瘤发生于鼻腔和鼻旁窦，其临床表现为侵袭性强，对化疗不敏感，极易产生耐药，生存期短，预后差，晚期5年生存率不到50％。该肿瘤早期症状和体征不典型导致早期诊断较为困难，因此开发用于NK/T细胞淋巴瘤发病风险评估的分子标记物，有助于鉴定NK/T细胞淋巴瘤高危个体，为其早期预防干预提供遗传学参考依据，从而达到提高患者早诊率，降低死亡率的目标。遗传多态性是指同一生物群体中有两种或两种以上变异类型或基因型并存的现象，其中单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)是最主要的也是最常见的可遗传变异，广泛分布于人类基因组中。已有较多研究证实，存在特定SNP导致不同个体对疾病易感性不同。在病例-对照研究中，组间SNP最小等位基因频率分布差异显著性及优势比(oddsratio，OR)是评估SNP易感性的重要参数，OR越大提示发病风险越高。目前，NK/T细胞淋巴瘤的发病机制复杂受环境和遗传因素共同作用，单个SNP评估NK/T细胞淋巴瘤的发病风险较低(OR<2)。另外亚洲之外的NK/T细胞淋巴瘤高发地区人群易感性尚未在得到验证。综上，获得针对亚洲NK/T细胞淋巴瘤高发人群的检测SNP是本领域亟待解决的技术问题。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物，所述标志物专门针对亚洲NK/T细胞淋巴瘤高发人群。为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为：一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物为rs13015714，rs9271588，rs9277378。高通量SNP分型芯片(SNPArray)，一次可检出超过100万个标签SNP，基于该芯片分型结果，全基因组关联分析方法(Genome-WideAssociationStudy，GWAS)，可高效地筛选出疾病的易感SNP。专利技术人利用全基因组关联分析方法获得一个NK/T细胞淋巴瘤的风险位点：HLA-DPB1区间rs9277378(P＝4.21×10-19，OR＝1.84)。在此基础之上，通过700个NK/T细胞淋巴瘤患者和7752个对照的研究，发现位于染色体2q12.1的rs13015714位点和位于HLA-DRB1区间的rs9271588位点也是NK/T细胞淋巴瘤易感SNP位点。同时获得上述三个SNP位点的前后10bp序列信息，如下：rs13015714，CTTTTCCTTT[G/T]GTTAAATAACrs9271588，GTTATTAGAA[C/T]AGGGTTGTGGrs9277378，CCATGTAGCC[A/G]GATAAGTATT对上述三个易感位点的rs13015714，rs9271588，rs9277378分析发现，当个体的三个位点均携带至少一个风险型等位基因时(rs13015714-G，rs9271588-C，rs9277378-A)，其发病风险较三点均为保护型纯合个体(rs13015714-T，rs9271588-T，rs9277378-G)显著提高(OR>5.76)。因此，可根据rs13015714，rs9271588，rs9277378的不同基因类型判定是否NK/T细胞淋巴瘤发病风险。上述三个风险易感位点采用以下方法获得：1.样本收集：本专利技术采用病例-对照研究设计，收集NK/T细胞淋巴瘤(NKTCL)患者和无癌对照的外周血标本以及临床资料。2.基因组DNA准备和基因分型：使用QIAampDNABloodMidikitCatno.51185对提取基因组DNA。基因组SNP分型采用IlluminaOmniZhongHua-8BeadChips、IlluminaOmniExpress-24v1BeadChips芯片，芯片覆盖中国群体中的常见和稀有变异。3.样本基因分型质量控制：使用PLINK软件对原始基因分型数据分别在SNP层面和样本层面进行分型质量控制。4.统计分析：全基因组关联分析结果发现SNPrs13015714、rs9271588和rs9277378与NK/T细胞淋巴瘤的发病密切密切相关。同时携带rs13015714-G、rs9271588-C、rs9277378-A的个体，较rs13015714-T、rs9271588-T、rs9277378-A的纯合型个体具有更高的发病风险。本专利技术还提供了一组扩增上述三个SNP位点的引物，其引物序列如下：本专利技术还制备了评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险的试剂盒，其中包括检测上述三个SNP位点的引物。使用本专利技术的试剂盒通过PCR反应扩增，对获得的条带单一的PCR产物进行sanger测序，从而获得该片段的序列信息，根据序列信息比对得到待测者的相应的基因型，可分辨杂合子携带者，再根据上述三个位点基因型信息对个体的NK/T细胞淋巴瘤发病风险进行评估，划分风险等级。本专利技术还提供了一组与权利要求1所述的评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物强连锁的SNP位点，如本专利技术说明书表5所示，其中与所述rs13015714强连锁的SNP有192个；与所述rs9271588强连锁的SNP有13个；与所述rs9277378强连锁的SNP有209个。与rs13015714、rs9271588、rs9277378强连锁的位点，对NK/T细胞淋巴瘤发病风险具有相似的解释作用，可通过检出本专利技术所举三个位点即可涵盖这些位点的NK/T细胞淋巴瘤发病风险预测作用。本专利技术的有益效果：(1)本专利技术检测者取材方便，只需要外周血而不需要其他组织样本，操作简单通过精简和特异的扩增引物检测SNP，再通过SNP分型评价个体发病风险。(2)采用本专利技术的分子诊断方法可更加精准确立NK/T细胞淋巴瘤高危人群并指导其采取预防干预措施，在提高适用性的同时增加了灵敏度，从而进一步应用到科研和临床工作中去。附图说明图1为rs13015714-G/T杂合型(NKTCL风险型)位点sanger测序信号峰图，图中箭头所指出现双峰。图2为rs9271588-T/T纯合型(NKTCL保护型)位点sanger测序信号峰图。图3为rs9277378-A/A纯合型(NKTCL风险型)位点sanger测序信号峰图。图4为rs13015714引物本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物，其特征在于，所述SNP标志物为rs13015714，rs9271588和rs9277378位点。/n

【技术特征摘要】
1.一组评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险相关的SNP标志物，其特征在于，所述SNP标志物为rs13015714，rs9271588和rs9277378位点。


2.一种评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险的检测试剂盒，其特征在于，包括检测如权利要求1所述的SNP位点的扩增引物。


3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述引物的序列如SEQIDNO:1～6所示。


4.一种评估NK/T细胞淋巴瘤发病风险的方法，其特征在于，通过检测如权利要求1所述的SNP标志物，鉴定所述SNP标志物扩增产物的基因类型，当检测结果中包含以下任意一种基因类型则判定为中度风险人群；当包含以下任意两种或两种以上的基...

【专利技术属性】
技术研发人员：贝锦新，林国旺，彭柔君，陈杰荣，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心中山大学附属肿瘤医院，中山大学肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44