【技术实现步骤摘要】
一种基于ITS序列和机器学习的沉香属植物鉴定方法
本专利技术涉及一种沉香属物种的鉴定方法，更具体地，设计一种ITS序列和机器学习鉴定土沉香、云南沉香、毛沉香、卡明沉香、小果沉香、具喙沉香的方法。
技术介绍
瑞香科(Thymelaeaceae)沉香属(Aquilaria)植物是热带及亚热带常绿乔木，大多分布于印度尼西亚、马来西亚、越南等东南亚国家。沉香，即沉香属植物受伤后分泌的树脂与木质结合在一起形成的融合物。沉香是我国及其他东南亚国家沿用历史悠久的珍贵传统药材，其价值极高，被誉为“药中黄金”。沉香其味辛苦，性微温，具行气止痛、文中止呕、纳气平喘等功效，可用于胸腹胀闷疼痛、胃寒呕吐呃逆、肾虚气逆喘息。除了具有极高的药用价值，沉香也是制作高级香料的必备材料，同时，沉香还可以制作雕刻品、家具等产品，倍受国内外消费者的欢迎。但由于需索无度，长期无节制的毁灭性采香，使得野生沉香植物濒临灭绝。目前已发现有多种沉香属物种可形成沉香，而不同沉香物种、不同结香方法产生的沉香在沉香品质、化学成分含量、药用价值及市场价格方面具有较大差异，单靠形态...
【技术保护点】
1.一种基于ITS序列和机器学习的沉香属物种鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：/nS1.数据的获取和数据集的建立/n获取6个沉香属物种的ITS区序列，并进行比对，切除引物端后，去除存在高度缺失的序列，得到用于机器学习的数据集；/nS2.利用机器学习提取鉴定6个沉香属物种的核苷酸特征/n以Barcoding with logic作为机器学习方法，将S1得到的数据集进行100次-1000次迭代计算，得到鉴定6个沉香属物种的核苷酸特征；/nS3.6个沉香属物种的鉴定/n鉴定6个沉香属物种的特异核苷酸位点，具体标准是：/n若第619为碱基为G，则鉴定为土沉香Aquilaria s...
【技术特征摘要】
1.一种基于ITS序列和机器学习的沉香属物种鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1.数据的获取和数据集的建立
获取6个沉香属物种的ITS区序列，并进行比对，切除引物端后，去除存在高度缺失的序列，得到用于机器学习的数据集；
S2.利用机器学习提取鉴定6个沉香属物种的核苷酸特征
以Barcodingwithlogic作为机器学习方法，将S1得到的数据集进行100次-1000次迭代计算，得到鉴定6个沉香属物种的核苷酸特征；
S3.6个沉香属物种的鉴定
鉴定6个沉香属物种的特异核苷酸位点，具体标准是：
若第619为碱基为G，则鉴定为土沉香Aquilariasinensis；
若第105位碱基为T，则鉴定为云南沉香A.yunanensis；
若第570位碱基为C，则鉴定为毛沉香A.hirta；
若第569位碱基为A，则鉴定为卡明沉香A.cumingiana；
若第622位碱基为T，则鉴定为小果沉香A.microcarpa；
若第634位碱基为A，则鉴定为具喙沉香A.rostrata。
2.根据权利要求1所述的基于ITS序列和机器学习的6个沉香属物种鉴定方法，其特征在于，在步骤S1中，ITS区序列一部分来自于实验获取，物种是土沉香、云南沉香和毛沉香，通过分子生物学实验及测序获得该3个沉香属物种的ITS区序列，具体包括如下步骤：
S11.采用改良CTAB法，对3个待测物种样品的总DNA进行提取；
S12.以3个待测物种样品的总DNA为模板，利用引物ITS5和ITS4进行PCR扩增；
S13.扩增产物纯化后连接到载体PMD18-T，连接产物转化到E.coliJM109感受态细胞，进行氨苄青霉素选择，对阳性菌落进行测序，测序引物与PCR扩增引物一致，得到ITS区序列。
3.根据权利要求1所述的基于ITS序列和机器学习的沉香属物种鉴定方法，其特征在于，在步骤S1中，ITS区序列一部分来自于GenBank，物种是土沉香、云南沉香、毛沉香、卡明沉香、小果沉香、具喙沉香。
4.根据权利要求3所述的基于ITS序列和机器学习的沉香属物种鉴定方法，其特征在于，在步骤S1中，将实验获得的与从GenBank下载的ITS区序列合为一个文件并导入MEGA7...
【专利技术属性】
技术研发人员：朱爽，冯婷婷，梁文杰，邓锦思，林月霞，
申请(专利权)人：广东药科大学，
类型：发明
国别省市：广东;44
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。