一种鉴定小白菜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合技术

本发明专利技术属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定小白菜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合。鉴定小白菜品种真实性的SSR位点，根据白菜的参考基因组Brassica_rapa V1.5与甘蓝的参考基因组Brassica olerecea V2.1结合40份种质资源全基因组重测序数据进行数据挖掘所获得；上述SSR引物组合选自：第一SSR引物对至第二十三SSR引物对，分别用于PCR扩增上述第一SSR位点至第二十三SSR位点，分别优选为与序列表中的SEQ ID NO：1‑46的核苷酸序列的同源性为85％‑100％的核苷酸序列。本发明专利技术可用于对小白菜品种进行自种子开始的全生命周期的真实性鉴定，并为小白菜种质资源和新品种保护提供技术支持。

A method for identifying the authenticity of Pakchoi varieties and its special SSR primer combination

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定小白菜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合
本专利技术属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定小白菜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合。
技术介绍
小白菜是十字花科芸薹属植物，原产亚洲，中国南北各地均有栽培，其青菜的内页供蔬菜用，为中国最普遍的叶用蔬菜之一。小白菜的育种历史较为久远，但是其记录较少，尤其是因其外形与油菜等其他叶用蔬菜非常相似误称妄称很多，故而小白菜的育种历史很难考究。同时由于十字花科芸薹属育种中的U三角理论，造成中间杂交成为可能，故而小白菜的遗传背景在极大程度上从单个作物的水平被放大到了种间水平上。对于小白菜进行真实性鉴定非常困难。尤其是在现在种业市场爆发的时代，各种小白菜品种层出不穷，甚至无法判断是否为小白菜品种。单单依靠一般的DUS进行表型鉴定的方法来确定其真实性已经无法满足现阶段的鉴定需求了，不光是鉴定效率的不足，同时其准确性也值得商榷。基于分子鉴定的方法，由于现在没有可靠的小白菜参考基因组，尚未有较为理想的分子鉴定方法。
技术实现思路
本专利技术提供了一种鉴定小白菜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合，可以得出稳定、高效的鉴定结果：待测小白菜品种是否属于标准小白菜品种中的某一种，以及具体是哪一种。本专利技术是通过以下的技术方案实现的：鉴定小白菜品种真实性的SSR位点，所述SSR位点选自如下第一SSR位点到第二十三SSR位点中的任1到23种：第一SSR位点，位于白菜参考基因组第A01染色体第24887368-24887377位，或其种间同源基因组片段；第二SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第6297691-6297705位，或其种间同源基因组片段；第三SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第23245100-23245115位，或其种间同源基因组片段；第四SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第3713470-3713479位，或其种间同源基因组片段；第五SSR位点，位于白菜参考基因组第A06染色体第16508732-16508752位，或其种间同源基因组片段；第六SSR位点，位于白菜参考基因组第A07染色体第20048333-20048347位，或其种间同源基因组片段；第七SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第14318215-14318228位，或其种间同源基因组片段；第八SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第7545410-7545424位，或其种间同源基因组片段；第九SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第18113892-18113909位，或其种间同源基因组片段；第十SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第36548818-36548829位，或其种间同源基因组片段；第十一SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第2569743-2569762位，或其种间同源基因组片段；第十二SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第35398036-35398049位，或其种间同源基因组片段；第十三SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C04染色体第6798720-6798737位，或其种间同源基因组片段；第十四SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C05染色体第43747282-43747295位，或其种间同源基因组片段；第十五SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C07染色体第25787765-25787791位，或其种间同源基因组片段；第十六SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第635941-635958位，或其种间同源基因组片段；第十七SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第18082739-18082753位，或其种间同源基因组片段；第十八SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第19600720-19600729位，或其种间同源基因组片段；第十九SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第9033534-9033556位，或其种间同源基因组片段；第二十SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第1804454-1804475位，或其种间同源基因组片段；第二十一SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第872030-872053位，或其种间同源基因组片段；第二十二SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第3531906-3531913位，或其种间同源基因组片段；第二十三SSR位点，位于白菜参考基因组第A08染色体第15216554-15216601位，或其种间同源基因组片段；所述白菜参考基因组为Brassica_rapaV1.5，所述甘蓝参考基因组为BrassicaolereceaV2.1。鉴定小白菜品种真实性的SSR引物组，所述SSR引物组用于分别扩增所述的SSR位点，所述SSR引物组包括：第一SSR引物对，用于扩增所述第一SSR位点；第二SSR引物对，用于扩增所述第二SSR位点；第三SSR引物对，用于扩增所述第三SSR位点；第四SSR引物对，用于扩增所述第四SSR位点；第五SSR引物对，用于扩增所述第五SSR位点；第六SSR引物对，用于扩增所述第六SSR位点；第七SSR引物对，用于扩增所述第七SSR位点；第八SSR引物对，用于扩增所述第八SSR位点；第九SSR引物对，用于扩增所述第九SSR位点；第十SSR引物对，用于扩增所述第十SSR位点；第十一SSR引物对，用于扩增所述第十一SSR位点；第十二SSR引物对，用于扩增所述第十二SSR位点；第十三SSR引物对，用于扩增所述第十三SSR位点；第十四SSR引物对，用于扩增所述第十四SSR位点；第十五SSR引物对，用于扩增所述第十五SSR位点；第十六SSR引物对，用于扩增所述第十六SSR位点；第十七SSR引物对，用于扩增所述第十七SSR位点；第十八SSR引物对，用于扩增所述第十八SSR位点；第十九SSR引物对，用于扩增所述第十九SSR位点；第二十SSR引物对，用于扩增所述第二十SSR位点；第二十一SSR引物对，用于扩增所述第二十一SSR位点；第二十二SSR引物对，用于扩增所述第二十二SSR位点；第二十三SSR引物对，用于扩增所述第二十三SSR位点。在一些实施方式中，所述第一SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：1和SEQIDNO：2的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：3和SEQIDNO：4的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：5和SEQIDNO：6的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：7和SEQIDNO：8的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第五SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：9和SEQIDNO：10的核苷酸序列的同源性本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定小白菜品种真实性的SSR位点，所述SSR位点选自如下第一SSR位点到第二十三SSR位点中的任1到23种：/n第一SSR位点，位于白菜参考基因组第A01染色体第24887368-24887377位，或其种间同源基因组片段；/n第二SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第6297691-6297705位，或其种间同源基因组片段；/n第三SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第23245100-23245115位，或其种间同源基因组片段；/n第四SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第3713470-3713479位，或其种间同源基因组片段；/n第五SSR位点，位于白菜参考基因组第A06染色体第16508732-16508752位，或其种间同源基因组片段；/n第六SSR位点，位于白菜参考基因组第A07染色体第20048333-20048347位，或其种间同源基因组片段；/n第七SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第14318215-14318228位，或其种间同源基因组片段；/n第八SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第7545410-7545424位，或其种间同源基因组片段；/n第九SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第18113892-18113909位，或其种间同源基因组片段；/n第十SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第36548818-36548829位，或其种间同源基因组片段；/n第十一SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第2569743-2569762位，或其种间同源基因组片段；/n第十二SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第35398036-35398049位，或其种间同源基因组片段；/n第十三SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C04染色体第6798720-6798737位，或其种间同源基因组片段；/n第十四SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C05染色体第43747282-43747295位，或其种间同源基因组片段；/n第十五SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C07染色体第25787765-25787791位，或其种间同源基因组片段；/n第十六SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第635941-635958位，或其种间同源基因组片段；/n第十七SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第18082739-18082753位，或其种间同源基因组片段；/n第十八SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第19600720-19600729位，或其种间同源基因组片段；/n第十九SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第9033534-9033556位，或其种间同源基因组片段；/n第二十SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第1804454-1804475位，或其种间同源基因组片段；/n第二十一SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第872030-872053位，或其种间同源基因组片段；/n第二十二SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第3531906-3531913位，或其种间同源基因组片段；/n第二十三SSR位点，位于白菜参考基因组第A08染色体第15216554-15216601位，或其种间同源基因组片段；/n所述白菜参考基因组为Brassica_rapa V1.5，所述甘蓝参考基因组为Brassicaolerecea V2.1。/n...

【技术特征摘要】
1.鉴定小白菜品种真实性的SSR位点，所述SSR位点选自如下第一SSR位点到第二十三SSR位点中的任1到23种：
第一SSR位点，位于白菜参考基因组第A01染色体第24887368-24887377位，或其种间同源基因组片段；
第二SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第6297691-6297705位，或其种间同源基因组片段；
第三SSR位点，位于白菜参考基因组第A02染色体第23245100-23245115位，或其种间同源基因组片段；
第四SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第3713470-3713479位，或其种间同源基因组片段；
第五SSR位点，位于白菜参考基因组第A06染色体第16508732-16508752位，或其种间同源基因组片段；
第六SSR位点，位于白菜参考基因组第A07染色体第20048333-20048347位，或其种间同源基因组片段；
第七SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第14318215-14318228位，或其种间同源基因组片段；
第八SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第7545410-7545424位，或其种间同源基因组片段；
第九SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第18113892-18113909位，或其种间同源基因组片段；
第十SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C01染色体第36548818-36548829位，或其种间同源基因组片段；
第十一SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第2569743-2569762位，或其种间同源基因组片段；
第十二SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C03染色体第35398036-35398049位，或其种间同源基因组片段；
第十三SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C04染色体第6798720-6798737位，或其种间同源基因组片段；
第十四SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C05染色体第43747282-43747295位，或其种间同源基因组片段；
第十五SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C07染色体第25787765-25787791位，或其种间同源基因组片段；
第十六SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第635941-635958位，或其种间同源基因组片段；
第十七SSR位点，位于甘蓝参考基因组第C08染色体第18082739-18082753位，或其种间同源基因组片段；
第十八SSR位点，位于白菜参考基因组第A09染色体第19600720-19600729位，或其种间同源基因组片段；
第十九SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第9033534-9033556位，或其种间同源基因组片段；
第二十SSR位点，位于白菜参考基因组第A05染色体第1804454-1804475位，或其种间同源基因组片段；
第二十一SSR位点，位于白菜参考基因组第A10染色体第872030-872053位，或其种间同源基因组片段；
第二十二SSR位点，位于白菜参考基因组第A04染色体第3531906-3531913位，或其种间同源基因组片段；
第二十三SSR位点，位于白菜参考基因组第A08染色体第15216554-15216601位，或其种间同源基因组片段；
所述白菜参考基因组为Brassica_rapaV1.5，所述甘蓝参考基因组为BrassicaolereceaV2.1。


2.鉴定小白菜品种真实性的SSR引物组，所述SSR引物组用于分别扩增如权利要求1所述的SSR位点，所述SSR引物组包括：
第一SSR引物对，用于扩增所述第一SSR位点；
第二SSR引物对，用于扩增所述第二SSR位点；
第三SSR引物对，用于扩增所述第三SSR位点；
第四SSR引物对，用于扩增所述第四SSR位点；
第五SSR引物对，用于扩增所述第五SSR位点；
第六SSR引物对，用于扩增所述第六SSR位点；
第七SSR引物对，用于扩增所述第七SSR位点；
第八SSR引物对，用于扩增所述第八SSR位点；
第九SSR引物对，用于扩增所述第九SSR位点；
第十SSR引物对，用于扩增所述第十SSR位点；
第十一SSR引物对，用于扩增所述第十一SSR位点；
第十二SSR引物对，用于扩增所述第十二SSR位点；
第十三SSR引物对，用于扩增所述第十三SSR位点；
第十四SSR引物对，用于扩增所述第十四SSR位点；
第十五SSR引物对，用于扩增所述第十五SSR位点；
第十六SSR引物对，用于扩增所述第十六SSR位点；
第十七SSR引物对，用于扩增所述第十七SSR位点；
第十八SSR引物对，用于扩增所述第十八SSR位点；
第十九SSR引物对，用于扩增所述第十九SSR位点；
第二十SSR引物对，用于扩增所述第二十SSR位点；
第二十一SSR引物对，用于扩增所述第二十一SSR位点；
第二十二SSR引物对，用于扩增所述第二十二SSR位点；
第二十三SSR引物对，用于扩增所述第二十三SSR位点。


3.根据权利要求2所述SSR引物组，其特征在于：
所述第一SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：1和SEQIDNO：2的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：3和SEQIDNO：4的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：5和SEQIDNO：6的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：7和SEQIDNO：8的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第五SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：9和SEQIDNO：10的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第六SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：11和SEQIDNO：12的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第七SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：13和SEQIDNO：14的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第八SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：15和SEQIDNO：16的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第九SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：17和SEQIDNO：18的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：19和SEQIDNO：20的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十一SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：21和SEQIDNO：22的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十二SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：23和SEQIDNO：24的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十三SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：25和SEQIDNO：26的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十四SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：27和SEQIDNO：28的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十五SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：29和SEQIDNO：30的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％...

【专利技术属性】
技术研发人员：温常龙，张建，杨静静，罗江，张凤兰，赵岫云，于拴仓，李佩荣，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11