用于癌症的诊断和治疗方法技术

本发明专利技术提供用于癌症(例如膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌,肺癌,肝癌,卵巢癌,胰腺癌,结肠直肠癌,或乳腺癌)的治疗的诊断方法,治疗方法,和组合物。本发明专利技术至少部分基于如下发现,即可以在鉴定可能受益于包括免疫疗法(例如PD‑L1轴结合拮抗剂,诸如抗PD‑L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF‑β拮抗剂)的抗癌症疗法的具有癌症的个体的方法,用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,治疗具有癌症的个体的方法,用于评估个体对用包括免疫疗法(例如PD‑L1轴结合拮抗剂诸如抗PD‑L1抗体(例如阿特珠单抗))和遏制性基质拮抗剂(例如TGF‑β拮抗剂)的抗癌症疗法的治疗的响应或监测该响应的方法,和相关试剂盒,抗癌症疗法,和用途中使用来自具有癌症的个体的样品中一种或多种本文中描述的生物标志物的表达水平。

Diagnosis and treatment of cancer

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症的诊断和治疗方法序列表本申请含有序列表,已经以ASCII格式电子提交且据此通过援引以其全部收录。于2018年11月5日创建的所述ASCII拷贝,名称为50474-172WO4_Sequence_Listing_11.5.18_ST25且大小为309,531个字节。专利
本专利技术致力于用于癌症的治疗的诊断和治疗方法。还提供的是相关试剂盒和测定法。专利技术背景癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一。在美国,癌症每年侵袭几乎130万新患者,而且是位居心脏病之后的第二位死亡原因,大约占4例死亡中的1例。还预测癌症可能在五年内超越心血管疾病成为第一名死亡原因。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗有显著进步,但是所有癌症的总体5年存活率在过去20年中仅仅改善了约10％。特别是,恶性实体瘤以不受控制的方式快速转移和生长,使得它们的及时检测和治疗极其困难。在人中用免疫检查点抑制剂进行的研究已经展现驾驭免疫系统控制和根除肿瘤生长的希望。程序性死亡1(PD-1)受体和它的配体程序性死亡配体1(PD-L1)是一种已经与慢性感染,妊娠,组织同种异体移植物,自身免疫病,和癌症期间免疫系统应答的遏制联系起来的免疫检查点蛋白质。PD-L1通过结合在T细胞,B细胞,和单核细胞的表面上表达的抑制性受体PD-1来调节免疫应答。PD-L1还经由与另一种受体,B7-1的相互作用负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导,导致随后T细胞活化下调和抗肿瘤免疫活性遏制。尽管癌症的治疗取得显著的进步,仍然在寻求改良的诊断方法和癌症疗法。专利技术概述本专利技术提供用于治疗具有癌症,包括但不限于膀胱癌(例如UC,例如mUC),肾癌(例如RCC),肺癌(例如NSCLC),肝癌,卵巢癌,胰腺癌(例如PDAC),结肠直肠癌,或乳腺癌的个体的诊断和治疗方法和组合物。在一个方面,本专利技术特征在于一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。在另一个方面,本专利技术特征在于一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2；其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。在任何前述方面的一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。在另一个方面,本专利技术特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含:(a)测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平；并(b)基于步骤(a)中测定的三种或更多种基因的表达水平将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。在另一个方面,本专利技术特征在于一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。在另一个方面,本专利技术提供一种在已经鉴定为具有来自个体的样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平的个体中治疗癌症的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。在一些实施方案中,ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经鉴定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。在一些实施方案中,TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经鉴定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。在一些实施方案中,样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经鉴定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。在另一个方面,本专利技术特征在于一种鉴定可能受益于用包本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:/nACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,/n其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171106 US 62/582,207;20171207 US 62/595,957;20181.一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。


2.一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。


3.权利要求1或2的方法,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。


4.权利要求1-3任一项的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。


5.权利要求1-4任一项的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


6.权利要求4或5的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。


7.一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含:
(a)测定来自个体的样品中三种或更多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平；并
(b)基于步骤(a)中测定的三种或更多种基因的表达水平将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体。


8.权利要求7的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。


9.权利要求7或8的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


10.权利要求7-9任一项的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。


11.一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中三种或更多种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。


12.权利要求11的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于三种或更多种基因的参照表达水平。


13.权利要求11或12的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平已经测定为处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


14.权利要求11-13任一项的方法,其中样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的表达水平已经测定为处于或高于ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,和TGFBR2的参照表达水平。


15.一种鉴定可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的具有癌症的个体的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。


16.一种用于为具有癌症的个体选择疗法的方法,该方法包含测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平将个体鉴定为可能受益于用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的个体。


17.权利要求15或16的方法,其中样品中一种或多种基因的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,且该方法进一步包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法。


18.权利要求15-17任一项的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。


19.权利要求15-18任一项的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


20.一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含:
(a)测定来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2,
其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP,且其中样品中一种或多种基因的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平；并
(b)基于步骤(a)中测定的一种或多种基因的表达水平将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体。


21.权利要求20的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。


22.权利要求20或21的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


23.一种治疗具有癌症的个体的方法,该方法包含对个体施用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法,其中在治疗前样品中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中一种或多种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平,其中一种或多种基因至少包括ADAM19或COMP。


24.权利要求23的方法,其中ACTA2,ADAM19,COMP,CTGF,TGFB1,或TGFBR2中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,或所有六种的表达水平已经测定为处于或高于一种或多种基因的参照表达水平。


25.权利要求24的方法,其中TGFB1和/或TGFBR1的表达水平处于或高于TGFB1和/或TGFBR1的参照水平。


26.一种用于评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:
(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中五种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并
(b)基于样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,
其中来自个体的样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。


27.权利要求26的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。


28.权利要求27的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。


29.权利要求26-28任一项的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。


30.权利要求29的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平相对于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的参照表达水平有变化。


31.权利要求26-30任一项的方法,其中变化是五种或更多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。


32.权利要求26-30任一项的方法,其中变化是五种或更多种基因的表达水平的降低且维持治疗。


33.一种用于监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:
(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中五种或更多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并
(b)比较来自个体的样品中五种或更多种基因的表达水平与五种或更多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。


34.权利要求33的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。


35.权利要求34的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平。


36.权利要求33-35任一项的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。


37.权利要求36的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的表达水平相对于ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,和TPM1的参照表达水平有变化。


38.权利要求33-37任一项的方法,其中五种或更多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。


39.权利要求33-37任一项的方法,其中五种或更多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。


40.一种用于评估具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:
(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,
其中一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并
(b)基于样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平的比较维持,调整,或停止治疗,
其中来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平相比的变化指示对用抗癌症疗法的治疗的响应。


41.权利要求40的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。


42.权利要求40或41的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于一种或多种基因的参照表达水平有变化。


43.权利要求40-42任一项的方法,其中变化是一种或多种基因的表达水平的升高且调整或停止治疗。


44.权利要求40-43任一项的方法,其中变化是一种或多种基因的表达水平的降低且维持治疗。


45.一种用于监测具有癌症的个体对用包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法的治疗的响应的方法,该方法包含:
(a)测定在将包含免疫疗法和遏制性基质拮抗剂的抗癌症疗法施用于个体期间或之后的时间点来自个体的样品中一种或多种下述基因的表达水平:
ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1,
其中一种或多种基因至少包括ADAM19,ACTG2,CNN1,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1；并
(b)比较来自个体的样品中一种或多种基因的表达水平与一种或多种基因的参照表达水平,由此监测经历用抗癌症疗法的治疗的个体的响应。


46.权利要求45的方法,其中该方法包含测定ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平。


47.权利要求45或46的方法,其中ACTA2,ACTG2,ADAM12,ADAM19,CNN1,COL4A1,CTGF,CTPS1,FAM101B,FSTL3,HSPB1,IGFBP3,PXDC1,SEMA7A,SH3PXD2A,TAGLN,TGFBI,TNS1,或TPM1中至少两种,至少三种,至少四种,至少五种,至少六种,至少七种,至少八种,至少九种,至少十种,至少十一种,至少十二种,至少十三种,至少十四种,至少十五种,至少十六种,至少十七种,至少十八种,或所有十九种的表达水平相对于五种或更多种基因的参照表达水平有变化。


48.权利要求45-47任一项的方法,其中一种或多种基因的表达水平的升高指示个体缺乏对治疗的响应。


49.权利要求45-47任一项的方法,其中一种或多种基因的表达水平的降低指示个体对治疗的响应。


50.权利要求1-49任一项的方法,其进一步包含测定样品中选自由PD-L1,CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IFNG,PRF1,和TBX21组成的组的一种或多种另外的基因的表达水平。


51.权利要求50的方法,其中一种或多种另外的基因是PD-L1。


52.权利要求50的方法,其中一种或多种另外的基因选自由CD8A,CXCL10,CXCL9,GZMA,GZMB,IF...

【专利技术属性】
技术研发人员：Y·关，Y·森巴宝格鲁，S·特里，Y·王，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH