一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法技术

本发明专利技术公开一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法，将待分析的WSI输入，经过数据处理将其切分为一系列1024*1024大小的RGB图像。这一系列RGB图像里面的HP分布区域需要标注出来；采用半自动标注方法，首先构建了一个用于分割HP分布区域的语义分割网络，训练完成后生成模型，通过模型预测输入RGB图像中的HP分布区域，输出图像的mask将HP区域标注出来后需要人工修正标注；HP分布区域标注完成后，进行灰度处理，得到HP和背景有明显梯度的图像，对得到的灰度图进行canny边缘检测，提取出HP形态。本发明专利技术网络规模小，速度快，用于分割HP分布区域的性能优，保持了语义分割网络端到端的优点，可直接标注出模型预测的HP分布区域，准确度好。

A method to extract the morphology of Helicobacter pylori from digital slice images

【技术实现步骤摘要】
一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法
本专利技术涉及图片信息提取
，尤其涉及一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法。
技术介绍
幽门螺杆菌感染在胃癌的病理生物学中起着中心作用，它可引起萎缩性胃炎和胃癌。国际癌症研究机构将幽门螺旋杆菌归类为明确的致癌物。近几年已经有深度学习应用在胃镜图像上诊断HP(携带幽门螺杆菌)，HP感染为阳性的患者与健康人群的胃镜图像做对比，利用深度学习做出HP感染是否阳性的诊断，但是胃镜图像不能显示HP的形态、位置和数量，不能定量的分析HP感染的情况。携带幽门螺杆菌的胃黏膜组织经过银染法染色制成一种病理玻片，这种玻片的数字扫描图像WSI经过40X的放大，尺寸非常大，从中可以观察到染色后的HP的具体形态。目前医生或者专家可以通过WSI观察到HP的形态、位置和数量的密集程度等等，但是人眼从巨大的WSI寻找很小的HP很困难。HP是一种寄生在人体胃黏膜并且非常微小的细菌，即使在放大后的WSI中也是非常小，单个HP只有几个或几十个像素长度，而WSI的宽和高可达几万到几十万的像素长度。<本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法，其特征在于包括以下步骤：/nS100、输入待分析的WSI图像；/nS200、将WSI图像切分为多个相同大小的RGB图像；/nS300、在RGB图像中标注HP分布区域，包括以下步骤，/nS310、建立语义分割网络模型，/nS320、使用语义分割网络模型对RGB图像进行自动标注，/nS330、对自动标注的结果进行修正；/nS400、在标注了HP的分布区域中提取HP形态，包括以下步骤，/nS410、对分布区域进行灰度处理得到灰度图像，/nS420、对灰度图像进行Canny边缘检测；/nS500、输出HP形态结果图。/n

【技术特征摘要】
1.一种在全数字切片图像中提取幽门螺杆菌形态的方法，其特征在于包括以下步骤：
S100、输入待分析的WSI图像；
S200、将WSI图像切分为多个相同大小的RGB图像；
S300、在RGB图像中标注HP分布区域，包括以下步骤，
S310、建立语义分割网络模型，
S320、使用语义分割网络模型对RGB图像进行自动标注，
S330、对自动标注的结果进行修正；
S400、在标注了HP的分布区域中提取HP形态，包括以下步骤，
S410、对分布区域进行灰度处理得到灰度图像，
S420、对灰度图像进行Canny边缘检测；
S500、输出HP形态结果图。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S200中，RGB图像尺寸为1024px*1024px。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S310中，语义分割网络模型包括解码部分、编码部分；
解码部分包括8...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨一明，郑众喜，袁勇，雷雪梅，陈杰，杨永全，
申请(专利权)人：苏州优纳医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32