评估目标区域文库的建库污染程度的方法和优化文库构建的方法技术

一种评估目标区域文库的建库污染程度的方法和优化文库构建的方法，其中评估目标区域文库的建库污染程度的方法包括：提供多个合成模板、真实样本和阴性样本作为建库起始材料，合成模板是指根据所述目标区域的已知序列合成的模板序列，真实样本是指包含目标区域序列的样本，阴性样本是指不含任何核酸材料的样本；在建库用多孔板上分别使用合成模板、真实样本和阴性样本进行文库构建，获得测序文库；对测序文库进行上机测序获得测序数据，然后将测序数据比对到目标区域的参考序列，获得比对正确的有效数据；根据合成模板、真实样本和阴性样本各自的有效数据，评估各文库的污染来源及其比例。该方法能够有效评估和控制建库中的污染。

The method of evaluating the pollution degree of Library Construction in target area and the method of optimizing library construction

【技术实现步骤摘要】
评估目标区域文库的建库污染程度的方法和优化文库构建的方法
本专利技术涉及文库构建
，具体涉及一种评估目标区域文库的建库污染程度的方法和优化文库构建的方法。
技术介绍
免疫组库是以T淋巴细胞或B淋巴细胞为研究目标，多重PCR或5’RACE结合高通量测序为技术手段，扩增重排后的V(D)J基因或V(D)JC基因(图1)，全面评估免疫系统的多样性，识别并量化体内免疫应答增殖克隆，从而对免疫学基础、疾病机理和药物开发等进行研究。如今在高通量测序的时代，文库构建已进入自动化。在文库构建时经常用多孔板(如96孔板)进行自动化建库，提高建库通量，降低人工成本。但是在进行免疫组库96孔板建库时，需要有效评估和控制污染，该技术对污染序列极其敏感，数据分析需要精确到克隆。所以在免疫组库技术中涉及到克隆分析的精确性，污染的克隆及频率会影响分析结果，在建库过程中，应尽量降低和避免污染，所以需要一个量化的指标来衡量污染的程度，并且使污染达到一个可接受的范围。目前，在免疫组库技术应用中，还没有相关报道提出如何评估污染的程度，但是关于如何降低污染本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种评估目标区域文库的建库污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括：/n提供多个合成模板、真实样本和阴性样本作为建库起始材料，其中，所述合成模板是指根据所述目标区域的已知序列合成的模板序列，所述真实样本是指包含目标区域序列的样本，所述阴性样本是指不含任何核酸材料的样本；/n在建库用多孔板上分别使用所述多个合成模板、真实样本和阴性样本进行文库构建，获得合成模板、真实样本和阴性样本的测序文库；/n对所述测序文库进行上机测序获得所述合成模板、真实样本和阴性样本的测序数据，然后将所述测序数据比对到所述目标区域的参考序列，获得比对正确的有效数据；/n根据所述合成模板、真实样本和阴性样本各自的所述有效...

【技术特征摘要】
1.一种评估目标区域文库的建库污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括：
提供多个合成模板、真实样本和阴性样本作为建库起始材料，其中，所述合成模板是指根据所述目标区域的已知序列合成的模板序列，所述真实样本是指包含目标区域序列的样本，所述阴性样本是指不含任何核酸材料的样本；
在建库用多孔板上分别使用所述多个合成模板、真实样本和阴性样本进行文库构建，获得合成模板、真实样本和阴性样本的测序文库；
对所述测序文库进行上机测序获得所述合成模板、真实样本和阴性样本的测序数据，然后将所述测序数据比对到所述目标区域的参考序列，获得比对正确的有效数据；
根据所述合成模板、真实样本和阴性样本各自的所述有效数据，评估各文库的污染来源及其比例。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述评估各文库的污染来源及其比例包括如下至少一项：
（a）所述阴性样本的来源于所述合成模板、真实样本和其它来源的污染情况以及各自的比例；
（b）所述合成模板的来源于所述合成模板、真实样本和其它来源的污染情况以及各自的比例；和
（c）所述真实样本的来源于所述合成模板的污染情况以及各自的比例。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：将所述各文库的污染来源及其比例形成可视化的热图，以直观形象地表征所述污染来源及其比例。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阴性样本是指纯水或不含任何核酸材料的缓冲液，优选纯水。


5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标区域文库是免疫组库，优选T淋巴细胞受体β链免疫组库。


6.根据权利要求5所述的方法...

【专利技术属性】
技术研发人员：林莉娅，罗礼华，武靖华，张伟，刘晓，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44