肺癌特异性TCR及其分析技术和应用制造技术

本发明专利技术利用单细胞转录组分析技术，通过分析肺癌患者的癌症组织中浸润的T细胞的TCR基因，发现和分离并表征了一系列新的克隆性的TCR基因及其序列，这些TCR可能是由肿瘤细胞抗原刺激T细胞产生的，表达这些TCR的T细胞可能具有特异性识别肿瘤细胞抗原，并杀死肿瘤细胞的活性，存在用于过继细胞疗法的前景。

Lung cancer specific TCR and its analytical technique and Application

【技术实现步骤摘要】
肺癌特异性TCR及其分析技术和应用
本专利技术涉及生物
，尤其是涉及肺癌特异性TCR及其分析技术，以及所述肺癌特异性TCR在肺癌治疗中的应用。
技术介绍
高等生物防御机制高度依赖于包含T细胞和B细胞在内的过继免疫系统。T细胞具有在细胞表面上表达的特异性的受体分子TCR(Tcellreceptor)，其能识别并且区分自身或外源抗原。通过由抗原受体反应来传递细胞内信号，促进细胞增殖，进而启动各种免疫应答，如增强炎性细胞因子、趋化因子等的产生。TCR识别与抗原呈递细胞表达的主要组织相容性复合体(MHC)以及抗原肽结合，形成肽-MHC(pMHC)-TCR复合体，将自身和非自身的抗原区分开并且识别抗原肽。TCR是由两个TCR多肽链组成的异源二聚体受体分子，大多数T细胞表达αβTCR，以及少数T细胞表达具有特殊功能的γδTCR。α链和β链TCR分子与多个CD3分子(CD3ζ链、CD3ε链、CD3γ链和CD3δ链)形成复合体，在抗原识别之后传递细胞内信号，并且启动多种免疫应答。内源性抗原，诸如来自癌细胞的癌抗原或在细胞内增殖的病毒抗原，被MHC本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种TCR，其α链的CDR3的氨基酸序列和β链的CDR3的氨基酸序列分别为：表1中的SEQID No.1和SEQ ID No.3，或实质与之相似的序列；或，/n分别为表2中的SEQ ID No.5和SEQ ID No.7，或实质与之相似的序列；或，/n分别为表3中的SEQ ID No.9和SEQ ID No.11，或实质与之相似的序列；或，/n分别为表4中的SEQ ID No.13和SEQ ID No.15，或实质与之相似的序列；或，/n分别为表5中的SEQ ID No.17和SEQ ID No.19，或实质与之相似的序列；或，/n分别为表6中的SEQ ID No.21和SEQ ID No...

【技术特征摘要】
1.一种TCR，其α链的CDR3的氨基酸序列和β链的CDR3的氨基酸序列分别为：表1中的SEQIDNo.1和SEQIDNo.3，或实质与之相似的序列；或，
分别为表2中的SEQIDNo.5和SEQIDNo.7，或实质与之相似的序列；或，
分别为表3中的SEQIDNo.9和SEQIDNo.11，或实质与之相似的序列；或，
分别为表4中的SEQIDNo.13和SEQIDNo.15，或实质与之相似的序列；或，
分别为表5中的SEQIDNo.17和SEQIDNo.19，或实质与之相似的序列；或，
分别为表6中的SEQIDNo.21和SEQIDNo.23，或实质与之相似的序列；或，
分别为表7中的SEQIDNo.25和SEQIDNo.27，或实质与之相似的序列；或，
分别为表8中的SEQIDNo.29和SEQIDNo.31，或实质与之相似的序列；或，
分别为表9中的SEQIDNo.33和SEQIDNo.35，或实质与之相似的序列；或，
分别为表10中的SEQIDNo.37和SEQIDNo.39，或实质与之相似的序列；或，
分别为表11中的SEQIDNo.41和SEQIDNo.43，或实质与之相似的序列；或，
分别为表12中的SEQIDNo.45和SEQIDNo.47，或实质与之相似的序列；或，
分别为表13中的SEQIDNo.49和SEQIDNo.51，或实质与之相似的序列；或，
分别为表14中的SEQIDNo.53和SEQIDNo.55，或实质与之相似的序列。


2.分离的核酸，其编码如权利要求1所述的TCR的α链的CDR3的氨基酸序列，或者β链的CDR3的氨基酸序列，或者与所述氨基酸序列实质上相似的氨基酸序列。


3.表达载体，包含如权利要求2所述的核酸。


4.宿主细胞，包含如权利要求2所述的核酸。


5.一种具有如权利要求1所述的TCR或编码如权利要求2所述核酸序列的T细胞群、T细胞株或重组表达的T细胞。


6.一种制备含有如权利要求1所述TCR的T细胞的方法，包括如下步骤：(1)基于权利要求1所述的TCR，确定候选HLA和测试肽的氨基酸序列；(2)合成所确定的HLA和测试肽，并体外形成复合体；(3)用该HLA-肽刺激淋巴细胞；
优选使用HLA结合肽预测算法计算的得分，进行该候选HLA-肽的氨基酸序列的确定；优选使用BIMAS、SYFPEITHI、RANKPEP或NetMHC，确定所述候选HLA-肽。


7.一种制备含有如权利要求1所述TCR的T细胞的方法，包括如下步骤：(1)将权利要求1所述的TCRα或TCRβ基因引入到用于基因表达的逆转录病毒载体中；(2)从表达TCRα和TCRβ基因的逆转录病毒载体，创建引入基因的病毒；(3)使用所述带有TCRα和TCRβ基因的病毒独立且依次地感染从患者收集的淋巴细胞，以进行转染，或者创建包括TCRα和TCRβ基因的基因表达逆转录病毒载体，以一次转化这两种基因；(4)证明TCRα/TCRβ异源二聚体在细胞表面上表达。


8.权利要求1所述的TCR、权利要求2所述的分离核酸、权利要求3所述的表达载体、权利要求4所述的宿主细胞、或权利要求5所述的T细胞群、T细胞株或重组表达的T细胞在制备肺癌治疗药物中的应用。


9.一种预测肺癌患者肿瘤组织中T细胞的TCR，MHC和小肽段结合能力的计算方法，其特征在于包括如下步骤：
1)获得肺癌患者肿瘤免疫细胞的TCR的RNA序列，患者的MHC类型，以及小肽段的序列，输入RosettaDock软件；
2)根据已知序列和蛋白质结构数据库，对TCR序列进行蛋白质结构的同源建模；
3)确认TCR中CDR的6个loop区，并进行分步模拟，计算出所述6个loop区的结合自由能；所述6个loop区的确认方法是，根据小肽段的氨基酸残基计算出小肽段三维结构中心，依据RosettaDock软件识别出TCR的CDR的loop区，计算各loop区与小肽段三维结构中心的距离，选择距离最近的6个loop区；
4)将M...

【专利技术属性】
技术研发人员：张泽民，董明晖，郑良涛，张园园，郭心怡，胡学达，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：北京;11