与分离并纯化的微生物有关的方法和组合物技术

本公开内容提供了配制分离并纯化的微生物的组合物的方法。本公开内容提供了配制用于向有需要的受试者施用的组合物的方法。该方法可包括获得基本上干燥且包含约10％或更少的残余水分的混合物。该混合物可包含分离并纯化的微生物的群体和药学上可接受的载体。该群体可包含一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物。该方法可以进一步包括将所述混合物包封在肠溶衣胶囊中以供递送至所述受试者。

METHODS AND COMPOSITIONS RELATED TO SEPARATION AND PURIFICATION OF MICROORGANISM

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与分离并纯化的微生物有关的方法和组合物交叉引用本申请要求2016年12月6日提交的第62/430,891号美国临时申请和2017年5月5日提交的第62/502,483号美国临时申请的优先权，这些临时申请各自通过引用整体并入本文。
技术介绍
数万亿微生物可寄居在个体身体的不同位置。这些不同位置处的群体通常被称为微生物组。微生物组可在许多健康状况和疾病中发挥作用。尽管微生物组与健康之间存在相互联系，但各种微生物组的复杂性以及在微生物组组成的表征、分类和分析方面的困难可使了解微生物组具有挑战性。这些挑战可对微生物组相关健康状况和疾病的诊断和治疗应用的开发构成障碍。生物保藏本申请包含对生物材料保藏的提及。以下生物材料已经保藏在Manassas,VA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并具有以下名称、保藏号和保藏日期：拜氏梭菌(Clostridiumbeijerinckii)；(PTA-123634，2016年12月14日保藏)；丁酸梭菌(Clostridiumbutyricum)；(PTA-123635，2016年12月14日保藏)。
技术实现思路
本文公开了一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含：一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其包含一种或多种专性厌氧微生物，其中如通过在第一时间使用流式细胞术测量活微生物或活性(active)细胞的第一细胞计数并在第二时间使用流式细胞术测量活微生物或活性细胞的第二细胞计数所确定的，所述组合物在4摄氏度的温度或室温下储存2周或更长时间时保持稳定，其中所述第一时间和所述第二时间间隔2周或更长时间，并且进一步其中所述第二细胞计数是所述第一细胞计数的至少0.1％。在另一个方面是一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含：一种或多种分离并纯化的微生物的群体，所述群体包含一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物，使得当在4摄氏度或室温下储存14天的时间时，所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少0.1％是活微生物或活性细胞，其中所述群体是基本上干燥的并且包含约5％或更少的残余水分。在一个实施方案中，所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少1％是活细胞或活性细胞。在一个实施方案中，所述组合物被包封并且所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少20％是活细胞或活性细胞。在一个实施方案中，所述一种或多种专性厌氧微生物中的5％至75％是活微生物或活细胞。在一个实施方案中，所述一种或多种专性厌氧微生物中的10％至50％是活微生物或活性细胞。在一个实施方案中，所述组合物在所述群体中包含至少108个活性细胞/g的一种或多种微生物。室温为20至25摄氏度。室温可以是20摄氏度。在又一个方面，提供了一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其中所述组合物包含以下性质：a)至少1.0x108个活性细胞/g，以及b)所述组合物包含不超过5.0mcg/g的砷、不超过3.3mcg/g的铅、不超过5.0mcg/g的汞和不超过1.6mcg/g的镉。在又一个方面，提供了一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其中所述组合物包含以下性质：a)约8.2x109个活性细胞/g，以及b)所述组合物包含不超过约0.02mcg/g的砷、不超过约0.2mcg/g的铅、不超过约0.01mcg/g的汞和不超过约0.12mcg/g的镉。在一个实施方案中，所述组合物的颜色为米色至深棕褐色。在一个实施方案中，所述组合物的颜色为棕褐色。在一个实施方案中，所述组合物是粉末。在一个实施方案中，一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物在高于5μM的氧气下存活。在一个实施方案中，一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物在包含20体积％或更多氧气的条件下存活。在一个实施方案中，所述一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物中的至少一种能够在具有5μM或更少溶解氧的条件下生长。在一个实施方案中，所述组合物包含90％或更多的未形成孢子的专性厌氧微生物。在一个实施方案中，所述群体可包含一种或多种分离并纯化的微生物，该微生物选自：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipescaccae、青春双歧杆菌(Bifidobacteriumadolescentis)、双歧双歧杆菌(Bifidobacteriumbifidum)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacteriuminfantis)、长双歧杆菌(Bifidobacteriumlongum)、溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibriofibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(Clostridiumacetobutylicum)、嗜胺梭菌(Clostridiumaminophilum)、拜氏梭菌(Clostridiumbeijerinckii)、丁酸梭菌(Clostridiumbutyricum)、鹌鹑梭菌(Clostridiumcolinum)、球形梭菌(Clostridiumcoccoides)、吲哚梭菌(Clostridiumindolis)、系结梭菌(Clostridiumnexile)、园环梭菌(Clostridiumorbiscindens)、丙酸梭菌(Clostridiumpropionicum)、解木素梭菌(Clostridiumxylanolyticum)、屎肠球菌(Enterococcusfaecium)、霍氏真杆菌(Eubacteriumhallii)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)、普氏粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobactersuccinogenes)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillusacidophilus)、短乳杆菌(Lactobacillusbrevis)、保加利亚乳杆菌(Lactobacillusbulgaricus)、干酪乳杆菌(Lactobacilluscasei)、高加索乳杆菌(Lactobacilluscaucasicus)、发酵乳杆菌(Lactobacillusfermentum)、瑞士乳杆菌(Lactobacillushelveticus)、乳乳杆菌(Lactobacilluslactis)、植物乳杆菌(Lactobacillusplantarum)、路氏乳杆菌(Lactobacillusreuteri)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillusrhamnosus)、吉氏颤螺菌(Oscillospiraguilliermondii)、Roseburiacecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌(Ruminococcusflavefaciens)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcusgnavus)、卵瘤胃球菌(Ruminococcusobeum)、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌(Streptococcuscremoris)、屎链球菌(Streptococcusfaecium)、婴儿链球菌(Streptococcusinfantis)、变异链球菌(Streptococcusmutans)、嗜热链球菌(Streptococcusthermoph本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含：一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其包含一种或多种专性厌氧微生物，其中如通过在第一时间使用流式细胞术测量活微生物或活性细胞的第一细胞计数并在第二时间使用流式细胞术测量活微生物或活性细胞的第二细胞计数所确定的，所述组合物在4摄氏度的温度或室温下储存2周或更长时间时保持稳定，其中所述第一时间和所述第二时间间隔2周或更长时间，并且进一步其中所述第二细胞计数是所述第一细胞计数的至少0.1％。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.12.06 US 62/430,891;2017.05.05 US 62/502,4831.一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含：一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其包含一种或多种专性厌氧微生物，其中如通过在第一时间使用流式细胞术测量活微生物或活性细胞的第一细胞计数并在第二时间使用流式细胞术测量活微生物或活性细胞的第二细胞计数所确定的，所述组合物在4摄氏度的温度或室温下储存2周或更长时间时保持稳定，其中所述第一时间和所述第二时间间隔2周或更长时间，并且进一步其中所述第二细胞计数是所述第一细胞计数的至少0.1％。2.一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含：一种或多种分离并纯化的微生物的群体，所述群体包含一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物，使得当在4摄氏度或室温下储存14天的时间时，所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少0.1％是活微生物或活性细胞，其中所述群体是基本上干燥的并且包含约5％或更少的残余水分。3.一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其中所述组合物包含以下性质：a)至少1.0x108个活性细胞/g，以及b)所述组合物包含不超过5.0mcg/g的砷、不超过3.3mcg/g的铅、不超过5.0mcg/g的汞和不超过1.6mcg/g的镉。4.一种用于向有需要的受试者施用的组合物，其包含一种或多种分离并纯化的微生物的群体，其中所述组合物包含以下性质：a)约8.2x109个活性细胞/g，以及b)所述组合物包含不超过约0.02mcg/g的砷、不超过约0.2mcg/g的铅、不超过约0.01mcg/g的汞和不超过约0.12mcg/g的镉。5.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少1％是活细胞或活性细胞。6.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物被包封并且所述一种或多种专性厌氧微生物中的至少20％是活细胞或活性细胞。7.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述一种或多种专性厌氧微生物中的5％至75％是活微生物或活性细胞。8.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述一种或多种专性厌氧微生物中的10％至50％是活微生物或活性细胞。9.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物在所述群体中包含至少108个活性细胞/g的量的一种或多种微生物。10.根据权利要求1或2所述的组合物，其中室温为20至25摄氏度。11.根据权利要求1或2所述的组合物，其中室温为20摄氏度。12.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述组合物的颜色为米色至深棕褐色。13.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述组合物的颜色为棕褐色。14.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述组合物是粉末。15.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物在高于5μM的氧气下存活。16.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物在包含20体积％或更多氧气的条件下存活。17.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种氧稳定的专性厌氧微生物中的至少一种能够在具有5μM或更少溶解氧的条件下生长。18.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含90％或更多的未形成孢子的专性厌氧微生物。19.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体的活性细胞包含3种或更多种分离并纯化的微生物，所述微生物选自：Akkermansiamuciniphila、Anaerostipescaccae、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、Roseburiacecicola、Roseburiainulinivorans、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、Stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、Anaerofustisstercorihominis、Anaerostipeshadrus、Anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、Roseburiafaeccis、Roseburiahominis、Roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、Blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、Clostridiumbartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、Clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、Eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌和消化链球菌属，及其任意组合。20.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自Akkermansiamuciniphila的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。21.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自青春双歧杆菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。22.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自婴儿双歧杆菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。23.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自长双歧杆菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。24.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自拜氏梭菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。25.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自丁酸梭菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。26.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自吲哚梭菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。27.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自霍氏真杆菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。28.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述群体包含分离并纯化的微生物，该微生物具有的核糖体RNA(rRNA)序列与来自普氏粪杆菌的rRNA序列有至少约85％的序列同一性。29....

【专利技术属性】
技术研发人员：科琳·卡特克利菲，约翰·S·艾德，詹姆斯·H·布拉德，马库斯·F·施克尔伯格，安德鲁·T·程，奥维尔·G·科尔特曼，托马·奥特曼，
申请(专利权)人：潘德勒姆治疗公司，
类型：发明
国别省市：美国,US