用于预测恩扎妥林活性的方法和组合物技术

本发明专利技术描述了已经发现与恩扎妥林(enzastaurin)在治疗诸如DLBCL、GBM和其他癌症类型的疾病中的不同个体响应(例如，功效、不良反应和其他终点)相关的生物标志物。新发现的生物标志物和与它们连锁不平衡的其他生物标志物可以用于伴随诊断测试，所述测试可以帮助预测药物响应，并且仅将药物应用于那些通过治疗将受益的个体，或者将可能无法受益于治疗的那些个体排除在外。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于预测恩扎妥林活性的方法和组合物相关申请的交叉引用本专利技术要求于2016年9月1日提交的题为“使用药物基因组学标志物的组合物和方法(CompositionsandMethodsUsingaPharmacogenomicsMarker)”的美国临时申请第62/382,734号以及于2016年10月28日提交的题为“使用药物基因组学标志物的组合物和方法(CompositionsandMethodsUsingaPharmacogenomicsMarker)”的美国临时申请第62/414,601号的优先权，上述申请的内容通过引用整体并入本专利技术用于所有目的。在ASCII文本文件中提交序列表以下提交的ASCII文本文件的内容通过引用整体并入本专利技术：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：669602000440SeqList.txt，记录日期：2017年8月30日，大小：5,903字节)。
本专利技术涉及药物基因组学领域(其应用一种或多种基因组生物标志物)以及相关的诊断方法、装置、试剂、系统和试剂盒，用于预测针对治疗剂的各种个体响应，例如功效或不良反应。背景药物基因组学是对影响本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种分离的多核苷酸，其包含、组成为或基本组成为选自下组的单核苷酸多态性(SNP)：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.01 US 62/382,734;2016.10.28 US 62/414,6011.一种分离的多核苷酸，其包含、组成为或基本组成为选自下组的单核苷酸多态性(SNP)：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614，rs309601，其互补SNP以及与其连锁不平衡的SNP。2.权利要求1所述的分离的多核苷酸，其中所述SNP是rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614或rs309601。3.权利要求2所述的分离的多核苷酸，其中所述SNP是rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609或rs309601。4.权利要求3所述的分离的多核苷酸，其中所述SNP是rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748或rs7836309。5.权利要求4所述的分离的多核苷酸，其中所述SNP是rs309605或rs309604。6.一组分离的多核苷酸，其包含、组成为或基本组成为权利要求1-5中任一项所述的分离的多核苷酸中的两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种。7.权利要求6所述的组，其中所述SNP包含rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614和rs309601中的两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种五种或更多种或全部。8.权利要求7所述的组，其中所述SNP包含rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609和rs309601中的两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种或全部。9.权利要求8所述的组，其中所述SNP包含rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748和rs7836309中的两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或全部。10.权利要求9所述的组，其中所述SNP包含rs309605和/或rs309604。11.权利要求1-5中任一项所述的分离的多核苷酸或权利要求6-10中任一项所述的组，其中所述分离的多核苷酸包含、组成为或基本组成为SEQIDNO：1-28中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。12.权利要求11所述的分离的多核苷酸或组，其中所述分离的多核苷酸包含、组成为或基本组成为SEQIDNO：1-11，15-21和28中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。13.权利要求12所述的分离的多核苷酸或组，其中所述分离的多核苷酸包含、组成为或基本组成为SEQIDNO：1-5中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。14.权利要求13所述的分离的多核苷酸或组，其中所述分离的多核苷酸包含、组成为或基本组成为SEQIDNO：1-2中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。15.一种试剂盒，其包含权利要求1-14中任一项所述的分离的多核苷酸或组，所述试剂盒任选地包含使用说明书。16.一种微阵列，其包含基底以及直接或间接固定在所述基底上的权利要求1-14中任一项所述的分离的多核苷酸或组。17.一种试剂，其用于检测一种或多种选自下组的单核苷酸多态性(SNP)：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614，rs309601，其互补SNP，以及与其连锁不平衡的SNP。18.权利要求17所述的试剂，其用于检测一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614和rs309601。19.权利要求18所述的试剂，其用于检测一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609和rs309601。20.权利要求19所述的试剂，其用于检测一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748和rs7836309。21.权利要求20所述的试剂，其用于检测rs309605和/或rs309604。22.权利要求17-21中任一项所述的试剂，其中所述一种或多种SNP包含SEQIDNO：1-28中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。23.权利要求22所述的试剂，其中所述一种或多种SNP包含SEQIDNO：1-11，15-21和28中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。24.权利要求23所述的试剂，其中所述一种或多种SNP包含SEQIDNO：1-5中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。25.权利要求24所述的试剂，其中所述一种或多种SNP包含SEQIDNO：1-2中所示的序列、其互补序列或与其连锁不平衡的序列。26.权利要求17-25中任一项所述的试剂，其包含一种或多种用于测定所述一种或多种SNP的分子。27.权利要求26所述的试剂，其中所述一种或多种分子包含寡核苷酸和/或多肽。28.权利要求27所述的试剂，其中所述寡核苷酸包含SEQIDNO：1-28中所示的序列、或其互补序列。29.权利要求27或28所述的试剂，其中所述寡核苷酸包含一种或多种用于对所述一种或多种SNP进行基因分型的引物。30.一种试剂盒，其包含权利要求17-29中任一项所述的试剂，所述试剂盒任选地包含使用说明书。31.一种试剂盒，其包含权利要求1-14中任一项所述的分离的多核苷酸或组以及权利要求17-29中任一项所述的试剂，所述试剂盒任选地包含使用说明书。32.权利要求31所述的试剂盒，其中所述分离的多核苷酸或组包含选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609和rs309601，并且所述试剂能够检测所述SNP。33.权利要求32所述的试剂盒，其中所述组包含rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748和/或rs7836309，并且所述试剂能够检测所述SNP。34.权利要求33所述的试剂盒，其中所述组包含rs309605和/或rs309604，并且所述试剂能够检测所述SNP。35.权利要求31-34中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂能够检测所述SNP，并且所述分离的多核苷酸或组用作检测测定的对照。36.一种微阵列，其包含基底以及直接或间接固定在所述基底上的权利要求17-29中任一项所述的试剂。37.一种微阵列，其包含基底以及直接或间接固定在所述基底上的权利要求1-14中任一项所述的分离的多核苷酸或组以及权利要求17-29中任一项所述的试剂。38.权利要求37所述的微阵列，其中所述试剂能够检测所述SNP，并且所述分离的多核苷酸或组用作检测测定的对照。39.权利要求15-38中任一项所述的试剂盒、试剂或微阵列，其用于评估分离的生物标志物或一组分离的生物标志物，其中所述生物标志物包含选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs1494751，rs2575943，rs167446，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs170132，rs386413735，rs2642789，rs2642788，rs2575944，rs309614，rs309601，其互补SNP，以及与其连锁不平衡的SNP。40.权利要求39所述的试剂盒、试剂或微阵列，其中所述分离的生物标志物或组通过以下进行测定：测序、聚合酶链反应(PCR)、毛细管电泳、质谱、单链构象多态性(SSCP)、电化学分析、变性HPLC和凝胶电泳、限制性片段长度多态性、杂交分析、单碱基延伸(SBE)、等位基因特异性引物延伸(ASPE)、限制酶消化、链置换扩增(SDA)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链反应(LCR)、基于核酸序列的扩增(NASBA)、引物延伸、滚环扩增(RCA)、自主序列复制(3SR)、环介导的等温扩增(LAMP)、杂交、核酸测序和/或微阵列，任选地，其中所述核酸测序选自由以下组成的组：Maxam-Gilbert测序、链终止方法、鸟枪测序、桥式PCR、单分子实时测序、离子半导体(离子流测序)、合成测序、通过连接测序(SOLiD测序)、链终止(Sanger测序)、大规模平行签名测序(MPSS)、聚合酶克隆测序、454焦磷酸测序、Illumina(Solexa)测序、DNA纳米球测序、Heliscope单分子测序、单分子实时(SMRT)测序、纳米孔DNA测序、隧穿电流DNA测序、杂交测序、质谱测序、微流体Sanger测序、基于显微镜的技术、RNAP测序和体外病毒高通量测序。41.权利要求39或40所述的试剂盒、试剂或微阵列，其还包括使用所述分离的生物标志物或组进行针对治疗(例如癌症治疗)的伴随诊断测试的说明书。42.权利要求41所述的试剂盒、试剂或微阵列，其中所述针对治疗的伴随诊断测试使用一组分离的生物标志物进行，所述生物标志物包含一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，rs309607，rs2132025，rs11990158，rs6469570，rs309603，rs923967，rs309606，rs72675965，rs309602，rs309608，rs309610，rs2575911，rs309609，rs309601，其互补SNP以及与其连锁不平衡的SNP。43.权利要求42所述的试剂盒、试剂或微阵列，其中所述针对治疗的伴随诊断测试使用一组分离的生物标志物进行，所述生物标志物包含一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，rs5894240，rs1494748，rs7836309，其互补SNP以及与其连锁不平衡的SNP。44.权利要求43所述的试剂盒、试剂或微阵列，其中所述针对治疗的伴随诊断测试使用一组分离的生物标志物进行，所述生物标志物包含一种或多种选自下组的SNP：rs309605，rs309604，其互补SNP以及与其连锁不平衡的SNP。45.权利要求41-44中任一项所述的试剂盒、试剂或微阵列，其中...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗文，孙红，
申请(专利权)人：索元生物医药有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US