一种检测遗传性高度近视基因21个突变位点的方法技术

本发明专利技术公开了一种检测高度近视21个热点突变位点的方法，针对人高度近视的十种致病基因OPN1LW、SCO2、ZNF644、CCDC111、LRPAP1、SLC39A5、P4HA2、ARR3、BSG和P3H2中的21个热点突变，该检测方法是以基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱技术检测基因组DNA，通过扩增21个高度近视相关的SNP位点，再进行单碱基延伸，使在SNP位点上延伸1个碱基。由于离子的质量不同，其在真空小管中飞行的时间长短也不同，借以来判断离子质量的大小，从而判断位点的基因型。

A Method for Detecting 21 Mutation Loci of Hereditary High Myopia Gene

The invention discloses a method for detecting 21 hotspot mutation sites in high myopia, aiming at 21 hotspot mutations in 10 pathogenic genes OPN1LW, SCO 2, ZNF644, CCDC111, LRPAP1, SLC39A5, P4HA2, ARR3, BSG and P3H2 of high myopia. The method detects genomic DNA by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, and amplifies 21 hotspot mutations at high myopia. The SNP loci associated with myopia were extended by a single base to extend one base at SNP loci. Because of the different mass of ions, the length of time they fly in the vacuum tubule varies, so as to judge the size of ion mass and the genotype of the site.

【技术实现步骤摘要】
一种检测遗传性高度近视基因21个突变位点的方法
本专利技术涉及生物检测
，具体涉及一种检测临床样品中遗传性高度近视(HighMyopia)的十种致病基因OPN1LW、SCO2、ZNF644、CCDC111、LRPAP1、SLC39A5、P4HA2、ARR3、BSG和P3H2中的21个热点突变的方法。
技术介绍
高度近视是指屈光度高于-6D，或眼轴长度大于26mm的屈光不正，是一类非常严重的近视。在近视患者中，高度近视的发病率约为2％，常伴有颞侧弧形斑、色素上皮变薄、豹纹状眼底、Fuch斑、视网膜脉络膜萎缩、漆裂纹等，并且可以引发多种严重并发症，例如视网膜脱离、青光眼、白内障等，因此高度近视已经成为第四位不可逆性致盲性眼病。高度近视也可能是某些其他疾病的继发表现，如Marfan综合征、Knobloch综合征、Stickler综合征、青光眼及代谢类疾病。2012年一项调查显示，上海大学生高度近视率达19.5％，2015年对我国西部地区中学生的调查表明高度近视患病率为(2.9±0.4％)，而17岁以上中学生达(9.9±3.0％)。高度近视的患病率呈现明显的种群特异性，2013年PAN本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测遗传性高度近视基因21个突变位点的方法，包括如下步骤：S1、全血提取基因组DNA；S2、对步骤S1提取的基因组DNA进行PCR扩增反应；PCR扩增引物为：针对OPN1LW基因上的rs145009674(c.532A>G；p.Ile178Val)位点，PCR扩增引物是：5’‑ACGTTGGATGTGAGATTTGATGCCAAGCTG‑3’(SEQ ID NO:01)5’‑ACGTTGGATGACCTGCTCCAACCAAAGATG‑3’(SEQ ID NO:02)针对OPN1LW基因上的rs949431(c.538T>G；p.Ser180Ala)位点，PCR扩增引物是：...

【技术特征摘要】
1.一种检测遗传性高度近视基因21个突变位点的方法，包括如下步骤：S1、全血提取基因组DNA；S2、对步骤S1提取的基因组DNA进行PCR扩增反应；PCR扩增引物为：针对OPN1LW基因上的rs145009674(c.532A>G；p.Ile178Val)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTGAGATTTGATGCCAAGCTG-3’(SEQIDNO:01)5’-ACGTTGGATGACCTGCTCCAACCAAAGATG-3’(SEQIDNO:02)针对OPN1LW基因上的rs949431(c.538T>G；p.Ser180Ala)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGATCGTGGGCATTGCCTTCTC-3’(SEQIDNO:04)5’-ACGTTGGATGCTTACCTGCTCCAACCAAAG-3’(SEQIDNO:05)针对SCO2基因上的rs74315510(c.157C>T；p.Gln53Ter(Q53X))位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGATCAGCAGCCGGGTTCGAAG-3’(SEQIDNO:07)5’-ACGTTGGATGATCTGAGGTCCTGGCTTTTG-3’(SEQIDNO:08)针对ZNF644基因上的rs387907109(c.2014A>G；p.Ser672Gly)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTTCTGTATTCTGTGTGGCCG-3’(SEQIDNO:10)5’-ACGTTGGATGGATGTGAAGCGAACATTTGG-3’(SEQIDNO:11)针对CCDC111基因上的rs200857997(c.265T>G；p.Tyr89Asp)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGCCTTGTGACAACCTATGCTG-3’(SEQIDNO:13)5’-ACGTTGGATGGTTCTGCTGCATGCTACCTA-3’(SEQIDNO:14)针对LRPAP1基因上的rs786205127(c.605delA；Asn202ThrfsTer8)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTTCTCCTTCAGCTCCGTGTG-3’(SEQIDNO:16)5’-ACGTTGGATGTCCTGCCTTCGGTTTTACAG-3’(SEQIDNO:17)针对LRPAP1基因上的rs786205216(c.199delC；Gln67SerfsTer8)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGCTCCAACGACCCCAACCAC-3’(SEQIDNO:19)5’-ACGTTGGATGCATGGAGAAGTTGAACCAGC-3’(SEQIDNO:20)针对SLC39A5基因上的rs199624584(c.141C>G；p.Tyr47X)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGAGCAGGAGCAGAACCATTAC-3’(SEQIDNO:22)5’-ACGTTGGATGCTGCAGTCAGCGTCCCATT-3’(SEQIDNO:23)针对SLC39A5基因上的rs587777625(c.911T>C；p.Met304Thr)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTCTTCCTGCTCTTTGTGCTG-3’(SEQIDNO:25)5’-ACGTTGGATGAAAGGGTATCACTCACTGGC-3’(SEQIDNO:26)针对P4HA2基因上的rs758872875(c.871G>A；p.Glu291Lys)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGATCTCACCAGTTTGACACCC-3’(SEQIDNO:28)5’-ACGTTGGATGATGAGAGGCCTGTGGACTAC-3’(SEQIDNO:29)针对P4HA2基因上的rs764211125(c.419A>G；p.Gln140Arg)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTTCCCCTCTGGAAATTGTGC-3’(SEQIDNO:31)5’-ACGTTGGATGCACTGATGAGGACGAGATAG-3’(SEQIDNO:32)针对P4HA2基因上的rs1135402746(c.1349_1350delGT；Arg451GlyfsTer8)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGCAGCACACATCATACTCACG-3’(SEQIDNO:34)5’-ACGTTGGATGTTCAAGCATTTAGGGACGGG-3’(SEQIDNO:35)针对ARR3基因上的rs765658563(c.893C>A；p.Ala298Asp)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGGGCACTGGATGGCAAACTTA-3’(SEQIDNO:37)5’-ACGTTGGATGGGAAATGGAGGCTGAGAGTT-3’(SEQIDNO:38)针对ARR3基因上的rs769923269-1bp(c.298C>T；p.Arg100X)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGCAAGTGGTCCCAGCTGAATC-3’(SEQIDNO:40)5’-ACGTTGGATGCATTGTCCCCTAGCTTGTGC-3’(SEQIDNO:41)针对ARR3基因上的rs777729215+1bp(c.239T>C；p.Leu80Pro)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTGGTCTGACGTTCCGAAAAG-3’(SEQIDNO:43)5’-ACGTTGGATGTGCAGTAGTCGCTCCTGTAG-3’(SEQIDNO:44)针对BSG基因上的rs757777232(c.889G>A；p.Gly297Ser)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTTGAGAACCTGAACATGGAG-3’(SEQIDNO:46)5’-ACGTTGGATGTGATGATGGCCTGGTCGGAG-3’(SEQIDNO:47)针对BSG基因上的rs530538042+2bp(c.661C>T；p.Pro221Ser)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGTTCCAGGCTCCTCTCTCTC-3’(SEQIDNO:49)5’-ACGTTGGATGCGTTGATGTGTTCTGACGAC-3’(SEQIDNO:50)针对BSG基因上的rs776735964+1bp(c.415+1G>A；Splicedonor)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGCCCAGGCAGTCGTGCTAGT-3’(SEQIDNO:52)5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTCTACTGAGCAGG-3’(SEQIDNO:53)针对BSG基因上的rs764410306+2bp(c.205C>T；p.Gln69X)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGATCCAGTGGTGGTTTGAAGG-3’(SEQIDNO:55)5’-ACGTTGGATGTAGGTGGCGTGGATGTGGAC-3’(SEQIDNO:56)针对P3H2基因上的：rs724159988(c.1523G>T；p.Gly508Val)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGAGGCTGACACTAAGGAACTC-3’(SEQIDNO:58)5’-ACGTTGGATGCCCATACACCCAATGAAAAG-3’(SEQIDNO:59)针对P3H2基因上的rs724160006(c.13C>T；p.Gln5X)位点，PCR扩增引物是：5’-ACGTTGGATGATGCTTCAACACCAGCTGT-3’(SEQIDNO:61)5’-ACGTTGGATGTTTTCGTGGCTAACCCT...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢冈，张劲翼，斯米诺维奇凯瑟琳·安，
申请(专利权)人：温州维谱斯特生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33