校正高通量测序原核与真核微生物基因序列读取数的方法及所用菌技术

本发明专利技术公开了一种校正菌株E.coli WYL，为大肠杆菌Escherichia coli WYL，保藏编号为CCTCC NO:M 2017770。本发明专利技术还同时公开了利用上述校正菌株E.coli WYL进行的校正高通量测序原核与真核微生物基因序列读取数的方法。本发明专利技术通过校正菌株的构建及其在样品中的添加，实现样品中原核微生物群落16S rRNA基因与真核微生物群落18S rRNA/ITS基因高通量测序读取数量的校正，以弥补现有技术的不足，使得样品中原核与真核微生物能更好的统筹，将有利于全面了解样品中微生物的群落结构变化。

Method of Correcting Readout Number of Gene Sequences of Prokaryotic and Eukaryotic Microorganisms by High-throughput Sequencing and the Bacteria Used

The invention discloses a correction strain E. coli WYL, which is Escherichia coli WYL and has a storage number of CCTCC NO: M 2017770. The invention also discloses a method for correcting the reading number of prokaryotic and eukaryotic microbial gene sequences by using the above-mentioned correcting strain E. coli WYL. The invention realizes the correction of 16S rRNA gene of prokaryotic microbial community and 18S rRNA/ITS gene high-throughput sequencing reading quantity of eukaryotic microbial community in the sample by constructing the correction strain and adding it in the sample, so as to make up for the deficiency of the existing technology, make the prokaryotic and eukaryotic microorganisms in the sample better coordinate, and will be conducive to a comprehensive understanding of the microbial community structure in the sample. Change.

【技术实现步骤摘要】
校正高通量测序原核与真核微生物基因序列读取数的方法及所用菌
本专利技术属于微生物领域，涉及一株细菌菌株染色体基因的改造，并基于该人工改造细菌菌株，提供了一种实现原核微生物与真核微生物的高通量测序结果中基因序列读取数量(Numberofreads)校正的技术。
技术介绍
微生物因其特有的物种丰富度，基因、代谢、生存环境多样性，以及大型动植物无法比拟的快速繁殖、变异速度，具有巨大的挖掘潜能和较高的经济价值。借助高通量测序技术，我们对微生物群落结构的认知正在被逐步推进，而全面解析微生物群落结构与其生存环境间相互作用关系，将成为进一步利用微生物解决农业、医疗、化工、环境等领域中科学问题的关键。目前，高通量测序解析微生物群落结构的原理是基于微生物16SrRNA基因与18SrRNA/ITS(InternalTranscribedSpacer，ITS)基因的差异，分别采用不同的引物对原核微生物群落16SrRNA基因或真核微生物群落18SrRNA/ITS基因进行扩增和分析，独立表征原核微生物与真核微生物的群落结构组成。即，需由两次分别针对原核微生物群落和真核微生物群落结构的高通量测序结果，才可表征某本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.校正菌株E.coli WYL，其特征是：为大肠杆菌Escherichia coli WYL，保藏编号为CCTCC NO:M 2017770。

【技术特征摘要】
1.校正菌株E.coliWYL，其特征是：为大肠杆菌EscherichiacoliWYL，保藏编号为CCTCCNO:M2017770。2.利用如权利要求1所述的校正菌株E.coliWYL进行的校正高通量测序原核与真核微生物基因序列读取数的方法，其特征是依次包括以下步骤：1)、将校正菌株E.coliWYL，重悬于无菌水中，得菌悬液；2)、校正菌株的添加：将步骤1)所得的菌悬液加入至作为待测样品的土壤中，添加浓度为105-107cellsg-1，冰浴环境下搅拌混匀；3)、样本原核与真核微生物高通量测序：提取土壤DNA，分别采用原核微生物通用引物515F/806R和真核微生物通用引物ITS-F/ITS-R对原核微生物16SrRNA基因与真核微生物ITS基因进行高通量测序，从而获得原核与真核微生物群落结构分类组成信息及其测序读取数量；4)、测序数据过滤与注释：将步骤3)所得的高通量测序数据采用QIIME软件进行质控与过滤；正向与反向测序结果采用FLASH软件进行拼接；采用UPARSE软件将优质序列按97％的相似度归为一个OTU；将校正菌株中人工设计515F/806R及ITS-F/R所对应碱基信息分别添加进SILVA数据库及Unite数据库，采用包含校正菌株碱基信息的SILVA数据库及Unite数据库分别对原核微生物及真核微生物OTU进行注释；5)、校正计算：通过对单个...

【专利技术属性】
技术研发人员：汪海珍，杨黎，楼骏，严康，王昌毅，徐建明，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33