用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组及其应用；本发明专利技术还公开了一种Citrin缺陷症致病基因突变的检测试剂盒，包含上述引物组、PCR缓冲液、Mg

【技术实现步骤摘要】
用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组、试剂盒及其应用
本专利技术涉及基因检测
，尤其是一种用于检测Citrin缺陷症致病基因SLC25A13的4种突变的引物组、试剂盒及其应用。
技术介绍
Citrin缺陷症(CitrinDeficiency,CD)是由SLC25A13基因突变而导致的常染色体隐性遗传病。SLC25A13基因位于人类染色体7q21.3，含18个外显子，其开放读码框长度为2028bp，编码含675个氨基酸并位于线粒体内膜的天冬氨酸/谷氨酸载体亚型2(Aspartate/GlutamateCarrierisoform2,AGC2)。AGC2的作用是将线粒体基质合成的天冬氨酸与细胞胞浆内的谷氨酸进行交换，同时向线粒体内提供一个质子，而当SLC25A13基因产生突变可影响AGC2的活性，产生一系列复杂的代谢紊乱，并最终形成Citrin缺陷症。Citrin缺陷症目前有3种年龄段依赖性的临床表型：一是Citrin缺陷导致的新生儿肝内胆汁淤积症(neonatalintrahepaticcholestasiscausedbycitrindeficiency,NICCD)；二是成人发病瓜氨酸血症Ⅱ型(adult-onsettypeⅡcitrullinemia,CTLN2)；三是Citrin缺陷导致的生长发育落后和血脂异常(FailuretoThriveandDyslipidemiacausedbyCitrinDeficiency,FTTDCD)。NICCD主要在新生儿期或婴儿期发病，临床表型为肝肿大、肝功能异常和低血糖等，如果能及时诊断，则一般预后良好。CTLN2主要在青少年期或成人期(11-79岁)发病，临床表型为急性肝炎、神经障碍等，一般预后较差，从症状出现到死亡时间短，而肝移植是比较有效的治疗手段。FTTDCD发病介于NICCD和CTLN2之间，主要临床表型为生长受限、高血脂等，其中部分NICCD患儿在肝内胆汁淤积消失后可进展为FTTDCD，并有可能再进一步发展成为CTLN2。研究表明，希特林综合征是泛种族的遗传代谢病，在亚洲、北美和欧洲均有发现，但患者主要分布于东亚地区。中国人群SLC25A13基因突变的携带率约1/65，而以长江为界，江南人群突变基因的携带率高达1/48。目前已报道的SLC25A13基因突变类型超过80种，其中中国已知的高频突变主要是c.851_854del4、c.1638_1660dup、IVS6+5G>A、IVS16ins3kb，占中国人群突变总检出率的80％以上。目前SLC25A13基因突变检测被认为是确诊该病的金标准。然而，因为该基因突变类型及种类多样，目前并没有合适的检测方法推广用于该疾病的临床检测。
技术实现思路
基于上述问题，本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一种可准确地检测Citrin缺陷症致病基因SLC25A13的4种突变的方法，该方法具有操作简单、灵敏度高、特异性高、成本低的优点。为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案包括如下几个方面：在第一个方面，本专利技术提供了一种用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组，包括以下引物：(1)针对SLC25A13基因I型突变(c.851_854del4)的检测引物：如SEQIDNo.1所示的上游引物、SEQIDNo.2所示的下游引物和SEQIDNo.3所示的探针；(2)针对SLC25A13基因III型突变(1638_1660dup)的检测引物：如SEQIDNo.4所示的上游引物、SEQIDNo.5所示的下游引物和SEQIDNo.6所示的探针；(3)针对SLC25A13基因X型突变(IVS6+5G>A)的检测引物：如SEQIDNo.7所示的上游引物、SEQIDNo.8所示的下游引物和SEQIDNo.9所示的探针；(4)针对SLC25A13基因XIX型突变(IVS16ins3kb)的检测引物：如SEQIDNo.10所示的上游引物、SEQIDNo.11所示的第一下游引物、SEQIDNo.12所示的第二下游引物、SEQIDNo.13所示的第一探针和SEQIDNo.14所示的第二探针；其中，所述SEQIDNo.3、SEQIDNo.6、SEQIDNo.9、SEQIDNo.13和SEQIDNo.14所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。优选地，所述SEQIDNo.3所示的探针5’端连接的荧光报告基团FAM，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ1；所述SEQIDNo.6所示的探针5’端连接的荧光报告基团CY5，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.9所示的探针5’端连接的荧光报告基团CY5，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.13所示的探针5’端连接的荧光报告基团ROX，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.14所示的探针5’端连接的荧光报告基团ROX，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2。优选地，所述引物组的工作浓度为：SEQIDNo.1所示的上游引物0.2umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物1umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.15umol/L；SEQIDNo.4所示的上游引物0.05umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.6所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.7所示的上游引物0.1umol/L、SEQIDNo.8所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.9所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.10所示的上游引物1.25umol/L、SEQIDNo.11所示的第一下游引物0.05umol/L、SEQIDNo.12所示的第二下游引物0.25umol/L、SEQIDNo.13所示的第一探针0.05umol/L和SEQIDNo.14所示的第二探针0.25umol/L。在第二个方面，本专利技术提供了上述引物组在制备Citrin缺陷症致病基因突变的检测试剂中的应用。在第三个方面，本专利技术提供了一种Citrin缺陷症致病基因突变的检测试剂盒，包含上述的引物组。优选地，所述检测试剂盒还包含以下组分：PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs和DNA聚合酶；所述PCR缓冲液包含Tris-HCl和KCl。优选地，所述组分反应时的终浓度为Tris-HCl10mmol/L、KCl50nmol/L、Mg2+4.375mmol/L、dNTPs0.3125mmol/L和DNA聚合酶0.05U/ul。优选地，所述引物组在反应时的终浓度为：SEQIDNo.1所示的上游引物0.2umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物1umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.15umol/L；SEQIDNo.4所示的上游引物0.05umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.6所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.7所示的上游引物0.1umol/L、SEQIDNo.8所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.9所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.10所示的上游引物1.25umol/L、SEQIDNo.11所示的第一下本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组，其特征在于，包括以下引物：(1)针对SLC25A13基因I型突变(c.851_854del4)的检测引物：如SEQ ID No.1所示的上游引物、SEQ ID No.2所示的下游引物和SEQ ID No.3所示的探针；(2)针对SLC25A13基因III型突变(1638_1660dup)的检测引物：如SEQ ID No.4所示的上游引物、SEQ ID No.5所示的下游引物和SEQ ID No.6所示的探针；(3)针对SLC25A13基因X型突变(IVS6+5G>A)的检测引物：如SEQ ID No.7所示的上游引物、SEQ ID No.8所示的下游引物和SEQ ID No.9所示的探针；(4)针对SLC25A13基因XIX型突变(IVS16ins3kb)的检测引物：如SEQ ID No.10所示的上游引物、SEQ ID No.11所示的第一下游引物、SEQ ID No.12所示的第二下游引物、SEQ ID No.13所示的第一探针和SEQ ID No.14所示的第二探针；其中，所述SEQ ID No.3、SEQ ID No.6、SEQ ID No.9、SEQ ID No.13和SEQ ID No.14所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。...

【技术特征摘要】
1.用于检测SLC25A13基因4种突变的引物组，其特征在于，包括以下引物：(1)针对SLC25A13基因I型突变(c.851_854del4)的检测引物：如SEQIDNo.1所示的上游引物、SEQIDNo.2所示的下游引物和SEQIDNo.3所示的探针；(2)针对SLC25A13基因III型突变(1638_1660dup)的检测引物：如SEQIDNo.4所示的上游引物、SEQIDNo.5所示的下游引物和SEQIDNo.6所示的探针；(3)针对SLC25A13基因X型突变(IVS6+5G>A)的检测引物：如SEQIDNo.7所示的上游引物、SEQIDNo.8所示的下游引物和SEQIDNo.9所示的探针；(4)针对SLC25A13基因XIX型突变(IVS16ins3kb)的检测引物：如SEQIDNo.10所示的上游引物、SEQIDNo.11所示的第一下游引物、SEQIDNo.12所示的第二下游引物、SEQIDNo.13所示的第一探针和SEQIDNo.14所示的第二探针；其中，所述SEQIDNo.3、SEQIDNo.6、SEQIDNo.9、SEQIDNo.13和SEQIDNo.14所示的探针的5’端连接有荧光报告基团，3’端连接有非荧光淬灭基团。2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述SEQIDNo.3所示的探针5’端连接的荧光报告基团FAM，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ1；所述SEQIDNo.6所示的探针5’端连接的荧光报告基团CY5，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.9所示的探针5’端连接的荧光报告基团CY5，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.13所示的探针5’端连接的荧光报告基团ROX，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2；所述SEQIDNo.14所示的探针5’端连接的荧光报告基团ROX，3’端连接有非荧光淬灭基团BHQ2。3.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述引物组的工作浓度为：SEQIDNo.1所示的上游引物0.2umol/L、SEQIDNo.2所示的下游引物1umol/L、SEQIDNo.3所示的探针0.15umol/L；SEQIDNo.4所示的上游引物0.05umol/L、SEQIDNo.5所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.6所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.7所示的上游引物0.1umol/L、SEQIDNo.8所示的下游引物0.5umol/L、SEQIDNo.9所示的探针0.1umol/L；SEQIDNo.10所示的上游引物1.25umol/L、SEQIDNo.11所示的第一下游引物0.05umol/L、SEQIDNo.12所示的第二下游引物0.25umol/L、SEQIDNo.13所示的第一探针0.05umol/L和SEQIDNo.14所示的第二探针0.25umol/L。4.权利要求1～3任一项所述的引物组在制备Citrin缺陷症致病基因突变的检测试剂中的应用。5.一种Citrin缺陷症致病基因突变的检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求1～3任一项所述的引物组。6.根据权利要求5所述的检测试剂盒，其特征在于，还包含以下组分：PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs和DNA聚合酶；所述PCR缓冲液包含Tris-HCl和KCl。7.根据权利要求6所述的检测试剂盒，其特征在于，所述组分反应时的终浓...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾钦龙，曹克慎，李玉萍，唐佳，
申请(专利权)人：江门市妇幼保健院，
类型：发明
国别省市：广东,44