基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法技术

本发明专利技术公开基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法，其包括：在血浆DNA的和血液白细胞DNA的二代测序数据中分别确定同一待测微卫星位点对应的各序列的长度及其个数，通过比较确定具有差异的测序序列长度；在已知基因组中确定引物和/或探针对应的序列长度L和对应的待测微卫星位点的长度L’，在L‑L’

Detection of Microsatellite Instability in Blood Based on Second Generation Sequencing Technology

The invention discloses a method for detecting microsatellite instability in blood based on second-generation sequencing technology, which includes: determining the length and number of sequences corresponding to the same microsatellite locus in the second-generation sequencing data of plasma DNA and blood leukocyte DNA, determining the length of sequencing sequence with difference by comparison, and determining the sequence corresponding to primers and/or probes in known genomes. Length L and corresponding microsatellite loci L', in L L'

【技术实现步骤摘要】
基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法
本专利技术通常涉及基因检测领域，具体地涉及基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定(MSI)的方法。
技术介绍
在原核和真核基因组中，广泛分布着许多短而串联重复DNA序列(1-6碱基)，即微卫星序列(MicroSatellite，MS)。而在DNA复制过程中，这些序列常发生小范围的碱基缺失，插入或者替换，呈现不稳定性，即为微卫星不稳定性(MicroSatelliteInstability，MSI)。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现。因其与癌症发生有关，可用于癌症检测(WilliamR.Jacobs,etal,Science,1993,260:816-818)。2016年RonaldJHause等人利用基因组全外显子测序技术，分析了18中癌症5930个基因组，发现其中14种癌症患者癌细胞中发生MSI，其中子宫内膜癌MSI频率最高为30％，胃癌与结肠癌为19％(Classificationandcharacterizationofmicrosatelliteinstabilityacross18cancertypes)。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)具有差异的测序序列长度分布的确定步骤：在利用相同的引物和/或探针获得的同一样本的血浆DNA的二代测序数据和血液白细胞DNA的二代测序数据中，分别确定同一待测微卫星位点对应的各序列的长度以及不同长度分配的序列个数，通过比较确定两组二代测序数据中具有差异的测序序列长度及其个数；(2)判定范围窗口的确定步骤：在已知基因组中确定所述引物和/或探针对应的序列长度L，同时在所述已知基因组中确定所述引物和/或探针对应的待测微卫星位点的长度L’，将长度为X的待分析序列的判定范围窗口定义为L‑L’

【技术特征摘要】
1.一种基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)具有差异的测序序列长度分布的确定步骤：在利用相同的引物和/或探针获得的同一样本的血浆DNA的二代测序数据和血液白细胞DNA的二代测序数据中，分别确定同一待测微卫星位点对应的各序列的长度以及不同长度分配的序列个数，通过比较确定两组二代测序数据中具有差异的测序序列长度及其个数；(2)判定范围窗口的确定步骤：在已知基因组中确定所述引物和/或探针对应的序列长度L，同时在所述已知基因组中确定所述引物和/或探针对应的待测微卫星位点的长度L’，将长度为X的待分析序列的判定范围窗口定义为L-L’<X<L+L’；(3)稳定性判定步骤：在所述判定范围窗口内，如果具有差异的测序序列长度的序列个数大于2且具有差异的测序序列长度的个数占所述判定范围窗口内总的序列长度个数的50％以上，则将待测微卫星位点判定为不稳定，反之判定为稳定。2.根据权利要求1所述的基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法，其特征在于，进一步包括重复步骤(1)-(3)，从而判定多个待测微卫星位点的稳定性，统计稳定的待测微卫星位点的个数和不稳定的待测微卫星位点的个数，如果不稳定的待测微卫星位点的个数为总的待测微卫星位点个数的30％以上，则认为所述样本为微卫星高频不稳定，即MSI-H；反之则认为所述样本为微卫星稳定，即MSS。3.根据权利要求2所述的基于二代测序技术检测血液微卫星不稳定的方法，其特征在于，所述步骤(1)包括：(1-1)确定数据来源及整理引物或探针序列；(1-2)在血浆DNA的二代测序数据中，利用针对微卫星位点的引物或探针序列提取出目的片段测序序列组成集合A；(1-3)在血液白细胞DNA的二代测序数据中，利用...

【专利技术属性】
技术研发人员：郎继东，田埂，
申请(专利权)人：元码基因科技北京股份有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11