一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，采用聚合酶链式反应，复合扩增60个基因座，其扩增产物用基因测序仪进行检测。本发明专利技术可同时检测60个常染色体及Y染色体基因座，这是目前用毛细管电泳法一次反应检测STR基因座最多的，一次反应可同时完成常染色体STR和Y染色体STR建库；本试剂盒具有很强的检材适应性，即一种试剂盒可以扩增多种检材的样本，不同检材的样本包括：利用Chelex100法、磁珠提取法或有机法抽提法中任意一种提取的男性基因组DNA及滤纸、FTA卡、棉签、纱布等任意一种载体收集的人类男性血液或口腔细胞；本试剂盒具有较强的扩增特异性和较高的温度耐受性。

A multiplex amplification kit for simultaneous detection of 60 autosomal and Y chromosome loci

The invention discloses a multiplex amplification detection kit for simultaneously detecting 60 autosomal and Y chromosome loci. The multiplex amplification kit uses a polymerase chain reaction to multiply 60 loci, and the amplified products are detected by a gene sequencer. The invention can simultaneously detect 60 autosomal and Y chromosome loci, which is the largest number of STR loci detected by capillary electrophoresis at present. The autosomal STR and Y chromosome STR libraries can be built by one reaction at the same time. The kit has strong sample adaptability, that is, a kit can expand samples of various samples, and samples of different samples include: using Chelex to detect STR loci at the same time. Human male blood or oral cells collected by 100, magnetic bead extraction or organic extraction methods, male genomic DNA and any carrier such as filter paper, FTA card, cotton swab, gauze, etc. This kit has strong amplification specificity and high temperature tolerance.

【技术实现步骤摘要】
一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒
本专利技术涉及一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，属于生物

技术介绍
短串联重复序列(简称STR)也称微卫星DNA，是一类广泛存在于原核及真核生物基因组中的核苷酸重复序列。其一般由2-6个核苷酸为重复单元组成的几十至一百多个的核苷酸重复序列，不同数目的核心序列呈串联重复排列，而长度呈现多态性。近年来，全国公安机关DNA数据库的库容量突飞猛进，利用DNA数据库直接破获的案件越来越多。常规DNA数据库是“一对一、点对点”的比对模式，需要相应的参照比对样本才能进行认定或者排除，而Y-STR数据库则是“以点带面”的比对模式，比中嫌疑人所属的家系即可极大缩小侦查范围。用于比对的Y-STR基因座数量影响比对的效率。公安机关对于用于建库的Y-STR基因座有推荐数量，包括20个必选(DYS19，DYS385a，DYS385b，DYS389I，DYS389II，DYS390，DYS391，DYS392，DYS393，DYS437，DYS438，DYS439，DYS456，DYS458，DYS448，DYS635，Y_GATA_，H4，DYS481，DYS533和DYS576)，15个优选基因座(DYS460，DYS549，DYF387S1a，DYF387S1b，DYS449，DYS518，DYS627，DYS570，DYS527a，DYS527b，DYS447，DYS444，DYS557，DYS643和DYS596)。常染色体基因座目前可以入库的基因座D7S820，D1S1656，D12S391，D21S11，CSF1PO，D5S818，PentaD，D19S433，vWA，D8S1179，TPOX，FGA，D6S1043，D3S1358，TH01，D13S317，D16S539，D18S51，D2S1338和PentaE共20个。目前常染色体建库和Y染色体建库多数还是分开进行，至少需要两次实验。少数如无锡中德美联(有同时检测34个DNA基因座(15个常染色体STR基因座，1个性别基因座以及18个Y-STR基因座)的六色试剂盒(专利201510477236.9)，和检测同时检测39个位点的试剂盒，其中18个A-STR、20个Y-STR及性别(Amel)位点(专利201810051679.5)，宁波海尔施基因科技公司的Compass人类DNA身份鉴定试剂盒同时检测15个常染色体基因座、17个Y染色体基因座及1个性别基因座Amel，这三种产品都是采用六色荧光标记，受检测片段大小限制，一次检测满足不了常染20个STR基因座、Y染色体建库35个STR基因座的要求。
技术实现思路
本专利技术提供一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，并应用于人类常染色体，Y染色体基因座复合扩增，具有扩增快速、均衡性好和灵敏度高的特点，可用于中国人群个体识别、性犯罪等男女混合斑中男性罪犯个体识别、亲子鉴定等，一次反应满足常染色体DNA建库及Y染色体DNA建库需求。为解决上述技术问题，本专利技术所采用的技术方案如下：一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，采用聚合酶链式反应，复合扩增60个基因座，其扩增产物用基因测序仪进行检测。本申请采用聚合酶链式反应在一个扩增体系中同时扩增多个短串联重复基因座，具有扩增快速、均衡性好和灵敏度高的特点。上述60个基因座包括39个Y基因座、20个常染色体基因座及1个性别基因座。39个Y基因座包括36个Y-STR基因座和3个极低突变频率的YIndel基因座，36个Y-STR基因座为DYS481，DYS389I，DYS389II，DYS635，DYS533，DYS627，DYS391，DYS576，DYS437，DYS439，DYS392，DYS448，DYS518，DYS460，DYS459，DYS19，DYF387S1a，DYF387S1b，DYS456，DYS385a，DYS385b，DYS393，DYS570，DYS390，DYS438，Y_GATA_H4，DYS449，DYS645，DYS549，DYS447，DYS444，DYS643，DYS557，DYS596，DYS527a和DYS527b；3个极低突变频率的YIndel基因座为rs771783753，rs759551978和rs199815934。20个常染色体基因座为D7S820，D1S1656，D12S391，D21S11，CSF1PO，D5S818，PentaD，D19S433，vWA，D8S1179，TPOX，FGA，D6S1043，D3S1358，TH01，D13S317，D16S539，D18S51，D2S1338和PentaE。为了提高检测的准确性，扩增时，60个基因座采用分别位于该基因座核心重复区两侧的一对引物进行扩增，其中每对引物中至少有一条引物荧光染料标记方法进行标记，将引物混合，构成复合扩增引物。首先针对上述60个基因座目标区域的侧翼分别设计特异性引物。引物设计采用Oligo7软件，每条引物Tm值接近60℃，扩增产物的长度范围在60-640bp，并对每对引物进行扩增测试并优化，直至得到峰形锋利、峰高较高的扩增峰。再经过复合扩增测试，不产生非特异扩增、引物二聚体，不发生其它相互作用或交叉反应。上述DYS389I和DYS389II扩增引物相同，DYF387S1a和DYF387S1b扩增引物相同，DYS385a和DYS385b扩增引物相同，DYS527a和DYS527b扩增引物相同。引物5′端第1个碱基用FAM、TET、HEX、TAMRA、ATTO555、ATTO565、ROX、ATTOrho101或ATTO590中的一种进行标记，其中，用TAMRA、ATTO555、ATTO565、ROX、ATTOrho101和ATTO590标记的引物，引物5′端第6个碱基用FAM进行标记。本专利技术提供了一种八色荧光标记方法，并应用于人类常染色体，Y染色体基因座复合扩增，具有扩增快速、均衡性好和灵敏度高的特点，满足中国人群个体识别，性犯罪等男女混合斑中男性罪犯个体识别，亲子鉴定，一次反应满足常染色体DNA建库及Y染色体DNA建库需求。基因座分为下列七组，第一组：rs771783753，DYS481，DYS389I/II，DYS635，DYS533，DYS627，DYS391，D7S820和D1S1656；第二组：DYS576，DYS437，DYS439，DYS392，DYS448，DYS518，D12S391和D21S11；第三组：rs1759551978，DYS460，DYS459，DYS19，DYF387S1a/b，DYS456，DYS385a/b，CSF1PO和D5S818；第四组：DYS393，DYS570，DYS390，DYS438，Y_GATA_H4，DYS449和PentaD；第五组rs199815934，D19S433，vWA，D8S1179，TPOX，FGA和D6S1043；第六组AmelogeninX/Y，D3S1358，TH01，D13S317，D16S539，D18S51，D2S1338本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：采用聚合酶链式反应，复合扩增60个基因座，其扩增产物用基因测序仪进行检测。

【技术特征摘要】
1.一种同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：采用聚合酶链式反应，复合扩增60个基因座，其扩增产物用基因测序仪进行检测。2.如权利要求1所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：60个基因座包括39个Y基因座、20个常染色体基因座及1个性别基因座。3.如权利要求2所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：39个Y基因座包括36个Y-STR基因座和3个极低突变频率的YIndel基因座，36个Y-STR基因座为DYS481，DYS389I，DYS389II，DYS635，DYS533，DYS627，DYS391，DYS576，DYS437，DYS439，DYS392，DYS448，DYS518，DYS460，DYS459，DYS19，DYF387S1a，DYF387S1b，DYS456，DYS385a，DYS385b，DYS393，DYS570，DYS390，DYS438，Y_GATA_H4，DYS449，DYS645，DYS549，DYS447，DYS444，DYS643，DYS557，DYS596，DYS527a和DYS527b；3个极低突变频率的YIndel基因座为rs771783753，rs759551978和rs199815934。4.如权利要求2所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：20个常染色体基因座为D7S820，D1S1656，D12S391，D21S11，CSF1PO，D5S818，PentaD，D19S433，vWA，D8S1179，TPOX，FGA，D6S1043，D3S1358，TH01，D13S317，D16S539，D18S51，D2S1338和PentaE。5.如权利要求1-4任意一项所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：扩增时，60个基因座采用分别位于该基因座核心重复区两侧的一对引物进行扩增，其中每对引物中至少有一条引物荧光染料标记方法进行标记，将引物混合，构成复合扩增引物。6.如权利要求1-4任意一项所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：DYS389I和DYS389II扩增引物相同，DYF387S1a和DYF387S1b扩增引物相同，DYS385a和DYS385b扩增引物相同，DYS527a和DYS527b扩增引物相同；60个基因座对应的引物对的序列依次如下：7.如权利要求6所述的同时检测60个常染色体及Y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒，其特征在于：引物5′端第1个碱基用FAM、TET、HEX、TAMRA、AT...

【专利技术属性】
技术研发人员：葛斌文，黄春丽，高智勇，张明航，赵晓芳，苏雪峰，王宇峰，
申请(专利权)人：江苏苏博生物医学科技南京有限公司，江苏苏博生物医学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32