基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒及检测方法，是以SEQ ID NO.1～32所示的16对特异性多重PCR引物对，以及SEQ ID NO.33～83所示的51个SNP的SNaPshot单碱基延伸引物，一次性检测KCNQ1基因上的51个心源性猝死(SCD)相关SNP分子标记，并得到清晰结论。本发明专利技术不需要再利用二代测序技术和外显子测序技术进行全基因组比对。

【技术实现步骤摘要】
基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒及检测方法
本专利技术涉及基因检测及其应用领域，特别是涉及一种心源性猝死相关KCNQ1基因的检测试剂盒。
技术介绍
心源性猝死(suddencardiacdeath，SCD)可见于以下情况：1)、在原有器质性心脏病(如冠心病或心肌缺血)的基础上导致的猝死；2)、隐匿性离子通道类疾病或遗传因素等等。随着DNA测序技术和SNP突变检测技术的发展，突变位点的检测能力有了很大的提高，但是还没有专门针对SCD相关基因KCMQ1的SNP筛查试剂盒。检测基因突变常用技术可大致分为两种策略：1)、间接检测。即蛋白层次的检测，主要借助蛋白分析技术，分析突变体产生的变异蛋白，以及由变异蛋白引起的性状或功能的改变。2)、直接检测。主要指遗传物质的检测，如单链构象异构多态分析技术(SSCP)、变性高效液相色谱分析(DHPLC)、测序分析(主要是一代和二代测序)、高分辨率熔解曲线(HRM)等。上述检测方法各有其不足之处。1、单链构象异构多态分析技术(SSCP)：SSCP技术是在检测突变领域中应用较为广泛的一种方法，其基本原理是基于DNA在某种非变性环境中二级构象的差异，通过电泳迁移率区分正常链和异常链。缺点是这种技术的突变检出率只有50～80%，且不能准确找到突变的碱基类型和位置。2、变性高效液相色谱分析(DHPLC)：DHPLC技术代表了突变检测手段的新进展。该技术通过自动化程序式操作即可完成对外显子大小片段的全部检测，缺点是只可检测出突变与否，对突变的类型无法准确预测。另外，该方法对实验室要求较高，价格贵，不能普遍应用于广泛的法医实验室。3、一代测序(Sanger测序)分析：一代测序读长较长，准确性高，是法医学分析小样本DNA的主要方法。其主要缺点一是测序成本较高，不能满足一部分法医实验室的需求；二是通量较低，虽然可以准确分析出基因组的序列，但是不能检测出大片段缺失或拷贝数变异等基因突变的类型，因此对于一些与此相关的遗传性疾病，还不能做出基因学诊断。4、二代DNA测序技术：该技术可以通过软件等链接获得每一个检测的片段，从而合成分析的序列。但该技术有以下缺点：1)、仪器和试剂等造成方法昂贵，且需要专业人员分析，难以普及；2)、较SNP分析而言，该方法可以得到一条DNA链上的所有信息，多态性大大提高，但有一定的错误率，对于法医学分析而言，尚需仔细评估。5、高分辨率熔解曲线检测：是国际上发展的一种新型检测单核苷酸多态性及扫描突变新技术。该方法通过单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线，从而进行突变基因分析。该方法的缺点是设备成本昂贵、软件分析复杂、重复性差、分析范围狭窄等。
技术实现思路
本专利技术的目的是克服现有技术缺陷，提供一种基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒。提供所述基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP的检测方法，是本专利技术的另一专利技术目的。本专利技术所述基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒包括了SEQIDNO.1～32所示的16对特异性多重PCR引物对，以及SEQIDNO.33～83所示的51个SNP的SNaPshot单碱基延伸引物，用于检测以下51个SNP分子标记中的任意一个或一个以上：rs120074195、rs199472700、rs12720459、rs1800170、rs199472688、rs1085307580、rs199472694、rs199473662、rs75813654、rs755789171、rs533669726、rs760047145、rs120074187、rs120074182、rs199472751、rs199472765、rs199473405、rs775362401、rs1805118、rs199472768、rs12720457、rs199472779、rs12720449、rs199473476、rs199472811、rs199472815、rs199472814、rs120074189、rs606231414、rs199472783、rs17215465、rs1057128、rs199472728、rs199472806、rs199473482、rs199472817、rs17215500、rs199472788、rs397508097、rs139042529、rs199472704、rs139893266、rs397508102、rs1800172、rs34150427、rs201698592、rs11601907、rs397508108、rs370435862、rs199472677、rs199472678。其中，所述SEQIDNO.1～32所示的16对特异性多重PCR引物对通过扩增能够同时得到包含不同SNP的扩增子，每段扩增子至少含有1个SNP，最多含有6个SNP。更具体地，本专利技术所述的16对特异性多重PCR引物对分别用于对应扩增各自所述的SNP分子标记。rs397508108、rs370435862、rs199472677、rs199472678的PCR引物对为序列SEQIDNO.1所示的上游引物和SEQIDNO.2所示的下游引物。rs1800170、rs199472688的PCR引物对为序列SEQIDNO.3所示的上游引物和SEQIDNO.4所示的下游引物。rs1085307580、rs139042529、rs199472694、rs199473662、rs606231414、rs199472700的PCR引物对为序列SEQIDNO.5所示的上游引物和SEQIDNO.6所示的下游引物。rs75813654、rs199472704、rs755789171的PCR引物对为序列SEQIDNO.7所示的上游引物和SEQIDNO.8所示的下游引物。rs533669726的PCR引物对为序列SEQIDNO.9所示的上游引物和SEQIDNO.10所示的下游引物。rs199472728、rs760047145、rs120074187、rs120074195的PCR引物对为序列SEQIDNO.11所示的上游引物和SEQIDNO.12所示的下游引物。rs120074182、rs199472751、12720459的PCR引物对为序列SEQIDNO.13所示的上游引物和SEQIDNO.14所示的下游引物。rs199472765、rs199473405、rs775362401、rs1805118的PCR引物对为序列SEQIDNO.15所示的上游引物和SEQIDNO.16所示的下游引物。rs199472768、rs12720457的PCR引物对为序列SEQIDNO.17所示的上游引物和SEQIDNO.18所示的下游引物。rs199472779、rs12720449、rs199473476、rs199472783的PCR引物对为序列SEQIDNO.19所示的上游引物和SEQIDNO.20所示的下游引物。rs17215465的PCR引物对为序列SEQIDNO.21所示的上游引物和SEQIDNO.22所示的下游引物。rs17215500、rs199472788、rs397508097的PCR引物对为序列SEQIDNO.23所示的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒，包括SEQ ID NO. 1～32所示的16对特异性多重PCR引物对，以及SEQ ID NO. 33～83所示的51个SNP的SNaPshot单碱基延伸引物，用于检测以下51个SNP分子标记中的任意一个或一个以上：rs120074195、rs199472700、rs12720459、rs1800170、rs199472688、rs1085307580、rs199472694、rs199473662、rs75813654、rs755789171、rs533669726、rs760047145、rs120074187、rs120074182、rs199472751、rs199472765、rs199473405、rs775362401、rs1805118、rs199472768、rs12720457、rs199472779、rs12720449、rs199473476、rs199472811、rs199472815、rs199472814、rs120074189、rs606231414、rs199472783、rs17215465、rs1057128、rs199472728、rs199472806、rs199473482、rs199472817、rs17215500、rs199472788、rs397508097、rs139042529、rs199472704、rs139893266、rs397508102、rs1800172、rs34150427、rs201698592、rs11601907、rs397508108、rs370435862、rs199472677、rs199472678。...

【技术特征摘要】
1.一种基于KCNQ1的心源性猝死相关SNP检测试剂盒，包括SEQIDNO.1～32所示的16对特异性多重PCR引物对，以及SEQIDNO.33～83所示的51个SNP的SNaPshot单碱基延伸引物，用于检测以下51个SNP分子标记中的任意一个或一个以上：rs120074195、rs199472700、rs12720459、rs1800170、rs199472688、rs1085307580、rs199472694、rs199473662、rs75813654、rs755789171、rs533669726、rs760047145、rs120074187、rs120074182、rs199472751、rs199472765、rs199473405、rs775362401、rs1805118、rs199472768、rs12720457、rs199472779、rs12720449、rs199473476、rs199472811、rs199472815、rs199472814、rs120074189、rs606231414、rs199472783、rs17215465、rs1057128、rs199472728、rs199472806、rs199473482、rs199472817、rs17215500、rs199472788、rs397508097、rs139042529、rs199472704、rs139893266、rs397508102、rs1800172、rs34150427、rs201698592、rs11601907、rs397508108、rs370435862、rs199472677、rs199472678。2.根据权利要求1所述的检测试剂盒，其特征是所述SEQIDNO.1～32所示的16对特异性多重PCR引物对通过扩增同时得到包含有不同SNP的扩增子，每段扩增子至少含有1个SNP，最多含有6个SNP。3.根据权利要求1或2所述的检测试剂盒，其特征是所述16对特异性多重PCR引物对分别用于对应扩增以下所述的SNP分子标记：rs397508108、rs370435862、rs199472677、rs199472678的PCR引物对为序列SEQIDNO.1所示的上游引物和SEQIDNO.2所示的下游引物；rs1800170、rs199472688的PCR引物对为序列SEQIDNO.3所示的上游引物和SEQIDNO.4所示的下游引物；rs1085307580、rs139042529、rs199472694、rs199473662、rs606231414、rs199472700的PCR引物对为序列SEQIDNO.5所示的上游引物和SEQIDNO.6所示的下游引物；rs75813654、rs199472704、rs755789171的PCR引物对为序列SEQIDNO.7所示的上游引物和SEQIDNO.8所示的下游引物；rs533669726的PCR引物对为序列SEQIDNO.9所示的上游引物和SEQIDNO.10所示的下游引物；rs199472728、rs760047145、rs120074187、rs120074195的PCR引物对为序列SEQIDNO.11所示的上游引物和SEQIDNO.12所示的下游引物；rs120074182、rs199472751、12720459的PCR引物对为序列SEQIDNO.13所示的上游引物和SEQIDNO.14所示的下游引物；rs199472765、rs199473405、rs775362401、rs1805118的PCR引物对为序列SEQIDNO.15所示的上游引物和SEQIDNO.16所示的下游引物；rs199472768、rs12720457的PCR引物对为序列SEQIDNO.17所示的上游引物和SEQIDNO.18所示的下游引物；rs199472779、rs12720449、rs199473476、rs199472783的PCR引物对为序列SEQIDNO.19所示的上游引物和SEQIDNO.20所示的下游引物；rs17215465的PCR引物对为序列SEQIDNO.21所示的上游引物和SEQIDNO.22所示的下游引物；rs17215500、rs199472788、rs397508097的PCR引物对为序列SEQIDNO.23所示的上游引物和SEQIDNO.24所示的下游引物；rs1057128的PCR引物对为序列SEQIDNO.25所示的上游引物和SEQIDNO.26所示的下游引物；rs199472806的PCR引物对为序列SEQIDNO.27所示的上游引物和SEQIDNO.28所示的下游引物；rs199473482、rs199472811、rs120074189、rs199472814、rs199472815、rs199472817的PCR引物对为序列SEQIDNO.29所示的上游引物和SEQIDNO.30所示的下游引物；rs139893266、rs397508102、rs1800172、rs34150427、rs201698592、rs11601907的PCR引物对为序列SEQID...

【专利技术属性】
技术研发人员：张更谦，王佳琦，
申请(专利权)人：山西医科大学，
类型：发明
国别省市：山西,14