一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法技术

一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，首先，通过计算蛋白质绑定口袋内部每个残基与其它残基在三维空间中的位置关系信息，组成该残基的特征向量；其次，通过比较两个来自不同蛋白质绑定口袋的残基的特征向量之间的相似性，构建蛋白质绑定口袋之间的打分矩阵；最后，使用贪心算法迭代地搜索蛋白质绑定口袋间的对齐信息。本发明专利技术提供一种计算代价低、对齐精确性高的蛋白质绑定口袋结构对齐方法。

【技术实现步骤摘要】
一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法
本专利技术涉及生物学信息学及计算机应用领域，具体而言涉及一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法。
技术介绍
蛋白质作为基因功能执行者，是构成生物细胞组织结构的重要组成成分，它调节和控制着细胞中不同类型的生命活动。为了完成上述功能，蛋白质需要和其它的配体分子产生相互作用，这种相互作用在生命活动中是普遍存在且不可或缺的。在和配体分子相互作用时，蛋白质中的一些关键氨基酸残基会形成一个类似于口袋形状的区域(称为蛋白质绑定口袋)，来完成对特定配体分子的识别与绑定。结构相似的蛋白质绑定口袋通常会绑定具有相似结构与性质的配体分子，来执行类似的生物功能。因此，通过两个不同蛋白质绑定口袋的结构对齐，来计算它们之间的相似性，有助于研究蛋白质的生物功能，且对新蛋白的设计、蛋白质与配体分子之间相互作用的建模及药物靶蛋白的设计均具有十分重要的指导意义。目前，专门用于对齐蛋白质绑定口袋结构的计算方法还很欠缺。查阅文献可以发现，APoc(GaoM,SkolnickJ.APoc:large-scaleidentificationofsimilarproteinpocket本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，其特征在于，所述对齐方法包括以下步骤：1)输入待对齐的两个蛋白质绑定口袋结构信息，分别记作A和B；2)分别抽取两个蛋白质绑定口袋中所有残基的中心碳原子Cα的坐标信息，记为

【技术特征摘要】
1.一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，其特征在于，所述对齐方法包括以下步骤：1)输入待对齐的两个蛋白质绑定口袋结构信息，分别记作A和B；2)分别抽取两个蛋白质绑定口袋中所有残基的中心碳原子Cα的坐标信息，记为与其中与分别表示A与B中的第i个与第j个残基的Cα的坐标信息，N与M分别是A与B的残基数目；3)对PA中的每个元素计算它与PA中其它元素的欧氏距离，并将这些距离值按照从小到大排序，选择最小的K个值作为元素的特征向量，记作其中K≤N且K≤M；4)对PB中的每个元素计算它与PB中其它元素的欧氏距离，并将这些距离值按照从小到大排序，选择最小的K个值作为元素的特征向量，记作其中K≤N且K≤M；5)计算蛋白质绑定口袋A与B的初始化的打分矩阵，记作Minit：其中，表示fiA中的第k个元素，表示中的第k个元素，Minit(i,j)表示矩阵Minit中的第i行第j列中的值；6)使用贪心算法在初始化打分矩阵Minit上搜索一个初始化的残基对齐信息，记作Aliinit，其中打分矩阵Minit中的任意一行或一列至多只能有一个元素被贪心算法选中，且贪心算法每次都会选择Minit中可选元素中的最大值，若Minit中第i行第j列元素被选中，则表明在Aliin...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡俊，彭春祥，周晓根，张贵军，
申请(专利权)人：浙江工业大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33