一种circbank数据库系统及其应用技术方案

本发明专利技术涉及一种circbank数据系统，所述数据由数据持久层、数据模型层和人机交互层组成，包括circRNA科学命名模块、circRNA‑miRNA结合预测分析模块、circRNA保守性分析模块、circRNA的m6A修饰信息模块、circRNA突变分析模块、circRNA蛋白翻译潜能分析模块等六大模块；所述数据系统从circRNA基本基因注释、序列保守性、circRNA‑miRNA互作，翻译潜能、基因突变和RNA修饰信息等6大维度对每个circRNA进行全面注释，为circRNA在生物医学科研中的研究提供便利的检索和预测方法，通过该数据库系统可加速circRNA生物医学科研的进展。

【技术实现步骤摘要】
一种circbank数据库系统及其应用
本专利技术属于基因数据库的
，具体涉及一种circbank数据库系统、该数据系统的构建方法以及该数据系统的应用。
技术介绍
circRNA(环形RNA)由RNA前体可变剪接产生，比线性RNA稳定性更强，数量众多，现已查明人类circRNA数量多达14万多种，是近几年RNA研究领域的热点。越来越多的证据表明circRNA与多种疾病的发生发展密切相关，可通过调控miRNA、蛋白及其亲本基因和编码蛋白，从而发挥特定的生物学功能。尤其在癌症研究领域，circRNA在肿瘤的生长、转移和耐药性方面发挥重要分子功能，相当一部分circRNA可作为癌症诊断和治疗分子靶标。circRNA数量众多，人类现已发现的circRNA数量达到14万多种，如何组织管理这么多的circRNA信息，迫切需要一个科学的管理系统。circRNA命名方面尚未有统一规范实用的体系，目前已发布的其他系统，要么直接以阿拉伯数字命名(比如circbase数据库：hsa_circ_0007534)虽然可以解决circRNA数量多而名字不重叠的问题，但给理解circRNA分子带来了困难。此本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种circbank数据库系统，其特征在于，所述数据库系统运行架构由数据持久层、数据模型层和人机交互层组成；其中所述数据持久层位于最底层，其在磁盘上保存了记录文件；所述数据模型层位于中间层，用于提供与数据库连接及数据处理接口，完成来自上层的业务请求，实现对业务逻辑的处理；所述人机交互层位于最上层，其用于为用户提供各种数据接口，包括各级菜单和各种图形界面组件，交互层接受用户请求，对请求进行分析和分发，最后对处理结果进行展示或保存为对应格式的文件。

【技术特征摘要】
1.一种circbank数据库系统，其特征在于，所述数据库系统运行架构由数据持久层、数据模型层和人机交互层组成；其中所述数据持久层位于最底层，其在磁盘上保存了记录文件；所述数据模型层位于中间层，用于提供与数据库连接及数据处理接口，完成来自上层的业务请求，实现对业务逻辑的处理；所述人机交互层位于最上层，其用于为用户提供各种数据接口，包括各级菜单和各种图形界面组件，交互层接受用户请求，对请求进行分析和分发，最后对处理结果进行展示或保存为对应格式的文件。2.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述记录文件选自生物信息记录、数据文件及系统日志文件中的一种或多种。3.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述记录文件选自circRNASDataFile、miRNASDataFile、LogFile中的一种或多种。4.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circbank数据库系统包括六大模块：circRNA科学命名模块、circRNA-miRNA结合预测分析模块、circRNA保守性分析模块、circRNA的m6A修饰信息模块、circRNA突变分析模块、circRNA蛋白翻译潜能分析模块。5.根据权利要求4所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circRNA科学命名模块采用如下命名规则：（1）命名基本格式：物种_circ基因名_三位阿拉伯数字；（2）一个基因名只对应一个circRNA时，则命名为：物种_circ基因名_001；（3）同一基因名对应多个circRNA时，三位阿拉伯数字的规则，主要依据转录起始和终止靠前的原则来排列，谁先转录谁排前，同时转录看谁先终止；（4）针对正链来源的circRNA，依据circRNA坐标起点数值从左到右、从小到大排列顺序，排在最前面的命名为001，后续依次排列；（5）针对负链来源的circRNA，依据circRNA坐标起点数值从右到左、从大到小排列顺序，排在最前面的命名...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁向明，刘明，王茜，申健，余荣发，杜艺，
申请(专利权)人：广州密码子基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44