一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片、试剂盒及基因芯片的应用方法技术

本发明专利技术涉及一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片、试剂盒及基因芯片的应用方法，基因芯片包括片基，该片基上设有用于检测双侧杯状耳畸形相关基因的探针组形成微阵列基因芯片；探针组包括10条探针；试剂盒包括该基因芯片。该基因芯片使得检测的操作步骤更简便，时间更短，通常30～60分钟便可完成检测，大大缩短了时间周期，且检测的特异性好、分辨率高，具有高灵敏度、准确、快速的特点；并具有高通量的特点，可以快速筛查双侧杯状耳畸形相关基因的变异，并将双侧杯状耳畸形的诊断提高到基因水平上；总之，该方法节约成本时间，减少病人痛苦，可无创产前诊断胎儿的患病几率。

【技术实现步骤摘要】
一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片、试剂盒及基因芯片的应用方法
本专利技术涉及生物、医药
，具体涉及一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片、试剂盒及基因芯片的应用方法。
技术介绍
先天性耳部畸形是影响耳郭位置和形态的一种常见的出生缺陷，耳部软骨发育的异常多累及耳的外形和正常功能。流行病学调查显示，人群中约有5％的样本有不同程度的先天性耳部发育畸形，主要包括招风耳、杯状耳畸形和先天性小耳(或无耳)畸形等。杯状耳畸形是先天性耳畸形中的一种，是介于招风耳和小耳之间的先天性畸形疾患，其主要的临床表型为：耳郭上半部的耳轮紧缩，耳轮及耳郭软骨卷曲和粘着，耳轮脚向下移位，对耳轮及其后脚扁平甚至消失，耳舟变宽，耳轮缘弯向耳甲艇，耳郭呈杯形，严重者耳郭卷曲几乎成管状。杯状耳畸形约占各种先天性耳部畸形的10％；区别于其他常见的耳部畸形，杯状耳畸形多双侧发生，同时具有明显的遗传倾向。尽管杯状耳畸形一般不伴随严重的中耳、内耳畸形或其他器官畸形，但由于不同的严重程度所导致的外观缺损和其明显的遗传倾向，往往会给患者造成巨大的心理压力和负担。因此基于杯状耳畸形的家系鉴定易感基因，具有重要的科学价值和社会意义。从发育生物学的角度看，人的面部形成主要受头部神经嵴细胞的影响，神经嵴细胞起源于预置神经板的外侧边缘，在神经管闭合时位于闭合处，随后离开闭合处向特定部位迁移。外耳和中耳由第一、第二鳃弓和神经嵴细胞细胞迁移衍化而来。胚胎第6周时，第一鳃沟周围的间充质增生，形成6个结节状的耳丘围绕外耳道口，逐渐演变为耳郭；而中耳则主要由神经嵴的间叶组织分化而来。外耳和中耳的发生是神经嵴细胞迁移及软骨分化、多种细胞相互作用的结果，并且受多种结构和调控蛋白及信号通路的影响。基因芯片技术是指将特定寡核苷酸片段作为探针固定于支持物上，掺入标记物的目的DNA片段通过PCR扩增后，按碱基配对原理进行杂交，再通过信号检测系统对芯片进行扫描，并配用相关分析软件对每一探针上的信号作出比较和检测。目前该技术在疾病检测领域已得到了广泛应用。传统方法对双侧杯状耳畸形诊断，并无特殊的产前检测方法，只能等出生后进行手术治疗，给患者带来了精神和身体上的双重痛苦。因此，寻找一种高灵敏度的无创产前诊断双侧杯状耳畸形遗传病的方法是非常必要的。我们针对前期研究结果，收集孕妇外周血，提取孕妇外周血中胎儿的游离DNA(cf-fDNA)，采用特异性引物或探针对进行扩增检测，并进行双侧杯状耳畸形生育风险评估，为患儿和父母提供更多的选择和预警，为优生优育提供有力工具。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片、试剂盒及基因芯片的应用方法，以克服现有技术中提到的不足。本专利技术的目的是通过以下技术方案来实现：一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，所述基因芯片包括片基，该片基上设有用于检测双侧杯状耳畸形相关基因的探针组形成微阵列基因芯片。所述探针组包括10条探针，各个探针的序列如下所示：(1)探针P1：其核苷酸序列为GTGGGTTATTGGGGGGAAGAAC；(2)探针P2：其核苷酸序列为TAAATATTGCAGTTGACTTTATT；(3)探针P3：其核苷酸序列为CAGGTTCGAGACACGGATCGCAT；(4)探针P4：其核苷酸序列为CTGTCAACAGAGGAGAAAGCCTG；(5)探针P5：其核苷酸序列为ATGGTGTCTGCAGCAGGAGGC；(6)探针P6：其核苷酸序列为TTATCTCTTGTATGTAACTTGA；(7)探针P7：其核苷酸序列为GTGGCAACTAAGAACCAACATT；(8)探针P8：其核苷酸序列为GGCCTGTGAGTCCCTCTGCCAGGTG；(9)探针P9：其核苷酸序列为CCCACAGCCGGCTCCTGGCCTGG；(10)探针P10：其核苷酸序列为TCCCTTCCCTAACGCCCCCTGAG；在，探针P1～探针P10中，每条探针的5’端均标记有荧光基团，其3’端均标记有淬灭基团。进一步地，所述片基包括载玻片、硅片或膜作为载体。进一步地，在基因芯片上，每个所述的探针均设有3条，则基因芯片上含有30条所述的探针。进一步地，在基因芯片上，还固定有阳性质控探针、阴性质控探针和空白对照探针；优选地阳性质控探、阴性质控探针和白对照探针各设有3条，则基因芯片上一共固定有39条探针。进一步地，在上述(1)～(10)中，每个探针中的5’端所标记的荧光基团均为FAM、HEX、VIC、CY5和TET中的任意一种；每个探针中的3’端所标记的淬灭基团均为TAMRA、MGB和BHQ中的任意一种。一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片的制备方法，包括如下步骤：片基的酸碱预处理，醛基化处理，异硫氰酸化处理，芯片探针的设计，探针的点制，立即将玻片在80℃烘烤10min，制成微阵列玻片，存储在带有干燥剂的盒子里，室温保存即得。一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的试剂盒，所述试剂盒包括如上所述的基因芯片。一种基因芯片的应用方法，所述方法为：准备含有DNA的样本，然后对DNA样本进行定量，随后采用所述的基因芯片进行杂交。本专利技术的有益效果为：本专利技术公开了一种基因芯片，并将特定碱基序列的探针固定在芯片上形成微阵列，进而采用该芯片进行检测双侧杯状耳畸形，通过基因芯片的方式进行检测，比直接使用探针具有诸多优势，具体地，该检测方法操作步骤更简便，时间更短，通常30～60分钟便可完成检测，大大缩短了时间周期，且检测的特异性好、分辨率高，具有高灵敏度、准确、快速的特点；并具有高通量的特点，可以快速筛查双侧杯状耳畸形相关基因的变异，并将双侧杯状耳畸形的诊断提高到基因水平上；总之，该方法节约成本时间，减少病人痛苦，可无创产前诊断胎儿的患病几率。该微阵列芯片，是以待测孕妇外周血的cf-fDNA(胎儿与母体游离DNA混合物)为模板，提取并进行定量进行标记后，与本专利技术的芯片进行杂交，根据杂交结果确定胎儿是否携带有双侧杯状耳畸形相关基因；非常简单，大大降低误差率和时间成本，提高精确度；能用于产前先天性遗传病的诊断，在无创产前诊断领域具有很大的潜力。附图说明通过以下参照附图对本专利技术实施例的描述，本专利技术的上述以及其它目的、特征和优点将更为清楚，在附图中：图1是本专利技术实施例所述的基因芯片中探针顺序的分布结构示意图；图2是本专利技术实施例所述的胎儿未携带有任何双侧杯状耳畸形及调控区拷贝数变异的扫描图；图3是本专利技术实施例所述的胎儿混合携带有双侧杯状耳畸形相关基因调控区域拷贝数变异(CNV)的扫描图。具体实施方式下面以具体实验案例为例来说明具体实施方式，应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。实施例1一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，所述基因芯片包括片基，该片基上设有用于检测双侧杯状耳畸形相关基因的探针组形成微阵列基因芯片；所述探针组包括10个探针，各个探针的序列如下所示：(1)探针P1：其核苷酸序列为GTGGGTTATTGGGGGGAAGAAC；(2)探针P2：其核苷酸序列为TAAATATTGCAGTTGACTTTATT；(3)探针P3：其核苷酸序列为CAGGTTCGAGACACGGATCGCAT；(4)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包括片基，该片基上设有用于检测双侧杯状耳畸形相关基因的探针组形成微阵列基因芯片；所述探针组包括10条探针，各个探针的序列如下所示：(1)探针P1：其核苷酸序列为GTGGGTTATTGGGGGGAAGAAC；(2)探针P2：其核苷酸序列为TAAATATTGCAGTTGACTTTATT；(3)探针P3：其核苷酸序列为CAGGTTCGAGACACGGATCGCAT；(4)探针P4：其核苷酸序列为CTGTCAACAGAGGAGAAAGCCTG；(5)探针P5：其核苷酸序列为ATGGTGTCTGCAGCAGGAGGC；(6)探针P6：其核苷酸序列为TTATCTCTTGTATGTAACTTGA；(7)探针P7：其核苷酸序列为GTGGCAACTAAGAACCAACATT；(8)探针P8：其核苷酸序列为GGCCTGTGAGTCCCTCTGCCAGGTG；(9)探针P9：其核苷酸序列为CCCACAGCCGGCTCCTGGCCTGG；(10)探针P10：其核苷酸序列为TCCCTTCCCTAACGCCCCCTGAG。

【技术特征摘要】
1.一种用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包括片基，该片基上设有用于检测双侧杯状耳畸形相关基因的探针组形成微阵列基因芯片；所述探针组包括10条探针，各个探针的序列如下所示：(1)探针P1：其核苷酸序列为GTGGGTTATTGGGGGGAAGAAC；(2)探针P2：其核苷酸序列为TAAATATTGCAGTTGACTTTATT；(3)探针P3：其核苷酸序列为CAGGTTCGAGACACGGATCGCAT；(4)探针P4：其核苷酸序列为CTGTCAACAGAGGAGAAAGCCTG；(5)探针P5：其核苷酸序列为ATGGTGTCTGCAGCAGGAGGC；(6)探针P6：其核苷酸序列为TTATCTCTTGTATGTAACTTGA；(7)探针P7：其核苷酸序列为GTGGCAACTAAGAACCAACATT；(8)探针P8：其核苷酸序列为GGCCTGTGAGTCCCTCTGCCAGGTG；(9)探针P9：其核苷酸序列为CCCACAGCCGGCTCCTGGCCTGG；(10)探针P10：其核苷酸序列为TCCCTTCCCTAACGCCCCCTGAG。2.根据权利要求1所述的用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，其特征在于：在探针P1～探针P10中，每条探针的5’端均标记有荧光基团，其3’端均标记有淬灭基团。3.根据权利要求2所述的用于无创产前检测双侧杯状耳畸形的基因芯片，其特征在于：所述片基包括载玻片、硅片或膜作为载体。4.根据权利要求2...

【专利技术属性】
技术研发人员：张娇，章庆国，赵驰，
申请(专利权)人：张娇，
类型：发明
国别省市：北京,11