癌症表观遗传谱分析制造技术

本发明专利技术涉及用于基于组蛋白修饰H3K27ac的信号强度确定癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法。本发明专利技术还涉及用于确定受试者中癌症的预后的方法、确定受试者对癌症或胃肠疾病的易感性的方法，以及通过确定至少一个超级增强子的存在或不存在来预测癌细胞存活或癌细胞活力的方法。本发明专利技术还涉及CDX2和/或HNF4α抑制剂，例如二甲双胍，和其用于调节超级增强子的活性的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】癌症表观遗传谱分析相关申请的交叉引用本申请要求2016年2月16日提交的新加坡申请号10201601141X和2016年8月16日提交的新加坡申请号10201606828P的优先权，这些新加坡申请的内容出于所有目的在此以引用方式整体并入。
本专利技术涉及癌症，特别是癌症中的调控元件。
技术介绍
异常的基因表达模式是人恶性肿瘤的通用标志，驱动临床上重要的性状，例如增殖、侵袭和转移。包括体细胞突变、拷贝数改变和结构变异在内的基于DNA序列的改变具有通过改变信号传导分子和转录因子(TF)的活性和表达来重编程癌症转录组的能力。除蛋白质编码基因外，非编码基因组区域中的顺式调控元件(例如增强子)也可通过促进或限制TF可及性来影响转录程序。增强子是位于启动子和转录起始位点(TSS)远端的调控元件。已显示占人基因组10-15％的增强子通过调控处于远距离(>1Mb)的一个或多个基因而在细胞属性(cellidentity)和组织特异性表达中发挥重要作用。增强子在人疾病中发挥重要作用，并且它们的重要性提升了对于不同细胞类型和疾病状况下的一系列增强子的需求。虽然已有研究来描述癌症中的调控元件，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于相对于非癌性生物样品确定在癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法，其包括：a)使从所述受试者获得的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K27ac特异的抗体接触；b)从所述癌性生物样品分离核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰H3K27ac特异的区域；c)使用注释的基因组序列基于所述组蛋白修饰H3K27ac的信号强度对至少一个增强子作图，其中所述至少一个增强子距注释的转录起始位点至少2.5kb；d)将所述分离的核酸中的所述至少一个增强子相对于至少一个参考核酸序列中的至少一个增强子作图，以鉴别所述癌性生物样品中的至少一个超级增强子；e)比较所述癌性生物样品...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.02.16 SG 10201601141X;2016.08.16 SG 1020160681.一种用于相对于非癌性生物样品确定在癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法，其包括：a)使从所述受试者获得的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K27ac特异的抗体接触；b)从所述癌性生物样品分离核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰H3K27ac特异的区域；c)使用注释的基因组序列基于所述组蛋白修饰H3K27ac的信号强度对至少一个增强子作图，其中所述至少一个增强子距注释的转录起始位点至少2.5kb；d)将所述分离的核酸中的所述至少一个增强子相对于至少一个参考核酸序列中的至少一个增强子作图，以鉴别所述癌性生物样品中的至少一个超级增强子；e)比较所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述信号强度与从非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的参考信号强度；和f)基于所述至少一个超级增强子的信号强度的变化确定所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的存在或不存在。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌性生物样品和非癌性生物样品包括单个细胞、多个细胞、细胞的片段、体液或组织。3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中从同一受试者获得所述癌性生物样品和非癌性生物样品。4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述癌性生物样品和非癌性生物样品各自从不同的受试者获得。5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中通过染色质的免疫沉淀从所述癌性生物样品分离所述核酸。6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述至少一个超级增强子的所述信号强度基于所述组蛋白修饰H3K27ac的每千个碱基的转录物每百万的读段(RPKM)值。7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从至少一种癌细胞系获得所述至少一种参考核酸序列。8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中使用ROSE(超级增强子分级)算法鉴别所述癌性生物样品中的所述至少一个超级增强子。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述癌性生物样品中的所述至少一个超级增强子包含与所述至少一个参考核酸序列中的所述至少一个增强子重叠的至少一个核酸碱基对。10.根据权利要求6所述的方法，其中确定所述至少一个超级增强子的存在或不存在的步骤包括确定所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述RKPM值为：i)相对于从所述非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的所述RPKM值，RPKM值的大于2倍变化；和ii)相对于从所述非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的所述RPKM值，大于0.5RPKM的绝对差。11.根据权利要求10所述的方法，其中相对于所述非癌性生物样品的所述RPKM值，来自所述癌性生物样品的RPKM值的增加指示所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的存在。12.根据权利要求10所述的方法，其中相对于所述非癌性生物样品的所述RPKM值，来自所述癌性生物样品的RPKM值的降低指示所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的不存在。13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述至少一个超级增强子位于离基因转录起始位点的1000kb以内。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因是以下中的一种或多种：癌症相关基因、血管生成基因、细胞增殖基因、细胞侵袭基因、与基因组不稳定性相关的基因、细胞死亡抗性基因、细胞能量基因、细胞周期基因或肿瘤促进基因。15.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因选自由以下组成的组：CLDN4、ABHD11、WBSCR28、ATAD2、KLH38、WDYHV1、CDH17、CCAT1、CLDN1、SMURF1、GDPD5、ADAMTS12、ASCL2、ASPM、ATP11A、AURKA、CAMK2N1、CBX2、CCNE1、CD9、CDC25B、CDCA7、CDK1、CXCL1、E2F7、ECT2、LAMC2、NID2、PMEPA1、RARRES1、RFC3、SLC39A10、TFAP2A、TMEM158、LINC00299和其组合。16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述癌性生物样品是胃癌。17.一种用于确定受试者中至少一个癌症相关超级增强子的存在的方法，其包括：a)使从所述受试者获得的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K27ac特异的抗体接触；b)从所述癌性生物样品分离核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰H3K27ac特异的区域；c)使用注释的基因组序列基于所述组蛋白修饰H3K27ac的信号强度对至少一个增强子作图，其中所述至少一个增强子距注释的转录起始位点至少2.5kb；d)将所述分离的核酸中的所述至少一个增强子相对于至少一个参考核酸序列中的至少一个增强子作图，以鉴别所述癌性生物样品中的至少一个超级增强子；e)比较所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述信号强度与从非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的参考信号强度；和f)基于所述至少一个超级增强子的信号强度的变化确定受试者中至少一个癌症相关超级增强子的存在，其中相对于所述非癌性生物样品所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的信号强度增加指示至少一个癌症相关超级增强子的存在。18.一种用于检测受试者中的癌症的生物标志物，所述生物标志物包含在癌性生物样品中相对于正常非癌性生物样品具有增加的H3K27ac信号强度的至少一个超级增强子，或与癌症相关转录因子结合位点相对于未改变的超级增强子的增加相关的至少一个超级增强子，或两者。19.根据权利要求18所述的生物标志物，其中所述癌症相关转录因子结合位点是胃癌相关转录因子结合位点...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈文炜，黄文锋，
申请(专利权)人：新加坡科技研究局，
类型：发明
国别省市：新加坡,SG