基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒制造技术

本发明专利技术属于法医学检测试剂盒领域，具体涉及一种基于20个单倍群D的Y‑SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒。针对现有的检测试剂盒只能准确的将样本归属到Y染色体上，无法更准确的将其归属至单倍群D细枝的问题，本发明专利技术提供了一种复合检测试剂盒，包括：分离包装的复合扩增引物混合物、多重单碱基延伸反应引物混合物和标准DNA2800M。本发明专利技术的试剂盒应用复合扩增以及单碱基延伸技术，可一次性获得生物检材的20个Y染色体单倍群D的SNP遗传标记的基因分型，并将属于单倍群D的中国男性样本准确划分至高分辨率Y染色体系统进化树单倍群D的细枝上，快速进行族源推断。

【技术实现步骤摘要】
基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒
本专利技术属于法医学检测试剂盒领域，具体涉及一种基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒。
技术介绍
Y染色体是男性特有的染色体。Y染色体DNA全长约60Mb，两端约占Y染色体的5％区域为拟常染区(pseudoautosomalregion，PAR)，在减数分裂过程中，拟常染区可与X染色体相应区段发生重组和交换，其余的95％的区域为非重组区域(non-recombiningY，NRY)，不会与任何染色体区段发生重组。Y染色体只能由父亲传向儿子，在忽略突变的情况下，同一家系的后代拥有完全相同的Y染色体非重组区。因此Y染色体不仅决定了性别，还具有与其他染色体不同的遗传特征，即父系遗传、单倍体遗传和有效群体数量小等。Y染色体的这些特征对其结构、突变过程以及族群内部和族群之间的多样性具有显著影响。Y染色体遗传标记不仅在法医亲缘关系鉴定及个人识别中具有重要意义，在样本族源推断研究中也展现出很大的优势。近年来，随着千人基因组计划完成及大规模平行测序技术的发展，大量Y染色体遗传标记，包括单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失多态性(InDel)和Alu序列被发现。这些遗传标记按照一定的时间顺序逐一发生突变，可以清晰地记录群体的起源分化事件以及群体间亲缘关系远近，据此可构建人类Y染色体系统进化树，研究人类进化和群体结构。法医学工作者和人类学家注意到，由于不同人群和不同地区间单倍群的分布存在一定的特征，通过对检案中未知来源的男性样本进行单倍群划分，可以推断其种族来源或地理来源，从而辅助案件侦查。划分的单倍群分辨率直接影响着推断的准确度和得到的信息量。因此，构建高分辨率Y染色体系统进化树具有重要的法医学意义。目前已经构建的Y染色体SNP遗传标记检测体系中，大部分是基于全球人类Y染色体进化树中定义的单倍型类群特异的SNP，主要用于区分来源于不同大陆的主要人群，分辨率较低。中国是一个拥有56个民族的国家，根据各个群体和地区的男性Y染色体遗传结构特点，构建一个稳定且分辨率高的Y染色体系统进化树，为法医检案中推断未知来源男性检材的族源提供依据，具有重要的现实意义。单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphisms，SNPs)是指基因组中特定位置单个碱基的变异，是人类基因组中含量最丰富的DNA序列多态性。SNP具有以下特点：SNP大多为二等位基因遗传标记，易于分型和确定基因频率；SNP的突变率远低于STR遗传标记，具有较高的遗传稳定性；SNP在人类基因组中分布广泛，总数约有300万个；SNP的扩增产物可小于200bp，适用于法医实际检案中常见的降解、微量检材的分析等。第22届国际法医遗传学大会将SNP划分为四种。一为个体识别的SNPs(IndividualIdentificationSNPs，IISNPs)，近年来随着二代测序技术的推广和应用，使用较多的SNP位点进行个人识别，尤其是降解检材已成为法医研究热点；二位祖先信息SNPs(AncestryInformativeSNPs，AISNPs)，可以用于推断样本的祖先来源。SNPs定义稳定的单体型，称为单倍群(haplogroups)，并利用单倍群构建稳健的系统进化树，用于人类起源进化的研究，并推断样本的祖先来源；三为系谱信息SNPs(LineageInformativeSNPs，LISNPs)，紧密连锁的SNP位点，可以应用于亲缘关系鉴定；四为表型信息SNPs(PhenotypeInformativeSNPs，PISNPs)，可用于鉴别人类表型特征的SNP位点，如单双眼睑、瞳孔颜色、头发的颜色等，作为一种辅助案件侦查的手段。关于SNP检测技术有单碱基延伸反应、大规模平行测序、Sanger测序和SNP芯片技术。大规模平行测序可以发现更多的SNP位点，但成本较高，且其准确率受测序深度及宽度的影响。Sanger测序成本高、耗时长、对待测样本DNA的量依赖性很强，不适合应用于实际检案当中。在法医学领域，单碱基延伸反应技术已被广泛应用于SNP遗传标记的分型。与Sanger测序相比，该技术能够一次性复合检测多个SNP位点，具有所需DNA模板量少、扩增片段小(小于200bp)等优点，特别适用于骨骼、毛发样本、降解检材和微量检材的检测。与大规模平行测序相比，其具有成本低、操作简单、假阳性率低的优点。该技术可借助于法医学遗传实验室广泛使用平台-毛细管电泳平台进行检测，易于推广因此，法医研究人员多采用单碱基延伸反应技术建立可同时分型多个SNP位点的法医学检测体系。中国常见的Y单倍群包括O、D、C、N、G、H、J、R等，其中O、D、C和N是最主要的四个Y单倍群。目前，已有研究开发了基于55个Y染色体SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒和基于56个Y染色体SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒，这些试剂盒可将中国男性个体样本正确归属至高分辨率的Y染色体系统进化树细枝上，包括Y单倍群O、C、N、G、H、J、和R，从而推断未知男性检材的族源。然而，单倍群D作为中国最主要的四个Y单倍群之一，且其亚单倍群的分布具有非常好的群体特异性和地理特异性，现有的Y染色体高分辨率系统进化树却没有这一单倍群的细枝，从而不能准确的将样本正确归属至高分辨率的Y染色体的D单倍群细枝上，分辨率还有待提高。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是：现有的检测试剂盒只能准确的将样本归属到Y染色体上，无法更准确的将其归属至单倍群D细枝上的问题。本专利技术解决上述技术问题的技术方案为：提供了一种基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒，包括分离包装的复合扩增引物混合物，多重单碱基延伸反应引物混合物和标准DNA；所述的复合扩增引物与多重单碱基延伸反应引物的SNP位点如下表1所示：表1复合扩增引物与多重单碱基延伸反应引物的SNP位点进一步的，上述基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒中，所述的复合扩增引物混合物包括40条，各引物的核苷酸序列如表2所示：表2复合扩增引物混合物序列进一步的，上述基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒中，所述的多重单碱基延伸反应引物混合物包括40条，各引物的核苷酸序列如表3所示：表3单碱基延伸引物混合物序列上表中，“-”符号前为加尾序列。进一步的，上述基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒中，所述的法医学复合检测试剂盒包括标准DNA，所述标准DNA为2800M标准DNA。本专利技术还提供了一种上述基于20个Y染色体单倍群D的SNP遗传标记法医学复合检测试剂盒在将样本细分至高分辨率Y染色体系统进化树单倍群D的细枝上的用途。本专利技术还提供了一种基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒的使用方法，包括以下步骤：a、提取待检测样本的DNA，作为扩增模板；b、采用复合扩增引物混合物和复合扩增反应混合液对步骤a提取的DNA进行两个体系复合扩增；c、纯化步骤b的复合扩增产物，并以它为模板，利用多重单碱基延伸引物混合物和单碱基延伸反应混合液进行两个体系的多重单碱基延伸反应；d、用虾碱性磷酸酶纯化步骤c的产物，再进行毛细管电泳分析，根本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.基于20个单倍群D的Y‑SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒，其特征在于：包括分离包装的复合扩增引物混合物、多重单碱基延伸反应引物混合物和标准DNA；所述的复合扩增引物与多重单碱基延伸反应引物的SNP位点如下表所示：

【技术特征摘要】
1.基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒，其特征在于：包括分离包装的复合扩增引物混合物、多重单碱基延伸反应引物混合物和标准DNA；所述的复合扩增引物与多重单碱基延伸反应引物的SNP位点如下表所示：2.根据权利要求1所述的复合检测试剂盒，其特征在于：所述的复合扩增引物混合物各扩增引物的核苷酸序列如下表所示：3.根据权利要求1或2所述的复合检测试剂盒，其特征在于：所述的多重单碱基延伸反应引物混合物中各引物的核苷酸序列如下表所示：上表中，“-”符号前的序列为加尾序列。4.根据权利要求1所述的复合检测试剂盒，其特征在于：所述标准DNA为2800M标准DNA。5.根据权利要求1所述的复合检测试剂盒，其特征在于，组成还包括：复合扩增反应混合液，扩增产物纯化试剂和单碱基延伸反应混合液。6.权利要求1-5任一项所述的基于20个单倍群D的Y-SNP遗传标记的法医学复合检测试剂盒在将样本细分至高分辨率Y染色体系统进化树单倍群D的细枝上的用途。7.权利要求1-5任一项所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯一平，李介男，叶懿，宋凤，罗海玻，谢明坤，郎敏，王正，钱小钦，李英碧，
申请(专利权)人：四川大学，
类型：发明
国别省市：四川,51