The method and system for analyzing the interaction relationship between LncRNA Pto_CRTG and its target gene Pto_CAD 5 of Populus tomentosa by epistasis are presented. Using the method and system according to the embodiment of the present invention, the interaction relationship between LncRNA and its target gene of Populus tomentosa can be resolved by epistasis. The functional SNP loci found in lncRNA Pto_CRTG and its Cis target gene Pto_CAD 5 provide important reference value for the application of these two genes in tree molecular marker breeding.
【技术实现步骤摘要】
利用上位性解析毛白杨LncRNAPto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统
本专利技术涉及遗传学研究领域，具体地，本专利技术涉及利用上位性解析毛白杨LncRNAPto-CRTG与其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统。
技术介绍
长链非编码RNA(Longnon-codingRNA，LncRNA)是一类长度超过200nt的长链非编码RNA分子，是RNA聚合酶II转录的副产物。根据其在基因组上的位置，可将其分为，正义lncRNA(senselncRNA),反义lncRNA(antisenselncRNA),基因内lncRNAs(introniclncRNA),基因间lncRNAs(intergeniclncRNA)四种主要类型。据统计，哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1％，而长链非编码RNA占4％～9％，这些长链非编码RNA现已成为继microRNA后的研究热点。大量研究表明，LncRNA能够参与生物体各种生命活动过程，通过顺式或反式作用方式调控基因的表达，主要表现在转录水平、转录后水平、翻译水平以及表观遗传水平等方面。随着高通量测序技术(...
【技术保护点】
1.一种利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto‑CRTG及靶基因Pto‑CAD5互作关系的方法，其特征在于，所述方法包括：S1,从毛白杨杂交群体中选取生长量最高和最低的基因型个体；S2,从所述最高和最低生长量的毛白杨个体的成熟木质部样品中提取总RNA，得到代表毛白杨高生长量的总RNA和低生长量的总RNA；S3,将提取出的高生长量总RNA等量混合后构建高生长量cDNA文库，同时，将提取出的低生长量总RNA等量混合后构建低生长量cDNA文库，并分别对高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库进行RNA‑seq测序；S4,基于测序结果及LncRNA的预测流程，获得所述高生长量c...
【技术特征摘要】
1.一种利用上位性解析毛白杨LncRNAPto-CRTG及靶基因Pto-CAD5互作关系的方法，其特征在于，所述方法包括：S1,从毛白杨杂交群体中选取生长量最高和最低的基因型个体；S2,从所述最高和最低生长量的毛白杨个体的成熟木质部样品中提取总RNA，得到代表毛白杨高生长量的总RNA和低生长量的总RNA；S3,将提取出的高生长量总RNA等量混合后构建高生长量cDNA文库，同时，将提取出的低生长量总RNA等量混合后构建低生长量cDNA文库，并分别对高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库进行RNA-seq测序；S4,基于测序结果及LncRNA的预测流程，获得所述高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库中的LncRNA的注释信息；S5，基于LncRNA的表达量，筛选出高生长量与低生长量个体木质部中差异表达倍数最高的LncRNAPto-CRTG，以便获得候选LncRNAPto-CRTG；S6,基于所述候选LncRNAPto-CRTG预测其Cis作用方式的靶基因；S7,依据预测结果，从已有毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离获得所述候选LncRNAPto-CRTG的Cis作用方式的靶基因Pto-CAD5；S8，选择毛白杨关联作图群体及测定表型；S9，依据所述Pto-CRTG与Pto-CAD5的基因序列，在毛白杨关联群体中进行SNP的发现与基因型分型；S10，依据Pto-CRTG与Pto-CAD5基因在毛白杨关联群体中的各SNP位点基因型和毛白杨关联群体表型数据，进行标记与性状的上位性关联分析。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述注释信息包括选自位置、类型及数量的至少之一。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述步骤S1中，毛白杨杂交群体中最高和最低生长量个体的选取依据下列参数的至少之一：树高、胸径和材积。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，在所述步骤S4中，最高生长量与最低生长量的LncRNA的预测流程中，筛选出表达量大于1.0的LncRNA。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述Pto-CAD5是距离Pto-CRTG上下游10kb范围以内的编码蛋白基因。6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述LncRNAPto-CRTG具有SEQIDNO：1所示的核苷酸序列，所述Pto-CAD5具有SEQIDNO：2所示的核苷酸序列。7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤S9中，所述SNP的发现与基因型分型包括：S901，毛白杨关联作图群体基因组总DNA的提取；S902，LncRNAPto-CRTG基因及靶基因Pto-CAD5的扩增；S903，PCR产物的克隆与测序；S904，SNP的发现和基因型分型。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，在步骤S9...
【专利技术属性】
技术研发人员：张德强，周大凌，杜庆章，
申请(专利权)人：北京林业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11
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